10x CytAssist空间转录组测序

 

空间转录组测序（Spatial Transcriptomics）是一项前沿技术，用于在组织中同时获取基因表达信息和空间分布数据。能够从一片完整的冰冻组织切片中获取切片不同位置细胞中的转录组数据。不仅将组织学和基因表达分析相结合，而且还可以了可视化基因表达和形态学数据的软件。空间转录组在生物医学研究、疾病机制和药物开发中具有广泛的应用前景，有助于深入理解细胞的功能和相互作用。

单细胞转录组测序和空间转录组测序 (Xi C, et.al., 2018)

 

10x Visium CytAssist技术方案一经推出就备受瞩目，不仅完美解决了传统方案在FFPE样本的痛点，并且对样本要求更低，以卓越的数据表现备受好评。CytAssist利用基于探针捕获的方法对小鼠或人新鲜冷冻OCT包埋组织切片或FFPE进行空间转录组分析，同时与组织学染色兼容，在形态背景下揭示各种细胞类型和细胞状态的空间分布。

应用领域

①神经生物学：空间转录组技术在神经系统中的应用有助于理解不同脑区域的细胞类型、功能和相互作用。例如，它可以帮助揭示大脑中不同细胞类型的基因表达模式，以及神经元之间的空间关系。

②发育生物学：通过空间转录组技术，我们可以追踪不同发育过程中不同细胞的基因表达变化，理解细胞分化和发育。

③肿瘤生物学：空间转录组技术在肿瘤微环境中各种细胞的转录表达及免疫功能的理解方面发挥重要作用。

④免疫学：研究免疫细胞在组织中的分布和功能对于理解免疫反应至关重要，可以帮助我们了解不同免疫细胞类型的基因表达和相互作用。

 

技术服务优势

①空间分辨率：可以将基因表达谱定位回其原始空间位置。相比传统的RNA测序，它能够提供更高的空间分辨率，帮助我们理解细胞在组织中的分布和相互作用。

②揭示细胞异质性：通过比较不同组织或细胞类型之间的基因表达谱，可以识别不同细胞类型和功能区域，进一步揭示这些区域的功能和调控机制。

③研究特定疾病：可用于研究特定疾病的发病机理和治疗靶点。例如，在肿瘤研究中，它有助于理解肿瘤微环境中各种细胞的转录组表达及免疫功能。

④结合成像和测序：空间转录组学可以结合成像和测序，绘制出组织中特定转录本存在的位置，从而更全面地研究组织。

部分分析结果

 

应用案例：借助空间转录组揭示海马CA1亚区在巩固长期记忆中的关键作用

记忆巩固与海马区的转录事件密切相关。尽管出现了单细胞转录组，但绘制海马各亚区域的转录组特征图谱仍是一项挑战。借助空间转录组来描绘海马各亚区域的基因表达变化，发现各个亚区都表现出不同但重叠的转录组特征。在经过学习训练后小鼠（SOR group）的海马各亚区域中，CA1区中与转录调控相关的基因表达增加，而DG区则显示出与蛋白质折叠相关的基因上调。CA1区相关基因主要参与nuclear receptor activity、MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity等的功能，DG区相关基因主要参与protein kinase inhibitor activity and protein disulfide isomerase activity等的功能。该研究证明了CA1亚区特异性表达的转录因子亚家族在巩固长期记忆中的关键功能作用。

图1经学习训练后的海马亚区域的特异性转录表达特征（PMID：36711475）