计算机辅助药物设计(computer aided drug design, CADD)以分子结构的理论计算方法为基础,通过计算机模拟和计算来预测药物与靶点生物大分子之间的作用,预测给定的分子是否能与靶点结合及其结合强度,以此设计和优化药物分子。狭义的计算机辅助药物设计是指一系列用于药物研究的计算机显示和计算方法,如量子化学、分子力学、分子动力学、分子模拟、分子对接、全新设计、药效基团模型、QSAR 等;广义的计算机辅助药物设计则包含了所有与药物设计相关的使用计算机搜寻、检索和处理信息的内容,如文献检索、化合物数据库的构建和管理、组合化学、高通量筛选、化合物管理系统等等。
我们可提供的CADD服务项目
虚拟筛选
计算机辅助药物筛选也称虚拟筛选(Virtual Screening),是药物发现和筛选药物(筛药)常见的方法之一。虚拟筛选(Virtual Screening)属于基于结构的药物设计(Structure Based drug design,SBDD)的一种方法,当虚拟筛选的量比较大的时候,可称为高通量虚拟筛选(High throughput virtual screening,HTVS)。虚拟筛选根据受体结构的有无,可以分为基于受体结构的虚拟筛选(Receptor Based Virtual Screening, RBVS)和基于配体的虚拟筛选(Ligand Based Virtual Screening, LBVS)。其中基于受体结构的虚拟筛选也叫做基于结构的虚拟筛选(Structure Based Virtual Screening, SBVS)。
我们的优势:
1、经验丰富的筛选团队,⼗年以上计算药物研发经验。
2、为国内外数千家单位提供相应产品和服务。
3、千万种实体化合物,供不同实验需求的客⼾选择。
4、每个靶点与分⼦对接的费⽤只需要0.03元左右。
5、阳性化合物快速购买,活性测定,⼀站⽆忧。
分子对接
分子对接(molecular docking)是指受体和配体之间通过能量匹配、空间匹配和化学性质匹配而相互识别形成分子复合物,并预测复合物结构的一种计算技术。简而言之,就是将配体分子放置到受体大分子的活性位点中,观察小分子与受体结合构象及预测作用能的过程。其目的是从小分子数据库中发现合适的化合物作为受体大分子的配体。对接是基于受体分子三维结构进行虚拟筛选的核心,它将三维数据库中的小分子放置于受体的活性位点,搜寻配体合适的取向和构象,使得配体和受体的形状和相互作用的匹配最佳,然后按照与受体的结合能为小分子打分。分子对接是从整体上考虑配体与受体结合的效果,能较有效地避免其他全新设计方法中容易出现的局部作用较好,而整体结合欠佳的情况。分子对接常用于研究药物和受体相互作用的模型,特别适用于受体的作用机制、空间配置等研究得较清楚的体系。分子对接的一般过程包括确定受体的活性位点,定义活性口袋,根据受体活性位点与药物分子的性质和形状的互补性,调整受体活性位点柔性残基或药物的构象,计算对接时不同取向的药物与受体的相互作用能量来评估受体与配体的作用方式。
我们的优势:
1、 多款专业软件MOE、Schrödinger、OpenEye。
2、 多年的实战经验,精确确定靶点的成药口袋。
3、 多种分析,使得结合模式一目了然。
4、 精美结合模式图。
5、 可以提供英文版报告,便于发文章。
反向找靶
反向找靶,也被称为靶点垂钓等。对于化合物已知疗效,但是,并不知道该化合物产生效果的机制时候,一般会采用反向找靶的方法。同时,由于通量、精度和费用的限制, 实验手段的应用有时难以广泛开展。采用理论方法进行靶点预测,具有快速而低成本的特点,成为了一种重要的辅助手段。
我们的优势:
1、 提供多种方法进行实验。
2、 对得到的结果进行合理性分析。
分子动力学模拟
分子动力学是基于经典力学的一种分子模拟方法。与分子力学不同,分子动力学求解的是随时间变化的分子的状态、行为和过程。该方法模拟分子运动的过程,它按照分子瞬时的运动状态,求解每一个原子的牛顿运动方程和每一个原子的位置和速度,并从这一运动轨迹中计算得到各种性质。如果在所研究的模拟时间内能正确地选取分子体系的力场函数形式及其参数,分子动力学就可成为解析分子运动性质的一种强大工具。
我们的优势:
1、 有强大的计算资源,可以计算ms级别的时长。
2、 多年的经验积累,能够精准的算出体系的性质,并合理性分析。
3、 提供全面的报告及后续解读。
---------------------------------------------------------------------------------
陶术生物立足药物筛选领域近十载,在为全球数千家客户提供五百万个候选药物分子的过程中, 我们深切感受到新药研发的科技手段对项目的促进作用,由此建立了一支专业高效的研发服务团队。在精于核心研发项目的同时,我们利用多年积累的专家资源与全球知名高校和科研院所的优秀学者建立了紧密的合作关系,使公司在药物研发的全流程上都有机会助您一臂之力。
目前我们一站式服务平台主要涉及新药发现初期的各类体外实验,涵盖各种靶标和疾病领域的新药研发服务,包括从基于靶点的药物活性筛选(包括酶学靶点、核受体靶点), 抗肿瘤药物体外筛选,计算机虚拟筛选等平台,共300多种技术服务项目,全力打造筛选模型丰富、实验科学、操作严谨、结果可信的临床前技术服务平台,力求为全球药物研发用户提供优质高效的科研技术服务。
技术服务流程
- 客户咨询:客户提出项目的目标并提供相关的资料信息;
- 项目评估:服务平台根据实验体系、工作强度、预计时间、费用等进行内部评估,并在2个工作日内回复客户;
- 方案研讨:双方针对项目细节、后续研发以及其他相关问题进行协商讨论;
- 签订合同:确定方案,签订有约束力的保密协议及技术服务合同;
- 项目实施:客户支付预存款,我方采购试剂盒,开展工作,交付电子版实验结果;
- 项目完成:客户验收成果,支付尾款,返还样品,完成工作;
- 后续服务:回访客户,为后续研发合作做好准备。