小RNA测序
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    一、技术简介:

    小RNA是生物体内一类具有重要调控功能的非编码短小RNA的总称。大量研究已经证实,小RNA几乎参与调控了动植物所有的生命过程,包括细胞增殖,分化,凋亡等,并且与人类疾病的发生发展密切相关。小RNA测序正是对这一类重要的调控小RNA——特别是microRNA(miRNA)展开分析,利用高通量测序技术对样本中18~30nt的小RNA序列进行鉴定和分析。通过小RNA测序可以快速鉴定物种全谱的小RNA组,并预测新的miRNA,同时可对miRNA的靶基因进行预测和功能分析。

    二、技术优势:

    1.文库优化:针对动植物miRNA序列的不同特别,优化文库制备流程,最 大 程度地富集样本小RNA序列。

    2.分析软件:利用数据分析软件ACGT101-miR,可靠性已被数百个实验项目检验;生成图表可直接用于论 文。

    三、测序策略:

    HiSeq2500,SE50。

    四、技术路线:

    TotalRNA→3’及5’接头连接→反转录→PCR扩增→PAGE纯化→上机测序→数据分析。

    五、分析内容: 1.数据质控 2.可比对测序数据的获得 3.miRNA数据库以及测序物种基因组比对 4.与其他RNA数据库的比对 5.预测全新的miRNA 6.miRNA序列本身相关分析 7.miRNA定量分析 8.多样品miRNA的表达差异分析 9.差异表达miRNA筛选 10.差异表达miRNA统计 11.miRNA表达模式聚类分析(仅限多样本项目) 12.重复相关性检测(仅限生物学重复样本) 13.差异表达miRNA的靶基因预测以及差异表达miRNA的靶基因GO,KEGG注释与GO,KEGG富集性以及pathway通路分析和pathwaynetwork分析(仅限多样本项目) 六、样本类型:

    1.细胞,组织,体液、血清、血浆、全血,总RNA等;

    2.建议总RNA起始量:5μg,最低2.5μg,浓度≥120ng/μL。

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    该产品被引用文献
    1.WuS,LiY,ChenS,LiangS,RenX,GuoW,SunQ,YangX.(2017)EffectofdietaryAstragalusPolysaccharidesupplementsontesticularpiRNAexpressionprofilesofbreedingcocks.InternationalJournalofBiologicalMacromolecules103(1),957-964. 2.TrittenL,TamM,VargasM,JardimA,StevensonMM,KeiserJ,GearyTG.(2017)Excretory/secretoryproductsfromthegastrointestinalnematodeTrichurismuris.ExperimentalParasitology178(1),30-36.

     

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