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上海中科新生命生物科技有限公司
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宏基因组+代谢组联合分析
· 产品定义
基于宏基因组+代谢组(非靶向/靶向代谢组)的组学数据,先从宏基因组、代谢层面分别筛选组间差异的菌株、基因和代谢物,然后基于三者间的相关性进行联合分析,多角度揭示特定菌群、基因功能与特定代谢物(群)之间的关联性,筛选引起菌群代谢状态或功能性代谢小分子变化的关键功能菌株和代谢物。
· 技术优势
1. 研究路线完整、创新:打通菌群结构与功能机制研究
2. 微生物基因功能和代谢物映射,发掘潜在的驱动环境表型变化的关键功能菌群
· 数据分析

· 部分数据分析结果展示

· 推荐应用领域
生物领域各个研究方面,如:
1. 农林领域:抗逆胁迫机制,生长发育机制,育种保护研究等;
2. 畜牧业:肉类及乳品质研究,致病机理研究等;
3. 基础医学、临床诊断:生物标志物,疾病机理机制,疾病分型,个性化治疗等;
4. 生物医药:药物作用机理,药效评价,药物开发等;
5. 微生物领域:致病机理,耐药机制,病原体-宿主相互作用研究等;
6. 海洋水产:渔业资源,海水养殖,渔业环境与水产品安全等;
7. 生物能源、环境科学领域:发酵过程优化,生物燃料生产,环境危定风险评估研究等;
8. 食品营养:食品储藏及加工条件优化,食品组分及品质鉴定,功能性食品开发,食品安全监检测等。
· 项目案例
文献名称:Metagenomic and metabolomic profiling reveals the correlation between the
microbiota and flavor compounds and nutrients in fermented sausages
发表期刊:《Food Chemistry》(IF=7.514)
合作单位:渤海大学食品科学与技术学院
文章摘要:了解传统发酵香肠(FSs)和接种发酵香肠(IFS)中不同数量的微生物和代谢物之间的相互关系,有助于我们识别商业发酵剂培养物中缺失的关键物种,以重现传统发酵香肠的风味化合物和营养素。接种了戊糖链球菌、乳酸链球菌、木糖链球菌、肉质链球菌或戊糖链球菌和木糖链球菌的IFS,由于缺乏不同的葡萄球菌(肉质链球菌、木糖链球菌、马蹄疫链球菌和腐生链球菌),无法重现传统发酵香肠的挥发性代谢谱(尤其是酯类、甲基醛)。此外,小球菌属和葡萄球菌属的组合与氨基酸、脂肪酸、l-鹅氨酸和l-肌肽水平呈正相关。添加乳酸双歧杆菌和肉质链球菌后,IFS中的吡哆醛和吲哚乙酸水平显著升高,这与维生素B6和色氨酸代谢途径呈正相关。
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文献和实验GUT:国家癌症中心崔巍联合多组学技术团队发表血清代谢组肠癌早筛新机制
的诊断标志物应具有非侵入性和诊断准确的特点,本研究提出的 8 个 GMSM 标志物组就符合上述特点。虽然该发现还需进行更严格的验证,但已经展现出让人振奋的临床应用前景。而这篇文章使用非靶代谢组-肠道菌群宏基因组整合分析寻找潜在标志物、靶向代谢组学技术验证发现结果、AFADESI-MSI 空间代谢组技术从另一维度对结果进一步确认,一整套“宏基因组+代谢组技术组合拳”打得行云流水,不仅最大程度发掘了代谢组学技术的应用潜力,多组学联合分析的思路也非常值得相关研究者借鉴。本文作为临床生物标志物发掘的典型案例
本节课介绍了多种类型修饰组学的联合分析。
应用价值挖掘提供思路,值得借鉴和推广。 顶刊思路:>10 分文章的研究思路 这个阶段的文章内容涉及面广、技术多,还有新颖性。单靠代谢组学的数据,除非是发明了一种新的实验方法、开发了一套新的分析流程,否则很难发表在这个档次内。 所以涉及的方向一般都是多组学或者多种技术联合。经常用到的组合有代谢组+16S;代谢组+宏基因组;代谢组+转录组;代谢组+蛋白组;代谢组+微生物组学+蛋白组等等。 研究思路文章参考: 中文标题:肠道菌群衍生物支链氨基酸在帕金森病发病机制中
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