10x Visium FFPE 空间转录组测序

常见问题

1.为什么选空间转录组测序技术，它能为我们带来什么样的结果？

在生物学中，“空间”这个概念具有非常重要的意义，可以用来描述生物网络的相互作用，例如：
（1）胚胎发育时期，细胞处于胚胎中的位置不同，有着不同的发育命运，从而形成特定的器官。
（2）肿瘤的发生，生长，转移及演化与肿瘤所处的微环境有着密切的关系，肿瘤细胞，肿瘤相关的基质细胞（stromal cell）及周围的血管，组织免疫细胞等共同形成了“肿瘤微环境”，肿瘤与环境之间既可以相互促进又可以相互拮抗，因此利用空间转录组对肿瘤微环境的研究对于认识肿瘤的发生，发展，转移和治疗有着重要的意义。 每个细胞处于不同的微环境中，会出现不同的基因表达模式和功能差异。只有结合它们的空间位置信息，才能更好的诠释该类细胞在特定环境下的生物学功能。

2.10x Visium FFPE 空间转录组产品可以适用于哪些样本类型？

10x Visium FFPE 空间转录组空间测序，采用探针杂交后，再捕获建库。目前，10x Visium探针仅限于人和小鼠两个物种。

3.FFPE组织尺寸标准，及尺寸不符的处理办法？

样本截面大小应不超过6.5 mm × 6.5 mm。稍大的组织样本，比如长条状的，长度在1 cm左右，可在组织切片时通过组织划分的方法获得合适大小的切片。

4.样本质检的内容及方法？

FFPE切片质检合格后，才能进行空间转录组试验，质检的内容主要包括： （1）组织形态学检测： FFPE H&E 染色观察组织形态上是否完整，比如是否有大的裂痕、褶皱等状态。
（2）RNA 完整性检测： 收集10~20片FFPE切片提取 RNA，利用安捷伦2100检测RNA片段长度分布。长度大于200 bp的RNA片段占比超过50%，说明质检合格。
（3）粘附性测试： 每个样本取4张FFPE 切片，在与10x Visium 玻片相同材质的玻片上进行贴片、脱蜡和染色等试验后，观察组织脱片程度。没有脱片或轻微脱片则可继续空间转录组捕获建库。