Xenium空间原位分析解决方案的第一步是样本制备,将 FF或FFPE组织切片置于Xenium载玻片上,对切片进行处理:FF样本进行固定和透化;FFPE样本进行脱蜡和解交联。接下来,利用可环化的DNA探针对组织切片进行标记,DNA探针由两端基因特异性序列结构和中部荧光探针特异性杂交位点构成。探针与组织样本原位RNA杂交过程中,仅当两端特异性序列精确匹配形成挂锁结构,才可以连接成环,并在酶的作用下滚环扩增,形成特异性扩增产物。在Xenium分析仪中,组织原位的特异性扩增产物经过多轮荧光探针杂交,成像和探针去除,形成原位荧光信号序列,解码这个荧光序列即可获得该位置所属基因。不同基因探针浓度会根据表达量微调,使其具有更高的灵敏度、特异性和精确度,从而实现对大量目标基因的同时鉴定和定位。最后将获得的数据通过 Xenium In Situ平台直接输入软件进行初步处理,构建出整张组织切片上转录本的空间图谱。未来,Xenium还能够检测同一组织切片中的RNA和蛋白质表达水平,以实现组织中复杂而精准的表达模式分析。