临床样本分析胶原I表达与肿瘤分期相关性
探究胶原I基因表达与膀胱癌侵袭性和临床分期的关系
分析三个独立膀胱癌患者队列中COL1A1和COL1A2基因表达与肿瘤分期的相关性
Collagen-rich airway smooth muscle cells are a metastatic niche for tumor colonization in the lung.
包含体外细胞实验、3D培养、动物模型、患者来源异种移植模型及组学数据,并有功能验证和机制验证
T24人膀胱癌细胞系 人膀胱癌患者来源异种移植(PDX)模型 Rag2−/−; IL-2Rγc−/−免疫缺陷小鼠转移模型 人原代气道平滑肌细胞(ASMCs)
T24细胞过表达CD167a及空载体对照的构建与验证 胶原I处理浓度(0、25、50、100 μg/ml)和时间(5、10、24、48小时) 尾静脉注射模型中CD167a过表达组与对照组的细胞接种量(1×10^6)和追踪时间(72小时至5周) Napabucasin给药方案:20 mg/kg腹腔注射,从注射后72小时开始每日一次持续3周,随后隔日一次持续3周 ASMC条件培养基处理时间(16小时收集,24小时处理癌细胞)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究胶原I基因表达与膀胱癌侵袭性和临床分期的关系
分析三个独立膀胱癌患者队列中COL1A1和COL1A2基因表达与肿瘤分期的相关性
验证胶原I是否作为功能性配体促进膀胱癌细胞迁移和侵袭
使用T24细胞和PDX来源细胞,进行划痕实验和3D侵袭实验,检测外源性胶原I处理后的迁移和侵袭能力
确定介导胶原I促侵袭作用的受体
分析MIBC基因表达数据集,免疫组化验证CD167a和胶原I定位,并通过western blot验证CD167a过表达
评估CD167a在体内转移级联各步骤中的作用
使用自发转移模型和尾静脉注射模型,通过IVIS成像、H&E染色和流式细胞术分析肺转移、循环肿瘤细胞和外渗
探究CD167a阳性转移灶在肺内的独特定位及其与ASMCs的关系
通过H&E染色、免疫荧光和免疫组化分析转移灶与ASMCs及胶原III的空间关系,并在高转移亚系和PDX模型中验证
确定ASMC分泌的胶原III对肿瘤细胞集落形成能力的影响
收集ASMC条件培养基处理肿瘤细胞,进行软琼脂集落形成实验,检测COL3表达和分泌
鉴定CD167a下游介导转移定植的信号分子和机制
通过IP-MS鉴定CD167a相互作用蛋白,共免疫沉淀验证CD167a-HSP90相互作用,western blot检测Stat3磷酸化,使用抑制剂验证通路
验证抑制Stat3能否消除肺转移定植
使用Stat3抑制剂Napabucasin处理肿瘤细胞和荷瘤小鼠,检测集落形成和肺转移定植
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 血管细胞基础培养基 | ATCC | PCS-100-030 | |
| 血管平滑肌细胞生长试剂盒 | ATCC | PCS-100-042 | |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| GlutaMAX溶液 | -- | -- | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | -- | -- | |
| 庆大霉素 | -- | -- | |
| D-葡萄糖 | -- | -- | |
| 抗体 | 抗CD167a抗体 | Cell Signaling Technology | 5583 |
| 抗Stat3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 | |
| 抗磷酸化Y705 Stat3抗体 | Cell Signaling Technology | 4113 | |
| 抗DNA-PKcs抗体 | Santa Cruz Biotechnology Inc. | sc-5282 | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology Inc. | sc-32233 | |
| 抗HSP90α/β抗体 | Santa Cruz Biotechnology Inc. | sc-13119 | |
| 免疫组化 | 抗I型胶原抗体 | Abcam | ab34710 |
| 抗III型胶原抗体 | Abcam | ab7778 | |
| 抗mCherry抗体 | Abcam | ab167453 | |
| 免疫荧光 | 抗α-SMA抗体 | SIGMA | A2547 |
| 山羊抗兔Alexa Fluor 488 | Invitrogen | Z25302 | |
| 山羊抗鼠Alexa Fluor 594 | Invitrogen | Z25207 | |
| 药物处理 | DDR1-IN-1 | Selleckchem | S7498 |
| Napabucasin | Selleckchem | S7977 | |
| 格尔德霉素 | Selleckchem | S2731 | |
| 免疫沉淀 | 蛋白琼脂糖A/G珠 | Santa Cruz Biotechnology Inc. | sc-2003 |
| 胶原处理 | I型胶原 | Corning | 354236 |
| III型胶原 | Advanced BioMatrix | 5021 | |
| RNA提取 | Aurum总RNA迷你试剂盒 | BIO-RAD | 732-6820 |
| 逆转录 | 逆转录Supermix试剂盒 | BIO-RAD | 1708841 |
| 定量PCR | iTaq通用SYBR Green Supermix | BIO-RAD | 172-5121 |
| Roche LightCycler96仪器 | Roche | -- | |
| RNA提取 | High Pure FFPET RNA分离试剂盒 | Roche | REF06650775001 |
| 质谱分析 | Orbitrap Fusion™ Tribrid™质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外迁移实验 | 胶原I处理浓度(25、50、100 μg/ml)、处理时间(10、24、48小时)、细胞接种密度(40,000细胞/孔)、丝裂霉素C预处理(30 ng/ml,2小时) 阅读提示:Methods部分“Two-dimensional wound-healing/scratch assay”及图1c、d、图2d、e |
| 3D侵袭实验 | 胶原I浓度(0、10、25 μg/ml)、基质胶浓度(2.5 mg/ml)、细胞接种量(60,000细胞/孔)、侵袭时间(72小时) 阅读提示:Methods部分“Three-dimensional cell culture and invasion assay”及图1f、g |
| 体内自发转移模型 | 细胞接种量(1×10^6)、小鼠品系(Rag2−/−; IL-2Rγc−/−)、监测时间(4-12周)、每组小鼠数量(n=7) 阅读提示:Methods部分“Xenograft tumor growth”及图3b–d |
| 尾静脉注射转移模型 | 细胞接种量(1×10^6)、外渗检测时间(72小时)、肺定植监测时间(5周)、每组小鼠数量(n=5-9) 阅读提示:Methods部分“Tail-vein injection model to evaluate extravasation and lung colonization”及图3h–j |
| ASMC条件培养基实验 | 条件培养基收集时间(16小时)、处理癌细胞时间(24小时)、ASMC培养基类型(DMEM) 阅读提示:Methods部分“Cell culture”及图5b、c |
| 软琼脂集落形成实验 | 琼脂糖浓度(底层0.7%,顶层0.35%)、细胞接种量(T24:10,000细胞/孔;PDX:5×10^5细胞/孔)、胶原III浓度(50 μg/ml)、培养时间(14天)、Napabucasin处理浓度(1 μM)和处理时间(7天) 阅读提示:Methods部分“In vitro soft agar colony formation assay”及图5g、h、图7a、b |
| CD167a-HSP90共免疫沉淀 | 胶原III浓度(25 μg/ml)或ASMC条件培养基、DDR1-IN-1浓度(10 μM)、Geldanamycin浓度(5 μM)、处理时间(24小时)、蛋白裂解液量(500 μg)、抗体量(3 μg) 阅读提示:Methods部分“Co-immunoprecipitation assay”及图6f、g |
| Napabucasin体内给药 | 给药剂量(20 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、开始时间(注射后72小时)、给药频率(每日一次持续3周,随后隔日一次持续3周)、每组小鼠数量(n=6) 阅读提示:Methods部分“Tail-vein injection model to evaluate extravasation and lung colonization”及图7c |