Xenium亚细胞空间原位分析解决方案

空间生物学技术正不断以实现更高的空间分辨率，更准确和灵敏的检测方法，以及更全面的生物样本分析为目标优化。继Visium空间转录组技术之后，亚细胞分辨率的靶向基因和蛋白表达原位分析的全新空间组学技术——Xenium组织原位分析解决方案重磅出炉！通过将单分子RNA和蛋白检测的功能与光学元件、数据采集和解码技术结合，真正意义上捕获了单细胞/亚细胞水平的表达的信息，助力科研工作者实现更精准的数据挖掘。
 

 

实验原理和流程

Xenium空间原位分析解决方案的第一步是样本制备，将 FF或FFPE组织切片置于Xenium载玻片上，对切片进行处理：FF样本进行固定和透化；FFPE样本进行脱蜡和解交联。接下来，利用可环化的DNA探针对组织切片进行标记，DNA探针由两端基因特异性序列结构和中部荧光探针特异性杂交位点构成。探针与组织样本原位RNA杂交过程中，仅当两端特异性序列精确匹配形成挂锁结构，才可以连接成环，并在酶的作用下滚环扩增，形成特异性扩增产物。在Xenium分析仪中，组织原位的特异性扩增产物经过多轮荧光探针杂交，成像和探针去除，形成原位荧光信号序列，解码这个荧光序列即可获得该位置所属基因。不同基因探针浓度会根据表达量微调，使其具有更高的灵敏度、特异性和精确度，从而实现对大量目标基因的同时鉴定和定位。最后将获得的数据通过 Xenium In Situ平台直接输入软件进行初步处理，构建出整张组织切片上转录本的空间图谱。未来，Xenium还能够检测同一组织切片中的RNA和蛋白质表达水平，以实现组织中复杂而精准的表达模式分析。
 

技术优势

更高的通量：捕获区域为10.45mm x 22.45mm，一次可同时支持两张玻片上机；

高灵敏性和特异性：平均每个基因设计8对独特的挂锁式探针，表达量高低调整探针数量，增强检测的灵敏性和特异性；

组织原位的亚细胞分辨率：结合原位显微成像的检测方法，保留RNA分子的原位特征，实现亚细胞水平的原位基因表达分析；

高样本兼容性：能够识别短或高度降解的转录本，兼容FF、FFPE及TMA等各类常见样本类型。并且运行后能够保持组织形态完整性，可在同一张切片上获得RNA、IF和HE信息；

灵活定制：在多种现有Panel基础上，可添加定制多达100个目标基因。
 

Xenium Panel

• 人类乳腺280 genes Panel（可增加1~100 定制化genes ）；
• 小鼠脑248 genes Panel（可增加1~100 定制化genes ）；
• 人脑266 genes Panel（可增加1~100 定制化genes ）；
• 人肺289 genes Panel（可增加1~100 定制化genes ）；
• 人泛组织和泛癌377 genes Panel（可增加1~100 定制化genes ）；
• 小鼠泛组织383 genes Panel（可增加1~100 定制化genes ）；
• 独立的定制基因表达 Panel
• 更多组织类型的Panel还在更新中，详见官方链接：https://www.10xgenomics.com/support/in-situ-gene-expression/documentation/steps/panel-design/pre-designed-xenium-gene-expression-panels

数据展示：

下机即可获得亚细胞分辨率转录本定位和基因表达信息，以及细胞-分析物表达矩阵等信息，后续我们将无缝衔接第三方工具，为您提供细胞定位、分型，聚类，降维和差异表达等分析服务。

人胰腺癌FFPE样本

人结肠癌样本

人乳腺癌样本