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Label free蛋白组学

Label free蛋白组学
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苏州帕诺米克生物科技有限公司
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我们可为您提供蛋白质组学研究的革命性技术——Label free蛋白组分析!

       本公司蛋白质组学是基于Label-free蛋白分析鉴定技术,利用全球最先进的LC-MS/MS分析平台,您只需提供粗提的蛋白混合物样品,一次分析即可得到1000种蛋白数据 ,实验结果不受实验条件制约,数据可靠、可重复性高,是当前国内外蛋白质组学研究的趋势性技术。

       该项分析技术的研发与实验过程均在美国费城进行,在美国我们的客户包含NIH、FDA、哈佛大学与耶鲁大学等政府及科研单位,亦包含GSK、辉瑞等全球领先的制药公司。目前我们全面开展国内的技术服务项目,是您触手可及的全球蛋白质组学领导者。

      在技术分析之后我们提供相关的生物信息学分析,其中分析包括:差异蛋白分析差异蛋白热图聚类分析,蛋白Gene Ontology分析、pathway蛋白组与转录组关联蛋白组与代谢组关联等多种分析,并提供客户定制分析服务,数据将直接跟踪到文章发表

      目前我们在国内的客户包括:北京农业大学,成都生物制品研究所,东南大学,华南理工大学,华中农业大学,吉林大学,江苏省农业科学院,江南大学等。

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我们可为您提供蛋白质组学研究的革命性技术——Label free蛋白组分析!       本公司蛋白质组学是基于Label-free蛋白分析鉴定技术,利用全球最先进的LC-MS/MS分析平台,您只需提供粗提的蛋白混合物样品,一次分析即可得到1000种蛋白数据 ,实验结果不受实验条件制约,数据可靠、可重复性高,是当前国内外蛋白质组学研究的趋势性技术。       该项分析技术的研发与实验过程均在美国费城进行,在美国我们的客户包含NIH、FDA、哈佛大学与耶鲁大学等政府及科研单位,亦包含GSK、辉瑞等全球领先的制药公司。目前我们全面开展国内的技术服务项目,是您触手可及的全球蛋白质组学领导者。      在技术分析之后我们提供相关的生物信息学分析,其中分析包括:差异蛋白分析,差异蛋白热图聚类分析,蛋白Gene Ontology分析、pathway、蛋白组与转录组关联、蛋白组与代谢组关联等多种分析,并提供客户定制分析服务,数据将直接跟踪到文章发表。      目前我们在国内的客户包括:北京农业大学,成都生物制品研究所,东南大学,华南理工大学,华中农业大学,吉林大学,江苏省农业科学院,江南大学等。
Label-free MS/MS定量方法 技术:    ProtTech公司根据格里芬发表文章(Nature Biotechnology 28, 83-91, 2010)里的方法开发了label-free蛋白定量生物信息学平台。该方法结合了三种水平的MS丰度特征(肽谱计数,光谱计算和片段离子强度)来消除重复的MS测量值之间的差异。它能够在相同或者不同样品中重复测定几千种蛋白。 步骤:1:分组。根据样品中蛋白的数量和客户要求分析的程度,我们将蛋白按照分子量、电荷、疏水性等性状分成多个组分。常用的分离方法包括SDS-PAGE,SCX等色谱方法。蛋白的分组有利于样品深度的分析和检测到更多蛋白。当然,也会增加工作量和费用。2、亲和纯化。有时候只需要进行某一组蛋白组学分析,例如有特定修饰的肽段。标准的亲和纯化过程包括胰蛋白酶水解和亲和层析。IMAC方法经常被用于纯化磷酸化肽类,抗体经常被用来纯化乙酰化或泛素化肽类。有针对性的对翻译后修饰的位点进行识别。由于亲和纯化后未经修饰的肽被分离,翻译后修饰肽类的相对含量能够测出,绝对含量测不出。3、数据采集。NanoLC/MS/MS系统能够获得样品胰蛋白酶水酶解后肽段的MS/MS数据。NanoLC系统提供了超高灵敏度的LCMS检测,比LCMS系统高了几千倍。我们使用的具有快速扫描速率(线性离子阱系统)的质谱仪可以获得更多的MS / MS数据和更深度的蛋白质组学分析。4、生物信息学分析。获得的LCMS数据输入到我们的专有软件程序中进行生物信息学分析。分析包括:i) 从MS / MS数据识别的肽序列;ii). 聚集相同的蛋白所有肽序列;iii).从多个组分中聚集相同蛋白;iv).计算每个蛋白质的SNI和在原样品中的相对丰度;v).几组样品蛋白差异分析和蛋白丰度差异分析。5、交付。我们将所有鉴定出的蛋白和蛋白的差异分析显示在报告中。
     蛋白质质组学分析是发现蛋白质生物标识物的至关重要的手段,这些生物标记物可以作为疾病诊断和治疗干预的靶点。我们提供基于LC-MS的蛋白质组学分析。鉴于我们对蛋白质分析和蛋白质物化特征的广泛深入了解,我们可以为客户提供高质量的成套服务。    我们在蛋白质组学分析上主要有两个平台:无标记的LC-MS蛋白质组学以及SILIC标记的LC-MS蛋白质组学。    我们对蛋白质纯化,蛋白质固定化,蛋白质化学特性以及蛋白质质组学样品的处理都有着广泛经验,所以我们可以为有着不同科研需求的客户提供从样品分离纯化到信号通路分析的整合性服务。其中包括磷酸化蛋一质组学,化学蛋白质组学,细胞器蛋白质组学,信号通路蛋白质组学等。 无标记质谱定量:    我们根椐发表的文献开发了无标记质谱定量的蛋白质组学方法(文献 1)。在这个方法中,一个蛋白质的相对丰度是通过肽段的质谱强度以及串联质谱激发的碎片化肽段的强度信息综合而来。我们开发的专有软件包可以在无标记蛋白质质组学中分析蛋白质的相对比例定量。这个方法可以用于任何蛋白质样品,包括原代细胞样品,组织及血液样品。这个技术可以在超过80%情况下准确预测蛋白质含量。 SILAC标记(Stable Isotope Labeling by Amino Acids in cell Culture):   该方法中,在细胞培养液中添加含有稳定同位素C13的精氨酸、赖氨酸,这样蛋白质产物也会被相应的同位素标记上(文献 2)。由于SILAC标记发生于的细胞生长阶段,不同标记的细胞可以在细胞裂解和蛋白质分离纯化前已经合并在一起,这样因蛋白质分离步骤造成的差异就可以忽略不记了。经稳定同位素标记的蛋白质与常规蛋白质相比,除了在质量上有轻微差异外,生物和化学特性一般会相当一致。这个方法可以为两个样品中的蛋白质含量提供一个准确的计量。我们也已经开发了专有的软件工具,用于分析SILAC标记样品中的蛋白质组学数据。SILAC标记方法的局限性:1)一般不能应用于组织、血液和一些原代细胞系;2)同位素标记的细胞培养非常昂贵。 参考文献:1. Griffin, N., Yu, J., Long, F., Oh P., Shore S., Li, Y.,  Koziol J., & Schnitzer, J., Label-free,
产品简介:非标记定量技术(Label Free)用来比较的样品不经过任何标记,直接酶解后经过质谱分析产生数据。通过软件对谱图进行归一化后,比较对应的质谱峰的强度,峰面积等一系列因素,来确定蛋白质在几组样本中的相对表达量变化。它是一种不依赖于同位素标记的新型蛋白质定量技术,该技术通过液质联用对蛋白质酶解肽段进行分析,无需昂贵的稳定同位素标签做内部标准,只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据,比较不同样本中相应肽段的信号强度,就能对相应的蛋白质进行相对定量。 技术原理:非标记定量蛋白质组学已成为越来越重要的质谱定量方法,按照其原理主要分为两种:Spectrum counts类的非标记定量方法:发展比较早,已经形成多种定量算法,但主要原理都是以MS2的鉴定结果为定量基础,各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。另一种非标记定量方法的原理是以MS1为基础,计算每个肽段的信号强度在LC-MS色谱上的面积积分。 应用领域:疾病标志物筛选  作用机制研究药物作用靶点研究 特殊功能蛋白质筛选植物抗逆研究疾病的分子分型  产品优势:•  不需要昂贵的标记直接根据一维色谱及一级质谱的峰面积进行蛋白定量,不需要同位素标记,实验耗费低•  实验要求高对液相色谱分离及串联质谱鉴定的稳定性和重复性要求较高,需要有足够的技术重复以确证结果的可靠性•  样品不受限制,无标记偏差与标记技术相比,非标记技术对于样品数量无限制,克服了标记定量技术在对多个样本进行定量和定性方面的缺陷,并且克服了标记定量技术对于某些不易标记的蛋白/肽段检测效果不好的缺陷 技术路线:  分析内容: 蛋白质组鉴定; Unique肽段数分布; 肽段长度分布; 肽段质量误差分布; 蛋白覆盖度分布; 定量信息统计; 蛋白质丰度比(FC)分布;       差异蛋白质的功能注释(两个或以上样品); 差异蛋白质的GO和KEGG富集分析(两个或以上样品); 差异蛋白质互作网络。   样品要求:1.样品类型:总蛋白;2.样品总量:>500mg(新鲜组织样); >300ug-500ug(提取蛋白量)。

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