10x Visium 空间转录组

常见问题

1. 为什么选空间转录组测序技术，它能为我们带来什么样的结果？

在生物学中，“空间”这个概念具有非常重要的意义，因为它可以让我们用来描述生物网络的相互作用，生物网络中每个细胞都受到其周围环境的影响，例如：
（1）想了解多细胞生物中某类细胞的功能特性，只有结合它们的空间位置信息，才能更好的诠释该类细胞在特定环境下的生物学功能。原因是每个细胞都不是孤立的，处于不同的微环境中，基因表达模式会有不同，行使的功能也会出现差异。
（2）众所周知，在胚胎发育时期，细胞处于胚胎中的位置不同，有着不同的发育命运，从而形成特定的器官。
（3）肿瘤的发生，生长，转移及演化与肿瘤所处的微环境有着密切的关系，肿瘤细胞，肿瘤相关的基质细胞（stromal cell）及周围的血管，组织免疫细胞等共同形成了“肿瘤微环境”，肿瘤与环境之间既可以相互促进又可以相互拮抗，因此利用空间转录组对肿瘤微环境的研究对于认识肿瘤的发生，发展，转移和治疗有着重要的意义。 空间转录组的优势还体现在无偏基因检测层面，即样本在维持原有形态的前提下进行基因表达检测，在神经科学领域方面有着明显的优势和效果产出。

2. 空间转录组的输出结果类似于一个组织有序的地图，围绕着感兴趣的地方进行深层次的数据挖掘，弥补之前位置缺失的情况下，我们对事物本质的认知。10x Visium 空间转录组产品可以做的样本类型？

目前 10x 官方测试的石蜡样本类型包含人、小鼠各器官（待优化的组织类型有：脂肪组织、扁桃体组织和皮肤组织）；新鲜冷冻样本类型包含人、小鼠和大鼠各器官（待优化的组织类型有：骨髓组织、健康小鼠的皮肤和胰腺组织）；其它物种样本，尤其是哺乳类动物样本，可进行尝试，但会有些风险。建议先收集样本，进行组织冷冻包埋和质检，和组织透化，组织透化合格的样本成功率更高一些。

3. 对于人、鼠较为特殊的组织样本，比如胚胎、眼或较为柔软纤薄的组织，预处理时会有一定的难度，难点在于哪里？应该如何操作？

难点在于冷冻包埋时要保持其原本的形态结构，以及调整到合适的位置以保证切片时切到您感兴趣的研究面，建议先拿组织进行一些冷冻包埋和切片的预实验，多练习和尝试。

4. 新鲜样本收集与预处理的方法及注意事项？

应尽量收集新鲜的组织样本，避免室温长时间放置，避免污染。如果是临床样本，建议尽量将组织放在干净的离心管或者密封袋中，然后埋入冰中，短暂保存和运输。

5. 组织尺寸标准，及尺寸不符的处理办法？

样本截面大小应不超过6.5 mm × 6.5 mm。
稍大的组织样本，比如长条状的，长度在1 cm左右，可在组织切片通过组织划分的方法获得合适大小的切片。
如果是过大的样本，建议在速冻前先进行组织分割成多个小块，样本过大可能会导致组织冷冻不均匀，破坏组织结构。
如果样本很小，可在冷冻包埋时将多个样本同时包埋。

6. 组织的冷冻和包埋的方法？

根据组织冻存和包埋的顺序，可选用两种方式：
（1）先冷冻后包埋
新鲜的组织需要进行速冻（异戊.烷液氮浴）以避免 RNA 降解和冰晶的形成。组织速冻后，需要在干冰上进行 OCT 包埋，OCT 作用是维持组织形态结构，在切片时提供结构支撑。
（2）冷冻和包埋同时进行
有些组织（比如胚胎等）非常柔软，失去液体的支撑就会改变其正常形态，对于这样的组织可采取冷冻和包埋同时进行（异戊.烷液氮浴）的方法。

7. 样本质检的内容及方法？

组织需要进行质检，然后才能进行正式的空间转录组实验，质检合格的样本进行后续空间测序成功率会高很多，质检的内容主要包括：
（1）组织形态学检测：
冰冻切片或石蜡切片，做普通 H&E 染色即可。主要看样本是否符合客户研究目的，其次观察组织形态上是否完整，比如是否有大的裂痕、冰晶形成而产生的空泡、褶皱等。
（2）RNA 完整性检测：
冰冻切片提取 RNA，跑2100检测 RIN 值，理想情况下 RNA RIN 值应大于7；石蜡切片因RNA完整性被破坏，提取RNA测DV200，RNA DV200应大于等于50%。对于未达标的样本，理论上不推荐进行空间转录组测试。