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- 两个蛋白之间存在互作的方法
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- 2025年08月04日
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北京百泰派克生物科技有限公司
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两个蛋白之间存在互作的方法
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蛋白互作研究方法的技术解析
在分子生物学研究中，确认两个蛋白之间存在互作是解析细胞信号传导、代谢调控及疾病机制的关键环节。目前，多种实验技术可用于验证蛋白互作，每种方法各具优势，适用于不同的研究场景。
免疫共沉淀（Co-IP） 是一种经典的体内互作验证技术，其原理是利用特异性抗体捕获目标蛋白及其潜在互作伴侣，随后通过Western blot检测共沉淀蛋白。该方法能反映生理条件下的蛋白互作，但需注意抗体的特异性及细胞裂解条件对互作稳定性的影响。若需定量分析，可结合质谱技术进一步鉴定互作蛋白组，具体费用需要根据实验需求和样品情况来确定。
酵母双杂交系统（Y2H） 则通过重构转录因子活性来检测蛋白互作。将目标蛋白分别与DNA结合域（BD）和转录激活域（AD）融合，若两个蛋白之间存在互作，则激活报告基因表达。该系统适用于大规模筛选互作蛋白，但可能存在假阳性（如非生理性互作）或假阴性（如蛋白折叠异常）。
荧光共振能量转移（FRET） 通过供体荧光蛋白（如CFP）与受体荧光蛋白（如YFP）的能量转移效率判断蛋白互作，空间分辨率可达1-10 nm。该方法适用于实时监测活细胞内的动态互作，但对荧光蛋白标记可能干扰天然蛋白功能。
表面等离子共振（SPR） 和 生物层干涉仪（BLI） 可定量分析蛋白互作的动力学参数（如结合常数KD）。SPR通过检测芯片表面折射率变化反映结合事件，而BLI利用光干涉原理直接测量分子结合厚度。两者均需固定一种蛋白，具体费用需要根据实验需求和样品情况来确定。
交联质谱（XL-MS） 通过化学交联剂稳定蛋白复合物，结合质谱鉴定交联肽段，从而提供互作界面信息。该技术可解析难以结晶的蛋白复合物结构，但交联效率与质谱灵敏度是关键限制因素。
常见问题：
Q1. 如何区分直接互作与间接互作？
A：可通过体外重组蛋白结合实验（如GST pull-down）验证直接互作，或利用交联质谱锁定互作界面。间接互作需结合基因敲除/敲降技术排除桥梁蛋白影响。
Q2. 低丰度蛋白互作检测如何提高灵敏度？
A：建议采用邻近标记技术（如BioID或APEX），通过酶促标记邻近蛋白，富集后经质谱分析。此外，选择高亲和力抗体或优化荧光报告系统（如NanoLuc-Y2H）也可增强信号。
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文献和实验，该对照组称为output 组。 内源性 co-IP 实验，如果最终结果为阳性，则可以证明两个蛋白之间存在相互作用；但是结果为阴性，是否两个蛋白就一定不发生相互作用了了呢？也不一定。有可能是两个蛋白是弱相互作用力，这时候可能需要交联剂协助，锁定强化弱互作蛋白；也有可能是内源蛋白表达量低，可先做过表达 co-IP 作为对照。 实验前的思考 1、抗体----选经过 IP 验证的抗体，减少假阳性概率 2、抗体结合蛋白---Protein A, Protein G, Protein A/G, Protein
magichunter 目前我想证明某个药物分子抑制了蛋白A和蛋白B之间的相互作用，初步打算用Co-IP的方法验证加药前后两个蛋白的相互作用情况，请问有没有其他的办法也可以证明这个设想呢？ aberrant 如果有A、B两个蛋白的荧光质粒可以做一下FRET，目前为止，Co-IP和FRET是最直接的方式，前者量化后者直观 shylook 首先做下IP 是比较直接和成本合适的实验
实验中发现两个蛋白的表达有调控关系，如何用生信方法确认？以下几步简单粗暴，不得不试 （文字少，全是干图）。A 先看两个蛋白有没有直接相互作用。1. 肯定要先试试最著名的 STRING 了。STRING 官网 http://string-db.org。在首页左侧边栏中，选择 Multiple proteins，在右边输入框中输入蛋白名称和研究对象种类。随后不停的 continue，就能看到结果了。根据两个蛋白之间连线的颜色，可以判定两个蛋白的可能相互作用类型（Known Interactions
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