冷刺激下白色脂肪组织内体系统基因表达分析
鉴定白色脂肪褐变过程中内体系统相关基因的动态变化
对室温或4°C冷刺激3天的WT小鼠ingWAT进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因和内体相关基因;并用冷刺激及复温实验验证Sort1和UCP1表达变化
Sortilin-mediated translocation of mitochondrial ACSL1 impairs adipocyte thermogenesis and energy expenditure in male mice.
包含体外脂肪细胞模型、脂肪特异性基因敲除小鼠、AAV局部敲低/过表达、药物抑制及人脂肪组织样本,并进行功能与机制验证
永生化小鼠ingWAT-SVF脂肪细胞(iWAT细胞) 永生化小鼠BAT-SVF脂肪细胞(iBAT细胞) 人皮下脂肪来源SVF细胞(HumanWAT细胞) 脂肪细胞特异性Sort1敲除小鼠(Sort1adipoKO)
iWAT细胞经shRNA敲低Sort1后诱导脂肪分化8天,检测产热基因和UCP1/PGC1α蛋白及OCR Sort1adipoKO小鼠在30°C和22°C下的全身耗氧量(VO2)和呼吸交换率(RER) Sort1adipoKO小鼠高脂饮食(60%脂肪)8-12周后的体重、脂肪量和葡萄糖/胰岛素耐量 shSort1脂肪细胞经AMPK抑制剂Compound C(10 μM,2小时)或AMPK-DN质粒处理后的UCP1诱导 AF38469以0.4 μg/ml饮用水给药,预计5-10 μg/天/小鼠
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定白色脂肪褐变过程中内体系统相关基因的动态变化
对室温或4°C冷刺激3天的WT小鼠ingWAT进行bulk RNA-seq,分析差异表达基因和内体相关基因;并用冷刺激及复温实验验证Sort1和UCP1表达变化
验证sortilin缺失是否促进白色脂肪褐变
在iWAT细胞和HumanWAT细胞中敲低sortilin,检测产热基因、UCP1/PGC1α蛋白和OCR;构建Sort1adipoKO小鼠和AAVshSort1小鼠,检测产热基因、冷耐受和能量代谢
评估脂肪特异性sortilin缺失对HFD诱导肥胖和胰岛素抵抗的作用
Sort1adipoKO和AAVshSort1小鼠接受高脂饮食8-12周,检测体重、体成分、脂肪组织重量、GTT、ITT和肝脏脂质
确定sortilin缺失促白色脂肪褐变是否依赖AMPK信号
对shSort1脂肪细胞使用AMPK抑制剂Compound C、AMPK-DN、p38 MAPK抑制剂和脂肪酶抑制剂,检测UCP1和p-AMPK等蛋白;检测Sort1adipoKO小鼠ingWAT中AMP/ATP和ADP/ATP比值及代谢物
鉴定sortilin下游效应蛋白并验证sortilin调控ACSL1蛋白稳定性
用sortilin抗体免疫共沉淀结合LC-MS/MS鉴定互作蛋白;Co-IP和免疫荧光验证sortilin与ACSL1相互作用;CHX chase检测ACSL1半衰期;分离线粒体和胞质组分检测ACSL1分布;溶酶体抑制剂处理验证降解途径
验证ACSL1是否介导sortilin缺失对白色脂肪褐变和能量代谢的促进作用
构建ingWAT特异性ACSL1过表达小鼠(AAVAcsl1);在WT和Acsl1KO小鼠中局部敲低sortilin;在Sort1fl/fl和Sort1adipoKO小鼠中尾静脉注射AAVshAcsl1,检测冷耐受、产热基因、p-AMPK和VO2
评估药理学抑制sortilin是否促进白色脂肪褐变并改善代谢
体外用AF38469处理脂肪细胞检测产热基因和OCR;体内给予AF38469饮用水处理小鼠,检测ingWAT中ACSL1、p-AMPK和UCP1蛋白、VO2以及HFD下的体重、脂肪量和GTT/ITT
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM-F12培养基 | Gibco | 11320033 |
| 牛血清白蛋白 | BIU4O | 9048-46-8 | |
| I型胶原酶 | Biosharp | BS163 | |
| 红细胞裂解液 | Solarbio | R1010 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 脂肪分化 | 三碘甲状腺原氨酸 | Sigma | T2877 |
| 罗格列酮 | Sigma | R2408 | |
| 胰岛素 | Sigma | I5523 | |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Sigma | I7018 | |
| 地塞米松 | Sigma | D4902 | |
| 吲哚美辛 | Sigma | I7378 | |
| Western blot | 抗Sortilin抗体 | Proteintech | 12369-1 |
| 抗ACSL1抗体 | Proteintech | 13989-1 | |
| 抗α-Tubulin抗体 | Proteintech | 11224-1 | |
| 抗UCP1抗体 | Abcam | ab234430 | |
| 抗AMPK抗体 | CST | 2532 | |
| 抗磷酸化AMPK Thr172抗体 | CST | 2531 | |
| 抗p38MAPK抗体 | CST | 9212 | |
| 抗磷酸化p38MAPK Thr180/Tyr182抗体 | CST | 4511 | |
| 抗HSL抗体 | ABclonal | A15686 | |
| 抗磷酸化HSL Ser660抗体 | ABclonal | AP1432 | |
| 抗PGC1α抗体 | ABclonal | A12348 | |
| 免疫荧光 | 抗LAMP1抗体 | Abcam | ab208943 |
| 抗EEA1抗体 | Proteintech | 28347-1 | |
| 抗TOM20抗体 | HUABIO | ET1609-25 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce经典磁珠免疫沉淀/共免疫沉淀试剂盒 | Thermo Scientific | 88804 |
| Western blot | RIPA裂解液 | BIU4O | B1025 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MCE | HY-K0010 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | MCE | HY-K0021 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | BOSTER | AR0197 | |
| 亚细胞组分分离 | 线粒体分离和蛋白提取试剂盒 | Proteintech | PK10016 |
| 体外化合物处理 | Compound C | MCE | HY-13418A |
| Atglistatin | MCE | HY-15859 | |
| CAY10499 | MCE | HY-119283 | |
| SB203580 | MCE | HY-10256 | |
| SB202190 | MCE | HY-10295 | |
| 氯化铵 | MCE | HY-Y1269 | |
| 氯喹 | MCE | HY-17589A | |
| 3-甲基腺嘌呤 | MCE | HY-19312 | |
| MG132 | MCE | HY-13259 | |
| 质粒转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen/Life Technologies | L3000008 |
| 动物实验 | AF38469 | MCE | HY-12802 |
| CL316,243 | Sigma | C5976 | |
| 高脂饮食 | Research Diet | D12492 | |
| 代谢分析 | 综合实验室动物监测系统 | Columbus Instruments | CLAMS |
| 体成分分析 | Echo磁共振成像体成分分析仪 | Echo Medical System | -- |
| 脂肪组织体积成像 | Bruker微型CT Skyscan 1276 | Bruker | -- |
| 红外热成像 | 红外热像仪 | FLIR | T1010 |
| OCR检测 | Agilent Seahorse XFe24分析仪 | Agilent | -- |
| 细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | -- | |
| RNA提取 | TRI试剂 | Sigma | T9424 |
| RNA质检 | RNA 6000 Nano试剂盒 | Agilent | 5067-1511 |
| RT-qPCR | HiScript II Q RT SuperMix | Vazyme | R222-01 |
| ChamQ Universal SYBR qPCR Master Mix | Vazyme | Q711-02 | |
| 油红O染色 | 油红O工作液 | Servicebio | G1015 |
| 考马斯亮蓝染色 | 考马斯亮蓝染色液 | Solarbio | P1305 |
| 血清脂质检测 | 血清甘油三酯ELISA试剂盒 | NJBI | A110-1-1 |
| 血清总胆固醇ELISA试剂盒 | NJBI | A111-1-1 | |
| 血清高密度脂蛋白ELISA试剂盒 | NJBI | A112-1-1 | |
| 血清低密度脂蛋白ELISA试剂盒 | NJBI | A113-1-1 | |
| 血清游离脂肪酸ELISA试剂盒 | NJBI | A042-2-1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 冷刺激与复温实验 | 冷刺激温度4°C、持续时间3天、复温条件、每组样本量n=6 阅读提示:Results第一段及Fig. 1f–h图注 |
| 脂肪细胞分化 | 诱导分化8天;iWAT细胞分化培养基含1 nM T3、0.5 μM rosiglitazone、5 μg/mL insulin、0.5 mM IBMX、2 μg/mL dexamethasone、0.125 mM Indomethacin处理2天;维持培养基成分 阅读提示:Methods中Cell lines小节 |
| Sort1adipoKO小鼠构建与验证 | Sort1flox/flox与Adiponectin-Cre杂交;敲除区域为exon 2和exon 3;对照组为不表达Cre的littermates;每组n=6 阅读提示:Methods中Animals小节及Fig. 2g–i图注 |
| 高脂饮食诱导肥胖实验 | 5周龄C57BL/6J小鼠给予60%脂肪高脂饮食(D12492)8-12周;每组n=6 阅读提示:Methods中Animals小节及Fig. 3图注 |
| AF38469给药 | AF38469饮用水浓度0.4 μg/ml,预计5-10 μg/天/小鼠;每周换水;每组n=6 阅读提示:Methods中Animals小节及Fig. 7图注 |
| CL316,243处理 | 单次腹腔注射或连续注射7天,剂量1 mg/kg体重 阅读提示:Methods中Animals小节及Fig. 6e、j图注 |
| AMPK抑制剂和AMPK-DN实验 | Compound C浓度10 μM处理2小时;AMPK-DN质粒转染24小时;每组n=4 阅读提示:Methods中In vitro compound treatment小节及Fig. 4e、f图注 |
| LC-MS/MS鉴定sortilin互作蛋白 | 500 μg蛋白与10 μg抗sortilin抗体或抗ACSL1抗体4°C过夜免疫沉淀;对照组排除;共鉴定394个蛋白 阅读提示:Methods中Immunoprecipitation小节及Fig. 5a–d图注 |