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基因组研究包括两方面的内容：以全基因组测序为目标的结构基因组学（structural genomics）和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学（functional genomics)，又被称为后基因组（postgenome）研究，是系统生物学的重要方法。
在医学领域，基因组学能为一些疾病提供新的诊断、治疗方法，有助于医生获得更多的治疗信息并进行个性化医疗。在食品、农业、环境等研究领域，基因组学的应用也十分广泛。基因组学的主要工具和方法包括生物信息学，遗传分析，基因表达测量和基因功能鉴定。
一、16s、18s、ITS等扩增子测序：
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序，分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域，通过检测目标区域的序列变异和丰度，以研究环境微生物多样性及群落组成差异。
二、技术优势：
1、通量高，适用于大量样本的特定基因组区域研究；
2、周期短，可缩短研究周期，加速临床应用及文章发表；
3、信息度高，针对感兴趣的基因组区域进行遗传变异位点的寻找，可对特定区域进行深入研究。
三、实验路线：
（1）样品准备；
（2）DNA提取与检测；
（3）PCR扩增；
（4）产物纯化；
（5）文库制备与产检；
（6）Hiseq上机测序。
四、生物信息学分析：
五、应用领域：
环境微生物、肠道微生物、发酵微生物菌群研究等。
六、样品要求：
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样品类型 |
样品量 |
样品要求 | |
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常见环境样本 |
土壤、淤泥、沉积物 |
≥3g |
建议使用5ml EP 管进行装载 |
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粪便 |
≥500mg |
详情咨询 | |
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水样（过滤后的滤膜拭子） |
≥2个 |
最适滤膜直径3-4cm，孔径大小一般选择0.22um或者0.45um | |
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组织样本 |
肠道组织等 |
≥1g |
详情咨询 |
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DNA/PCR产物 |
DNA（浓度≥5ng/ul） |
≥150ng |
DNA要有明显主带，无降解，无RNA、蛋白质等杂质污染 |
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PCR产物（浓度≥20ng/ul） |
≥400ng |
片段大小＜450bp，条带单一，无降解，无引物二聚体 | |
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文献和实验的并不多，究竟什么样的模板能够在扩增过程中产生异源双链呢？主要是那些产物序列中既有一致性序列又有差异性序列的应用，例如：带有统一接头序列的 NGS 文库定量、带有一致保守区序列的 16S 宏基因组定量，以及定量模板中含有突变位点的应用都可能产生异源双链。 图 2. PCR 扩增异质靶标，产物自退火引发「鱼钩效应」 [1] 既然清楚了嵌入性染料法产生「鱼钩效应」的原理，也就找到了对应的解决方案：1. 减少 PCR 反应循环数，比如从 35 个循环下降到 28 个循环，产物自退火尚未发生，引物
的作用：动物研究 研究对象：小鼠 发表期刊：Brain Behavior and Immunity 影响因子：19.227 发表时间：2022 年 09 月 合作单位：哈尔滨医科大学附属第一医院 运用组学技术：气相色谱-质谱法、免疫学、GC-MS 靶向代谢组学（由鹿明生物提供技术支持）、16S rRNA 基因测序（由欧易生物提供技术支持） 2022 年 9 月，哈尔滨医科大学附属第一医院姚丽芬教授课题组（一作：闫珍珍）在 Brain Behavior and Immunity 期刊发表了题为
高脂饮食让人长胖的原因又多了一个！竟会破坏肠道菌群的昼夜节律，影响机体代谢
& Microbe HF 改变肠道微生物群的组成并抑制微生物的昼夜节律 接下来，通过每 4 小时收集一次 RC 或 HF 喂养小鼠的回肠远端管腔内容物，并通过 16S rRNA 基因扩增子测序和微生物生态学定量检测的方法对其微生物群落进行解析。 分析结果表明，HF 显著增加了隶属于厚壁菌门的操作分类单元（OTUs）的相对丰度，但拟杆菌门的丰度却是减少的。尽管在 RC 和 HF 喂养的小鼠中，16S rRNA 基因拷贝数表现出相似的幅度，但是 HF 引起了相对于 RC 的偏移。同时，在 RC 和 HF
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