蛋白组学送样建议

蛋白组学送样建议

蛋白组学研究中，样品的质量与制备过程直接影响后续质谱检测和数据可靠性。蛋白组学送样建议的核心在于确保样品在采集、处理、储存和运输过程中保持稳定性和完整性，避免蛋白降解或修饰。首先，样品类型需明确，常见的包括细胞、组织、体液（如血清、血浆、尿液）等，不同样品的前处理方法差异显著。例如，细胞样品需在裂解前充分洗涤以去除培养基残留，而组织样品则需快速冷冻或使用蛋白酶抑制剂防止蛋白降解。对于体液样本，需注意去除高丰度蛋白（如血清中的白蛋白和免疫球蛋白）以提高低丰度蛋白的检出率。

蛋白组学送样建议中，样品的溶解和裂解是关键步骤。推荐使用含尿素的裂解缓冲液（如8M尿素）或SDS缓冲液，并辅以蛋白酶抑制剂（如PMSF或商品化抑制剂混合物）以zuì大限度减少蛋白水解。对于涉及翻译后修饰（如磷酸化、乙酰化）的研究，还需添加相应的磷酸酶或去乙酰化酶抑制剂。此外，样品分装应避免反复冻融，建议分装为单次使用量并储存于-80℃。运输时需使用干冰或液氮保持低温，确保样品在运输过程中不发生变质。

蛋白组学送样建议还涉及样品浓度的测定和均一化。建议使用BCA或Bradford法测定蛋白浓度，并通过SDS-PAGE或毛细管电泳评估样品完整性。对于biāojìdìng量（如TMT、iTRAQ）或非biāojìdìng量（Label-free）实验，需确保各样品间蛋白总量一致，以减少技术误差。若样品需进行酶解（如Trypsin消化），建议在送样前与实验平台沟通消化条件，避免因酶解效率差异导致数据偏差。具体费用需要根据实验需求和样品情况来确定，但样品制备的质量控制是实验成功的前提。

常见问题：

Q1. 如何评估蛋白组学样品的降解程度？

A：可通过SDS-PAGE或毛细管电泳观察蛋白条带分布。若出现低分子量条带增多或目标蛋白条带模糊，提示可能存在降解。此外，LC-MS/MS数据中肽段覆盖率的异常降低也可间接反映降解问题。

Q2. 对于微量蛋白样品（<1μg），有哪些送样建议？

A：微量样品需特别关注损失问题。建议使用低吸附离心管或膜上消化（FASP）方法减少吸附损失，并在裂解缓冲液中添加载体蛋白（如牛血清白蛋白）以提高回收率。此外，可选择高灵敏度质谱平台（如DIA或PRM）以提升检测深度。