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- 基因组重测序是对已知的基因组进行测序，并对个体或者群体样品进行分析。
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- 2026年01月31日
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- 提供商：
深圳华大基因科技服务有限公司
- 服务名称：
真菌重测序服务
产品优势
高性价比：低价获得50× coverage 的全基因组数据
优质服务：丰富的项目经验，提供全面准确的基因组解析结果
产品应用
病原真菌致病因子分析
食用/药用真菌功能基因挖掘
群体进化研究
案例解析
案例一：基因组+转录组研究稻瘟病菌98-06新的致病元件，揭示基因组进化的动态过程
Global Genome and Transcriptome Analyses of Magnaporthe oryzae Epidemic Isolate 98-06 Uncover Novel Effectors and Pathogenicity-Related Genes, Revealing Gene Gain and Lose Dynamics in Genome Evolution. （PLoS Pathog. 2015）
通过基因组和转录组对水稻敏感病原稻瘟病菌98-06进行研究，发现与参考菌株70-15相比，该菌株有1.4Mb的特异性基因序列。全基因组表达谱测序发现134个效应因子，其中两个效应因子Iug6和Iug9以及一个新的致病性相关基因产物Iug18是主要功能相关因子。研究发现Iug6和Iug9存在于BIC（biotrophic interfacial complex），这两个基因的过量表达会抑制水稻相关抗性基因表达。该研究在一定程度上支持了“孤立基因是病原基因多样性来源”的假设，同时也为更深入的研究稻瘟病菌的效应因子和致病基因变异提供依据。
图1. 98-06和70-15基因组比较
图2. 稻瘟病菌感染后不同时间水稻不同信号通路基因表达谱
图3. RNA-seq检测不同稻瘟病菌致病基因及元件表达情况
案例二：高杂合、高重复的小麦条绣真菌基因组研究
High genome heterozygosity and endemic genetic recombination in the wheat stripe rust fungus.（ Nat Commun. 2013 ）
小麦条锈病是一种危害严重的农作物疾病，本研究选择小麦条锈病的病原菌小麦条锈菌Pst（Puccinia striiformis f. sp. tritici） isolate CY32进行测序，通过”fosmid-to-fosmid”测序组装得到110Mb的基因图谱，并对其物种进化和致病机理进行研究。研究发现Pst是高度杂合基因组，包含25,288个蛋白编码基因。与条件致病菌相比，Pst具有更多的基因元件，编码更多的分泌蛋白。对6株来自不同地区的菌株进行重测序结果发现Pst具有较高的基因多样性，在基因编码区发现约35%的SNPs，其中有一半为非同义突变。该研究采用 ”fosmid-to-fosmid” 策略得到了较好的双核基因组组装结果，并对病原菌物种进化及致病机理研究提供重要的依据。
图1. Pst基因组杂合区域通过对Pst-CY32 Illumina测序组装结果与Sanger测序结果进行校正，发现杂合区域；将重测序结果与Pst-CY32参考基因组比对，检测SNP和SNV变异
图2. 7株Pst菌株相互关系分析a, 根据不同菌株毒力大小对17个菌株，7个隔离群进行热图分析；b, 根据SNP分析结果分析7个菌群间的进化关系
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文献和实验[2] Zheng W, Huang L, Huang J, et al. High genome heterozygosity and endemic genetic recombination in the wheat stripe rust fungus[J]. Nature communications, 2013, 4(1): 2673.
sun1123moon 我现在做的是真菌DNA提取，后面用来做PCR的模板，用的是生工的提取盒。 今天刚刚做了，不知道做的对不对？最后出来的是一点点像白色沉淀似的东西，然后我用TE缓冲液溶解，但是不知道怎么样属于溶解好了。而且如何测定DNA的浓度呢？ 我用的是液体培养基，但是不知道怎样把菌丝取出来，想请教一下各位，怎样在液体培养基上取出菌丝？ Mostino 真菌DNA的溶解和浓度测定应该与质粒一样道理。高速
qinghuaihulu 各位大侠：真菌中是否存在miRNA? westernblotx 到目前为止，真菌中发现典型的（我是说以线虫和植物里面的为标准）miRNA的还几乎没有，上上个月nature报道了在酵母中首次发现RNAi（http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=154&id=15803565&sty=1）其他真菌中有利用RNAi来做表达调控的，但没有证据表明和报道表明这些生物中存在
真菌病害是作物产量损失的主要原因之一，作物病害的80%由病原真菌所引起。迄今，对作物真菌病害的控制，一是选育并采用抗性品种，二是使用化学杀菌剂，三是采取预防措施，如轮作、避免受侵染土壤和带病原植物材料的传播等。然而，化学杀菌剂成本较高，且最终导致病原菌的抗药性，其残毒还引起环境污染等问题。综合采用有性杂交及现代生物技术选育并推广抗病品种，这是所有病害防治策略中最经济有效的方法。特别是重组DNA技术的创立和发展，已可将动物、植物、微生物的基因相互转移，突破了物种之间难以杂交的天然屏障，开辟了植物
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