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深圳华大基因科技服务有限公司
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细菌重测序服务
产品优势
性价比高:低价获得100× coverage 的全基因组数据
附加值高:数据挖掘推荐,数据交付6个月内,提供免费的项目咨询服务
研究内容
数据处理
1. 去除接头污染和低质量数据
2. 产出数据及质控统计
标准信息分析
1. 比较基因组分析(参考基因组同源性比较、SNP/InDel、物种进化分析)
定制化分析
可结合客户的需求,协商确定信息分析内容
案例解析
案例一:鼠疫杆菌遗传多样性研究
Historical variations in mutation rate in an epidemic pathogen, Yersinia pestis
期刊:PNAS 发表时间:2013
案例描述:
鼠疫(plague)是鼠疫杆菌(Yersinia pestis,Y pestis)借鼠蚤传播为主的烈性传染病,是广泛流行于野生啮齿动物间的一种自然疫源性疾病,也叫做黑死病。临床上表现为发热、严重毒血症症状、淋巴结肿大、肺炎、出血倾向等。鼠疫在世界历史上曾有多次大流行,在3个有记载的大流行期间导致了大约2亿人死亡,因此被冠上"最具毁灭性传染病"的名头。三次大流行第一次发生在公元6世纪,从地中海地区传入欧洲,死亡近1亿人;第二次发生在14世纪,波及欧洲、亚洲和非洲;第三次是18世纪,传播32个国家。14世纪大流行时波及中国。鼠疫杆菌是鼠疫的病原体,过去的研究表明其由于起源较近,遗传多样性非常有限。
结果分析:
- SNP突变率分析
2. 鼠疫传播路径分析
系统进化树分析结果表明鼠疫起源于中国的青藏高原,其传播途径类似于古代丝绸之路及茶马古道的线路,表明鼠疫的传播与人类活动密切相关。
案例二:结核分枝杆菌群体进化和耐药分析
Genome sequencing of 161 Mycobacterium tuberculosis isolates from China identifies genes and intergenic regions associated with drug resistance
期刊:Nature Genetics 发表时间:2013材料与背景:
中国12个省份的161株结核分枝杆菌(其中44株敏感菌,94株多耐药菌,23株泛耐药菌)
结果分析:
- 通过本项研究,获得了我国临床耐药结核分枝杆菌中已知耐药相关基因的突变情况,新发现了与结核分枝杆菌耐药性相关的72个编码基因和28个基因间隔区的突变;
- 中国地区的结核病人主要受到lineage 2 和lineage 4两系结核分枝杆菌的侵染,而且,其中95%的lineage 2 结核分枝杆菌属于国际上比较关注的北京家族。北京家族的结核分枝杆菌一直被认为有更强的毒性和更容易产生耐药性。
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文献和实验[2] Zhang H, Li D, Zhao L, et al. Genome sequencing of 161 Mycobacterium tuberculosis isolates from China identifies genes and intergenic regions associated with drug resistance[J]. Nature genetics, 2013, 45(10): 1255-1260.
芽生细菌 芽生细菌 (budding bacteria) 以出芽方式繁殖的一群细菌。种类繁多。其母细胞在某一部位生出突起,逐渐膨大成为子细胞,最后与母细胞脱离或不脱离。在出芽过程中,母细胞保留原有的细胞壁,而子细胞则合成新壁。子细胞形成后,母细胞仍然存在。芽生细菌种类多,不运动,但脱离母细胞的新生子细胞常以鞭毛运动。 1898年,A.施图策尔和R.哈特勒布已经发现普通生丝微菌的芽生现象,但绝大部分芽生细菌是近20年发现的。有球状的如浮
《科学》:我国完成桑蚕大规模基因组重测序 并绘制完成世界第一张基因组水平上的蚕类单碱基遗传变异图谱 北京时间8月28日凌晨2时,由深圳华大基因研究院与西南大学合作的研究成果“40个基因组的重测序揭示了蚕的驯化事件及驯化相关基因”在国际权威学术刊物《科学》上发表,这是科学家继2003年在家蚕基因组研究领域取得进展后的又一重要成果。该研究由中国工程院院士、著名蚕学家向仲怀教授带领完成;西南大学教授、中国家蚕基因组主要攻关专家夏庆友为论文第一作者。 据悉,科学家共获得了40
氧化硫化氢为元素硫,贮存在菌体内,当环境中缺少硫化氢时,动用贮存的元素硫颗粒,将其氧化为硫酸。包括:(1)无色硫磺细菌,不含光合色素,为化能自养菌,在氧化硫化氢、元素硫过程中获得能量,同化二氧化碳。主要代表有丝状硫磺细菌。(2)光能自养硫磺细菌,含有菌绿素和类胡萝卜素等光合色素,在厌氧条件下进行光合作用,以硫化氢或元素硫作为光合作用中还原二氧化碳的供电子体,光合作用过程不产生氧气: CO2 2H2 S [CH2 O] 2S H2 O 主要代表
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