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扩增子测序类项目

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    (一)原样类 一、动物类样品: 1.粪便: 

    用灭菌的 2.0mL 离心管保存,单个样本取样量:0.5-1.0g/管,如不能及时送样,请-80 摄氏度冰箱冷冻保存。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5 管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    注:如粪便样品量较多或不能马上收集,最迟要在 2 小时之内全部收集完。

    2.肠道内容物: 

    用无菌手术刀刮取或镊子挤出内容物,用灭菌的 2.0mL 离心管保存,单个样本取样量:0.5-1.0g/管,如不能及时送样,请-80 摄氏度冰箱冷冻保存。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5 管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    3.肠道组织: 

    新鲜的组织样本用无菌磷酸盐缓冲液(1*PBSPH=7.2)轻轻清洗,直到没有内容物流出;用无菌的显微镜玻片刮取附着在表面的组织微生物,用灭菌的 2.0mL 螺口 EP管保存,液氮速冻 15min 以上,如不能及时送样,请-80 摄氏度冰箱冷冻保存。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5 管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    4.生殖道样本: 

    消毒外阴或尿道口,无菌棉签拭子拭取宫颈口或宫颈后穹窿的分泌物,不可碰及阴道壁,圆周滚动 5 次,充分取样,用无菌剪刀剪下棉签头部,放入装有 Amies 培养基的无菌离心管中,如不能及时送样,请-80  摄氏度冰箱冷冻保存。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5 管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    5.唾液样本: 

    用灭菌的 2.0ml 离心管,每管收集 1~2ml-80 摄氏度冰箱冷冻保存。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5 管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    二、环境类样品: 1.土壤样本: 

    用灭菌的 2.0ml 离心管或小自封袋,每份 0.5~2g,如不能及时送样,请-80 摄氏度冰箱冷冻保存。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5 管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    注:土壤类样品,应避免送样过多,造成保存空间紧张。

    2.水体样本(含污水、尿液等液态样本): 

    水样需要通过相应孔径的滤膜进行过滤,过滤后微生物会截留在滤膜上,将滤膜置于离心管中,如不能及时送样,请-80  摄氏度冰箱冷冻保存。由于材质问题,冷冻后的滤膜较脆易碎,建议冷冻时间不要太久,尽快送样。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5  管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    注:微孔滤膜建议使用 0.45μm 0.22μm 孔径,0.45μm 富集真菌类或者直径更大的微生物;0.22μm 富集细菌类或者直径更大的生物,可根据科研需要选择合适孔径的滤膜。

    3.植物内生菌样本: 

    随机摘取实验需要的新鲜植株,于 24h 内进行表面灭菌处理;先用 75%酒精浸泡 1 min,然后转入 2.5%次氯  钠溶液中浸泡 5-10  min,接着用无菌漂洗 2-3 次,收集最后一次漂洗液,涂布平板,无菌长出即为表面灭菌彻底;装入小自封袋,每份 5-10g,如不能及时送样,请-80 摄氏度冰箱冷冻保存。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5  管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,并确保寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    备注:植物类样本要求备注清楚:提取植物内生菌或表面菌。

    三、食品类样品: 1.固体类: 

    总量>20g,用灭菌的 2.0ml  离心管分装,如不能及时送样,请-80  摄氏度冰箱冷冻保存。为保证实验顺利进行,每个样本取 3-5 管备份,寄送样本时选择干冰或足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,样品仍处在冷冻状态。

    2.液体类: 

    液态类建议进行过膜处理后按照水体送样进行,无条件时可进行原样送样,总体积 30-50ml,用 50ml 离心管分装, 4 度冷藏保存,足量冷冻冰袋运输,寄送到公司时,冰袋仍处在冷冻状态。

    注意:

    1.为避免送样量不足,导致的提取总量不足问题,我们希望合作方送样量不低于最少送样量,最好达到推荐送样量的标准,以避免需要反复提取而样本不足的情况,因此导致反复送样而出现周期延误的状况。

    2.液态类的样品,必须用冰袋寄送,超出送样标准规定范围之外的送样方式,可事先沟通解决!

    具体原样送样量标准见下表: 送样原则:干净、足量、安全 

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    核酸类 一、核酸质量标准: A.DNA: 

    DNA 样品送样前,请做浓度和凝胶电泳检测,对提取的DNA 有一定的了解,以便后续实验沟通;为了实验顺利进行请按如下标准提供样品:

    1)浓度大于 10ng/μl(浓度以 Nanodrop 为准);

    2)检测 260/280 比值控制在 1.8-2.0 之间,在 260 波长有明显的吸收峰;

    3)客户提供的胶图中,电泳必须要有条带;

    4DNA 体积不少于 25 μL,如果扩增多个基因区域,每增加一个扩增区域,增加 10μl

    B.PCR 产物: 

    送来的PCR 产物:分两大类:

    1.包数据量(G):

    送样要求:送样体积大于 25μL*订单上标记是否纯化;*提供片段大小;*建库类型-必填(如:试剂盒建库,PCR-free  文库);PCR-FREE  文库(浓度≥1ng/ul,总量≥3ug),试剂盒建库(浓度≥1ng/ul,总量≥1.2ug);扩增胶图;Barcode 信息等。

    2.常规包 reads(条):

    未纯化:

    送样体积大于 25μL*订单上标记是否纯化;*提供片段大小;Barcode 信息;建库类型-必填(如:常规建库);扩增胶图等。

    已纯化:

    1)必须是凝胶电泳,切胶回收后的PCR 产物,其它回收可能含有非目的条带;

    2)纯化后样品浓度≥1 ng/μl,总量≥30ng(荧光定量为准);

    3)体积≥25 μL

    4)必须提供片段大小,扩增回收后检测胶图等信息;

    5)客户提供的胶图中,电泳必须要有目的条带;

    备注:若是未纯化样品,需要纯化时,另收费。

    (三)文库类 

    1、峰型单一,无杂峰,无接头和无引物二聚体,QPCR 浓度≥3nM 体积≥25uL

    2、备注是否添加Phix Phix 的占比。

    (四)拒收样品 

    1.直径大于 3cm 的石块。

    2.由于保存不当,样品包装破裂,发生交叉污染的样品。

    3.提供的核酸样品体积小于 20uL

    4.提供的送样管为 0.2ml PCR 反应管,标记不清易丢失。

     

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