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北京恩泽康泰生物科技有限公司
- 服务名称：
外泌体长链RNA测序分析服务
- 规格：
价格面议
产品简介：
外泌体长链RNA测序是采用去核糖体链特异性的建库方法，对mRNA、lncRNA等长链RNA进行测序分析，从而快速全面准确地获得与特定生物学过程相关的长链RNA转录本信息，可应用于疾病标志物、细胞分化和发育、调控机理及基因药物等方面的研究。 
建库测序策略：
外泌体长链RNA文库：去rRNA的链特异性文库
测序平台：Illumina NovaSeq平台，推荐单个样本测序数据量不少于20G raw reads
分析内容： 
结果展示：
外泌体lncRNA分析内容很丰富，恩泽康泰结合外泌体lncRNA的特点，基于丰富的项目经验优化制定严格的内部数据质控标准，确保分析结果真实可信。 标准分析内容包含lncRNA和mRNA两部分：分别对lncRNA和mRNA进行定性和定量分析、差异分析和差异基因/靶基因功能富集分析，满足lncRNA数据挖掘的基本需求;同时可以对circRNA进行分析，提高数据的利用率。 
样本要求：
1.外泌体悬液：BCA浓度 0.5 ug/ul，体积为100ul-200ul；
2.RNA样本质控：RNA浓度≥300pg/ul，体积＞50ul；
3.送按照要求前处理的原始样本由恩泽提供外泌体分离服务。
能否开展实验以恩泽康泰RNA质控结果为准。
项目周期：
| 项目 | 周期（样本数量≤50） | 周期（样本数量：50-100） |
| 外泌体长链RNA测序分析 | 35 工作日 | 45 工作日 |
周期以RNA质控合格确定开始启动建库测序开始计算。
交付结果：
恩泽交付客户的内容包括：测序原始数据、分析结果文件和结题报告。
恩泽优势：
在外泌体RNA研究中，有关Long RNA研究非常少，主要是因为外泌体总RNA中Long RNA占比少，且外泌体总RNA浓度低，测序得到的Long RNA覆盖度低，且多数均为组成性表达的mRNA。在保证外泌体纯度的前提下如何提高得率从而获得丰度更高的Long RNA是个难题。
恩泽康泰在外泌体Long RNA研究中，在外泌体来源上精雕细琢，在保证外泌体纯度的前提下，提高得率，从源头上保障更多Long RNA数据的产出。对提取的微量RNA，采用超微量的建库方法，优化试剂盒的选择，结合外泌体特征的分析算法，基于超万例外泌体样本提炼出最适的质控方式，为整个外泌体Long RNA研究提供优质的解决方案。并且可提供私人订制的研究方案，或基于外泌体的前沿研究结合超万例的项目经验对已有的项目方案提出专业的意见和建议，为高水平文章的顺利发表保驾护航。 
经典案例：
经典案例（一）血浆细胞外囊泡 mRNA 用于胰腺导管腺癌患者的非侵入性风险分层、预后估计标志物
研究背景：胰腺导管腺癌 (PDAC) 患者在确诊后的中位生存期仅6-8个月；为了改善PDAC的治疗和管理，确定预后因素对最佳治疗决策和患者生存都很重要。
研究思路：
研究结果：研究工入组239名多中心队列样本，分为发现集、训练集、验证集。分离提取血浆的EV进行长链RNA测序，分析不同总生存期患者血浆EV-mRNA的表达特征，随后在训练集和验证集中评估EV标志物。研究确定一种新的非侵入性3种 EV-mRNA组成的EV signature，可用于PDAC 患者的风险分层，以预测患者的生存期。EV signature是一种独立的不利预测因子，可与肿瘤分期结合改善对PDAC 预后的准确性。研究结果证明临床使用血浆EV-mRNA特征进行PDAC预后的可行性，填补了目前液体活检的研究空白。
经典案例（二）1型糖尿病血浆来源外泌体长链RNA谱的特征研究
研究背景：外泌体包含多种类型的转录本，包括长链非编码rna（lncRNAs）、编码RNA（mRNA）和环状RNA（circRNA）；并且其在人类疾病中发挥重要作用。然而，外泌体长链RNA在1型糖尿病（T1DM）中的作用尚未得到很好的研究。该系列研究对T1DM的血浆来源的外泌体长链RNA表达谱进行了表征，并预测了它们在T1DM的发病过程中的潜在的功能。
研究思路：
研究结果：研究者通过对10例正常人和10例T1DM患者血浆外泌体进行分离鉴定，提取RNA进行外泌体lncRNA-seq测序；分别分析其中的lncRNA，mRNA和circRNA 绘制T1DM血浆外泌体长链RNA表达图谱。通过差异分析和靶基因功能富集分析，解析差异血浆外泌体lncRNA和T1DM的潜在关系。在另外30对样本血浆外泌体中，通过RT-PCR对6个差异表达的lncRNA和mRNA进行验证。研究首次表征T1DM血浆外泌体lncRNA图谱，解析外泌体lncRNA在T1DM发病机制中的潜在作用，为研究T1DM发病的分子机制提供新的见解。
[1] Plasma extracellular vesicle messenger RNA profiling identifies prognostic EV signature for non-invasive risk stratification for survival prediction of patients with pancreatic ductal adenocarcinoma. J Hematol Oncol. 2023 Feb 3;16(1)
[2] Characterization of lncRNA Profiles of Plasma-Derived Exosomes From Type 1 Diabetes Mellitus. Front Endocrinol (Lausanne). 2022 May 12;13:822221.
[3] Plasma-derived exosomal mRNA profiles associated with type 1 diabetes mellitus. Front Immunol. 2022 Sep 13;13:995610.
[4] Differential Expression and Bioinformatics Analysis of Plasma-Derived Exosomal circRNA in Type 1 Diabetes Mellitus. Journal of Immunology Research.2022
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文献和实验1、巨噬细胞外泌体长链RNA测序分析
Ref：Wang D, Liu Y, Diao S, Shan L, Zhou J. Long Non-Coding RNAs Within Macrophage-Derived Exosomes Promote BMSC Osteogenesis in a Bone Fracture Rat Model. Int J Nanomedicine. 2023;18:1063-1083. IF=6.7 2区
长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子，它们并不编码蛋白，而是以RNA的形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控基因的表达水平。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。然而，近年来的研究表明，lncRNA参与了X染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录激活，转录干扰，核内运输等多种重要的调控过程，lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物基因组序列中
和 siRNA 这些小 RNA 载入到外泌体中，这为后续验证 miRNA 和 siRNA 对体内外功能的影响奠定了基础。下面具体介绍实验过程和结果。 一、外泌体载药之 miRNA 装载篇 图一 外泌体 miRNA 装载及检测示意图 1.实验结果： 1)外泌体超离后，根据透射电镜（TEM）、NTA 和 WB 的鉴定结果，我们获得了高质量的外泌体，用于后续电转和共孵育实验。 图二 外泌体鉴定（TEM、NTA、WB） 2)外泌体经电转和共孵育后，通过 qPCR 方法检测外泌体中
还将N-BLR链接到包含motif反向补充的位点(‘target’partners)。所有这些联系意味着，在小鼠细胞中引入N-BLR(通过转染或工程)不太可能有助于研究其在人类环境中的作用:N-BLR的广泛的海绵和目标伙伴网络将缺席。值得注意的是，以前曾有关于mirna、蛋白编码基因及其伪基因的类似偶联的报道。pyknon框架将长链非编码rna和信使rna以大量的组合方式连接在一起。第二，以上的观察结果并不只适用于N-BLR。许多人类的pyknons要么是人类特有的，要么是灵长类特有的。回想一下
