ChIP-Seq测序
染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay, CHIP)是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物,并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段,然后通过免疫学方法沉淀此复合体,特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,通过对目的片断的纯化与检测,从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。
随着新一代测序技术的发展和成熟,染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合—Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP Sequencing )可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,同时也为研究的深入开展打下基础。 采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后,分离与其结合的基因组DNA片段,再通过高通量测序与数据分析,在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点,并且可以基于多个样品进行差异比较。
ChIP-Seq原理
甲醛处理细胞---收集细胞,超声破碎---加入目的蛋白的抗体,与靶蛋白-DNA复合物相互结合---加入ProteinA,结合抗体-靶蛋白-DNA复合物,并沉淀---对沉淀下来的复合物进行清洗,除去一些非特异性结合---洗脱,得到富集的靶蛋白-DNA复合物---解交联,纯化富集的DNA-片断---PCR分析。
我们的优势
检测范围广:全基因组范围的免疫沉淀与测序分析;
高性价比:基于抗体富集目标区域,有效降低测序数据量;
微量样本:只需5ng(仅针对人类样本)以上免疫沉淀后的DNA,即可进行测序分析
技术服务流程
技术参数
一、样本要求
样品类型:DNA 样品;
总量:≥ 10 ng ChIPed DNA(人类样本可以低至5ng);
浓度:≥ 1 ng/μL;
纯度:OD260/280= 1.8 -2.0;
DNA片段大小:分布在100~500 bp范围,且主带明显。请提供DNA打断后的检测胶图以确定DNA片段大小是否符合要求,并请附加一份详细的样品信息单并提供ChIP后的q-PCR验证结果;
二、测序策略 50 SE。
三、推荐数据量 20M或40M clean reads。
四、项目执行周期
25个以下的免疫沉淀后的DNA样品,标准流程(仅包括标准信息分析)的运转周期约为30个工作日;
12个以下的细胞系样品,标准流程(仅包括标准信息分析)的运转周期约为42个工作日;
样品数更多时,项目周期根据项目规模而定。
五、合格指标 产生不低于合同规定的clean reads。
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