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Label free蛋白组学

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苏州帕诺米克生物科技有限公司
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我们可为您提供蛋白质组学研究的革命性技术——Label free蛋白组分析!

       本公司蛋白质组学是基于Label-free蛋白分析鉴定技术,利用全球最先进的LC-MS/MS分析平台,您只需提供粗提的蛋白混合物样品,一次分析即可得到1000种蛋白数据 ,实验结果不受实验条件制约,数据可靠、可重复性高,是当前国内外蛋白质组学研究的趋势性技术。

       该项分析技术的研发与实验过程均在美国费城进行,在美国我们的客户包含NIH、FDA、哈佛大学与耶鲁大学等政府及科研单位,亦包含GSK、辉瑞等全球领先的制药公司。目前我们全面开展国内的技术服务项目,是您触手可及的全球蛋白质组学领导者。

      在技术分析之后我们提供相关的生物信息学分析,其中分析包括:差异蛋白分析差异蛋白热图聚类分析,蛋白Gene Ontology分析、pathway蛋白组与转录组关联蛋白组与代谢组关联等多种分析,并提供客户定制分析服务,数据将直接跟踪到文章发表

      目前我们在国内的客户包括:北京农业大学,成都生物制品研究所,东南大学,华南理工大学,华中农业大学,吉林大学,江苏省农业科学院,江南大学等。

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我们可为您提供蛋白质组学研究的革命性技术——Label free蛋白组分析!       本公司蛋白质组学是基于Label-free蛋白分析鉴定技术,利用全球最先进的LC-MS/MS分析平台,您只需提供粗提的蛋白混合物样品,一次分析即可得到1000种蛋白数据 ,实验结果不受实验条件制约,数据可靠、可重复性高,是当前国内外蛋白质组学研究的趋势性技术。       该项分析技术的研发与实验过程均在美国费城进行,在美国我们的客户包含NIH、FDA、哈佛大学与耶鲁大学等政府及科研单位,亦包含GSK、辉瑞等全球领先的制药公司。目前我们全面开展国内的技术服务项目,是您触手可及的全球蛋白质组学领导者。      在技术分析之后我们提供相关的生物信息学分析,其中分析包括:差异蛋白分析,差异蛋白热图聚类分析,蛋白Gene Ontology分析、pathway、蛋白组与转录组关联、蛋白组与代谢组关联等多种分析,并提供客户定制分析服务,数据将直接跟踪到文章发表。      目前我们在国内的客户包括:北京农业大学,成都生物制品研究所,东南大学,华南理工大学,华中农业大学,吉林大学,江苏省农业科学院,江南大学等。
     蛋白质质组学分析是发现蛋白质生物标识物的至关重要的手段,这些生物标记物可以作为疾病诊断和治疗干预的靶点。我们提供基于LC-MS的蛋白质组学分析。鉴于我们对蛋白质分析和蛋白质物化特征的广泛深入了解,我们可以为客户提供高质量的成套服务。    我们在蛋白质组学分析上主要有两个平台:无标记的LC-MS蛋白质组学以及SILIC标记的LC-MS蛋白质组学。    我们对蛋白质纯化,蛋白质固定化,蛋白质化学特性以及蛋白质质组学样品的处理都有着广泛经验,所以我们可以为有着不同科研需求的客户提供从样品分离纯化到信号通路分析的整合性服务。其中包括磷酸化蛋一质组学,化学蛋白质组学,细胞器蛋白质组学,信号通路蛋白质组学等。 无标记质谱定量:    我们根椐发表的文献开发了无标记质谱定量的蛋白质组学方法(文献 1)。在这个方法中,一个蛋白质的相对丰度是通过肽段的质谱强度以及串联质谱激发的碎片化肽段的强度信息综合而来。我们开发的专有软件包可以在无标记蛋白质质组学中分析蛋白质的相对比例定量。这个方法可以用于任何蛋白质样品,包括原代细胞样品,组织及血液样品。这个技术可以在超过80%情况下准确预测蛋白质含量。 SILAC标记(Stable Isotope Labeling by Amino Acids in cell Culture):   该方法中,在细胞培养液中添加含有稳定同位素C13的精氨酸、赖氨酸,这样蛋白质产物也会被相应的同位素标记上(文献 2)。由于SILAC标记发生于的细胞生长阶段,不同标记的细胞可以在细胞裂解和蛋白质分离纯化前已经合并在一起,这样因蛋白质分离步骤造成的差异就可以忽略不记了。经稳定同位素标记的蛋白质与常规蛋白质相比,除了在质量上有轻微差异外,生物和化学特性一般会相当一致。这个方法可以为两个样品中的蛋白质含量提供一个准确的计量。我们也已经开发了专有的软件工具,用于分析SILAC标记样品中的蛋白质组学数据。SILAC标记方法的局限性:1)一般不能应用于组织、血液和一些原代细胞系;2)同位素标记的细胞培养非常昂贵。 参考文献:1. Griffin, N., Yu, J., Long, F., Oh P., Shore S., Li, Y.,  Koziol J., & Schnitzer, J., Label-free,
同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)概述 同位素标记相对和绝对定量(isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation,  iTRAQ)技术的发展得益于可进行多重标记的iTRAQ试剂的开发,该试剂结构由指示基团、中性平衡基团和反应基团三部分组成。不同指示基团及其相对应平衡基团的质量和都相同,而反应基团能与赖氨酸ε氨基和所有肽链的氨基末端连接,可标记所有氨基酸。不同标记试剂与来源于不同样品胰酶消化后的肽段结合,经过色谱分离,并通过一级质谱和二级质谱。平衡基团在二级质谱时发生中性丢失,而报告基团在二级质谱低质量区域产生多个报告离子,其信号强度分别代表该标记样品的表达量,根据报告离子的峰面积计算同一蛋白质同一肽段在不同样品间的比值,从而实现蛋白的相对和绝对定量。能够得到:一般500至600种蛋白,以及不同样品间蛋白质表达的差异。 应用:£ 可同时标记2~8个样品,一次实验实现多达8个样品的蛋白质鉴定和定量  非常高的通量£ iTRAQ技术不仅可发现胞浆蛋白,还有膜蛋白、核蛋白、胞外蛋白。iTRAQ技术可检测出低丰度蛋白、强碱性蛋白、小于10KD或大于200KD的蛋白。  可以进行多个时间点蛋白质组动态变化的监测 可以分析详细分期/型的临床疾病样本,并可设计样本重复 甚至可以进行个体样本的研究 细胞周期、细胞信号传导整个过程的蛋白质组动态学 相比其他蛋白组分析:  蛋白质组分析技术 缺点 2D-PAGE 对分子量多大或者过小(>200000或者<8000)的蛋白质、低丰度蛋白质、极碱或者疏水蛋白质性难于分离。 DIGE 对分子量多大或者过小(>200000或者<8000)的蛋白质、低丰度蛋白质、极碱或者疏水蛋白质性难于分离。 ICAT 功能重要的不含半胱氨酸的蛋白质会被遗失;亲和层析可能导致污染 技术特点和优势:   定量敏感、反应速度快 标记完全,标记效率高达97%以上 较高的重复性,能简化谱的复杂程度、提高离子强度 可对多达八种不同样本同时进行定量分析 定性与定量同时进行实验大致流程: 生物信息分析 
非标记定量(Label free) 蛋白质组学技术服务简介定量蛋白质组学是蛋白质组研究的重要内容,通过对基因表达产物——蛋白质的定量分析,以了解基因在不同的生理、病理和逆境条件下的表达情况。近年来,随着非凝胶技术的发展,“鸟枪法”蛋白质组学(“Shotgun”proteomics)技术,特别是多维蛋白质鉴定(Multidimensional Protein Identification,MudPIT)已成为研究复杂生物样本中大规模蛋白质表达和定性和定量分析的强有力工具。 技术原理在非标记定量策略的两种算法中,基于肽段被检测到次数的算法得到的肽段定量较色谱峰面积的算法有好的重现性(Reproducible)和动态范围(Dynamic range),但是后期需要较为复杂的算法(Alignment)和均一化方法(Normalization method)。基于现代高灵敏度质谱(High resolution of modern spectrometers)结果的分析软件Maxquant综合了以上两种定量方法的优点:以一级质谱(MS1,肽段水平)为基础,将质谱数据转化成以色谱保留时间(Retention time)和质荷比(m/z)为变量的二维图谱,在该二维图谱基础加上MS1肽段的强度(Intensity)变量,即最原始的质谱数据最终被转换成形象的三维图谱。 技术特点1. 对质谱仪器设备要求较高,色谱和质谱需要同时有较好的稳定性和重复性。2. 需要有特殊的定量分析软件。3. 对样品中蛋白质总量要求较低,实验周期短,实验费用低。4. 不需要额外并且昂贵的标记试剂,排除了标记过程带入实验误差的风险,同时也不必考虑标记效率的问题。 样本要求1. 最好送原始样本,除非客户有成熟的蛋白质组学的蛋白提取方法。2. 动物组织样品:湿重不少于200 mg,样品不能溶血,取材后用PBS冲洗3遍去除血液。3. 植物组织样品:湿重不少于1 g,取材后用PBS冲洗3遍去除杂质污染。4. 菌体样品:原则上只接受常见无毒菌的菌体样品,菌体沉淀不少于100 mg或者体积不少于100 μL;若为含有毒菌的菌体样品或菌体裂解液,按照《病原微生物技术服务操作指南》执行。5. 细胞样品:收集细胞沉淀,PBS冲洗3遍,送样量为5×106或细胞沉

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