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- 2025年12月11日
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- 提供商：
北京诺禾致源科技股份有限公司
- 服务名称：
动植物多组学
动植物多组学组合形式
1）基因组+重测序+转录组
获取物种参考基因组，并利用重测序获得性状相关基因，与转录组进行关联，相互验证结果，缩小候选基因范围，并研究性状调控机制。
2）基因组+转录组+代谢组
整合基因组变异、基因表达和代谢物数据，构建代谢物-基因-遗传位点的互作关系网络，研究育种过程中代谢物变化的遗传基础。
3）基因组+转录组+表观遗传
基因组变异结果与ATAC-seq、Hi-C、甲基化等多组学数据进行集成，进一步从不同层面探索造成性状差异的生物学机制。
诺禾动植物多组学技术优势
更专业 ，更先进 ，更优质 ，更多元基因组与代谢组项目经验丰富，分析团队与分析流程专业，为您的项目准确并且快速交付保驾护航。
领域专家一对一为您的样本设计从DNA组学到代谢组学再到联合分析的方案，为更好的解决生物学问题奠定基础。
动植物基因组团队联合质谱团队，建立多组学对接团队，打通跨组学沟通频道，确保项目畅通无阻。
结合多组学联合分析结果，样本群体特征等，可为您构建多组学数据库开展详细的网站设计。
多组学取样建议
| DNA 重测序样本 | 取样标准 | 样本间不能有明显的亚群分化，主要为自然群体，群体来源广泛、遗传多样性 丰富 |
|---|---|---|
| 数量 | 建议样本量≥ 200 个 | |
| 测序深度 | 全基因组测序，测序深度建议不低于 10×/ 样 | |
| 代谢组样本 | 取样标准 | 每个物种选 3-5 株不同的样本，植物取不同植株上的果实或叶片等组织，动物 取不同组织部位样本（或特定器官），混样作为一个生物学重复（取样时间、 部位、环境尽量保持一致） |
| 甲基化样本 | 取样标准 | 由于表观遗传学具有显著的组织特异性，不同组织细胞间甲基化状态可能会有 巨大差异，最好针对研究部位进行取样 |
| 转录组样本 | 取样标准 | 与其组学的材料来源相同 |
| 注意：各组学样本分装保存并寄送 | ||
信息分析内容
| 基因组 de novo 分析 | 代谢组数据分析 | 甲基化数据分析 | 转录组数据分析 |
|---|---|---|---|
| 基因组 de novo 组装 | 代谢物定性定量 | 与参考基因组比对 | 可变剪切分析 |
| 基因组注释 | 代谢物数据质控 | 甲基化位点检测 | 基因表达水平分析 |
| 比较基因组分析 | 代谢物通路及分类注释 | 甲基化分布分析 | 差异基因分析 |
| 共线性 /WGD 分析 | 差异甲基化分析 | ||
| 基因组+重测序+代谢组+转录组/甲基化联合分析 | |||
| 分析类型 | 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|---|
| 染色体重排鉴定 | 基因组共线性比对并分析各组共线性片段 | 结合代谢组数据或者甲基化数 据，适应性形成机制，调控遗 传机制，提高优势育种效率和 准确性。 |
| 祖先染色体核型构建 | 祖先核型分析，基因组核型信息与基因组重排统计 | |
| 代谢组样本 | 取样标准 | |
| 多倍体亚基因组差异表达 | 共线性基因对 Ka/Ks 计算，与转录组数据比对后计算亚基因组间表达差异 | 多倍体物种各亚基因组之间的 表达差异，解析转录动态和基 因组相互作用 |
| 基因家族鉴定 基因结构与蛋白结构分析，进化树构建，染色体定位等 | 为研究物种多组学功能、分子 遗传、代谢调控提供数据支持 | |
| 个性化分析 | ||
| 多组学数据库 | 可视化展示物种基因组、转录组、表观组、代谢组等组学数据，整合分析结果 | 为研究物种多组学功能、分子 遗传、代谢调控提供数据支持 |
| 重测序群体分析 | 代谢组数据分析 | 甲基化数据分析 | 转录组数据分析 |
|---|---|---|---|
| 与参考基因组比对 | 代谢物定性定量 | 与参考基因组比对 | 可变剪切分析 |
| 标记检测及注释 | 代谢物数据质控 | 甲基化位点检测 | 基因表达水平分析 |
| 群体遗传多态性分析 | 代谢物通路及分类注释 | 甲基化分布分析 | 差异基因分析 |
| LD 分析 | 差异甲基化分析 | ||
| 重测序 + 代谢组 / 甲基化联合分析 | |||
| 分析类型 | 分析内容 | 解决问题 |
|---|---|---|
| 表型处理 | 生物学重复表型 / 异常表型处理 | 检验表型是否符合正态分布的规律 |
| 性状关联分析 | 基因型与表型性状（代谢物 / 甲基化）关联分析，曼哈顿图、QQ 图 | 鉴定出与代谢物 / 甲基化变异密切相关 且具有特定功能的基因位点或标记位点 |
| 候选基因功能注释 | 显著 SNP 位点所在物理位置上下游一定区域内的相关基因进行功能 注释 | |
| 候选区域单倍型图谱构建 | 对显著关联 SNP 位点所处的单倍型进行单体型内基因注释，找到功 能相关基因位点 | |
| 重测序 + 转录组联合分析 | ||
| eQTL 分析 | cis-e QTL、trans-e QTL 分析 | DNA 调控区变异位点对基因表达的影响 |
|---|---|---|
| GWAS-eQTL 分析 | 与 GWAS 结果关联的 eQTL 结果 | 将 eQTL 数据与 GWAS 数据量化整合， 实现从 SNP 到基因表达再到复杂性状 的精准定位 |
| TWAS 分析 | 基因 - 表型关系，基因表达与表型之间的关联分析 | 找出表达量与复杂性状关联的基因，即 鉴定出显著的性状 - 基因表达关联 |
| 个性化分析 | ||
| SV/CNV 分析 | SV/CNV 检测及注释 | 开发 SV/CNV 标记 |
|---|---|---|
| 选择消除分析 | Tajima′ D 测验、Fst 分析、θπ 分析、Fst & Pi 分析 | 挖掘与驯化性状相关的基因 |
| 与选择消除联合分析 | mGWAS 分析结果与选择消除结果联合分析 | 缩小变异相关候选区间 |
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文献和实验[1]. Kang L, Qian L, Zheng M, Chen L, Chen H, Yang L, You L, Yang B, Yan M, Gu Y, Wang T, Schiessl SV, An H, Blischak P, Liu X, Lu H, Zhang D, Rao Y, Jia D, Zhou D, Xiao H, Wang Y, Xiong X, Mason AS, Chris Pires J, Snowdon RJ, Hua W, Liu Z. Genomic insights into the origin, domestication and diversification of Brassica juncea. Nat Genet. 2021 Sep;53(9):1392-1402. doi: 10.1038/s41588-021-00922-y. Epub 2021 Sep 6. PMID: 34493868; PMCID: PMC8423626.
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