BMI1 敲低对 AR 信号的影响及生长抑制排除
验证 BMI1 是否调控 AR 蛋白水平及 AR 信号通路,并排除细胞生长抑制的间接效应。
用两条 BMI1 特异性 siRNA 敲低 C4-2 和 22Rv1 细胞,检测 AR、AR-V7、PSA 蛋白及 AR、PSA、TMPRSS2 转录水平;并用 c-Myc/AURKA 敲低及多柔比星、VX680、依托泊苷处理作为生长抑制对照检测 AR/PSA。
BMI1 regulates androgen receptor in prostate cancer independently of the polycomb repressive complex 1.
含细胞系敲低/回补、蛋白互作与泛素化、RNA-seq/ChIP-seq及多种移植瘤和PDX体内验证
C4-2 去势抵抗性前列腺癌细胞系 22Rv1 去势抵抗性前列腺癌细胞系 去势抵抗性 VCaP 移植瘤小鼠模型 LuCaP 35CR 患者来源移植瘤(PDX)模型
BMI1 siRNA 敲低后 AR 蛋白下降而 AR 转录水平不变,且非细胞生长抑制所致对照实验 CHX 处理测定 AR 半衰期及 MG132/NH4Cl/氯喹对 AR 降解途径的区分 纯化蛋白体外竞争结合实验:His-BMI1 剂量依赖减少 AR-NTD 与 GST-MDM2 结合 RING1B/RING1A 双敲低及 mBMI1、mBMI1-RING、mBMI1ΔRING 回补实验 PTC209 60 mg/kg 每日5天/周体内给药及与恩杂鲁胺 10 mg/kg 联合的移植瘤实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证 BMI1 是否调控 AR 蛋白水平及 AR 信号通路,并排除细胞生长抑制的间接效应。
用两条 BMI1 特异性 siRNA 敲低 C4-2 和 22Rv1 细胞,检测 AR、AR-V7、PSA 蛋白及 AR、PSA、TMPRSS2 转录水平;并用 c-Myc/AURKA 敲低及多柔比星、VX680、依托泊苷处理作为生长抑制对照检测 AR/PSA。
验证 BMI1 是否与 AR 及 AR 变体直接结合并定位结合结构域。
在 C4-2、22Rv1 细胞及 LuCaP 35CR、86.2CR PDX 组织中进行 co-IP;对 C4-2 核提取物进行 Sephacryl S-300 凝胶过滤及分馏 co-IP;在 293T 细胞中转染 Halo-AR 全长、DBD、LBD、NTD 及 AR-V7、AR-Ve567s 进行 pull-down 和 IP。
验证 BMI1 是否通过蛋白酶体途径稳定 AR,并确认 MDM2 介导的泛素化参与其中。
siBMI1 后 CHX 处理检测 AR 半衰期;用 MG132、NH4Cl、氯喹区分降解途径;siBMI1 与 siMDM2 联合后 IP 检测 AR 泛素化;MDM2 siRNA 和抑制剂回补实验;纯化 AR-NTD、GST-MDM2 与不同剂量 His-BMI1 进行 GST pull-down 竞争结合实验。
验证 BMI1 调控 AR 是否独立于 PRC1 及其 RING 结构域。
敲低 RING1B、RING1A、CBX7、CBX8、Mel-18 检测 AR/PSA;PRT4165 处理检测 H2A 泛素化与 AR/PSA;RING1B/RING1A 双敲低后进一步敲低 BMI1;用抗 siRNA 的小鼠全长 BMI1、mBMI1-RING、mBMI1ΔRING 慢病毒回补;纯化 GST-BMI1、GST-BMI1ΔRING、GST-RING1B 进行体外结合与竞争实验。
在全基因组层面判断 BMI1 与 RING1B 调控基因的重叠及 BMI1 对 AR 靶基因的调控方式。
对 BMI1 或 RING1B 敲低的 C4-2 细胞进行 RNA-seq 和差异表达、KEGG、GSEA 及生存分析;用抗 AR 和抗 BMI1 抗体进行 ChIP-seq 及 ChIP-qPCR 检测 AR 在靶基因上游的富集。
评估 BMI1 抑制剂 PTC209 对 AR 信号和细胞增殖的作用及与恩杂鲁胺的联合效果。
PTC209 处理 C4-2 和 22Rv1 检测 BMI1、AR、AR-V7;检测 AR 半衰期及 MG132 回复;BMI1 各突变体回补;在 LNCaP、VCaP、C4-2、22Rv1 及 AR 阴性 DU145、PC3 中检测 PTC209 与恩杂鲁胺联合的细胞活力与联合指数。
评估靶向 BMI1 对去势抵抗性及恩杂鲁胺耐药前列腺癌肿瘤生长的体内效果。
构建去势抵抗性 VCaP 移植瘤、22Rv1 恩杂鲁胺耐药移植瘤及 LuCaP 35CR PDX 模型,给予 PTC209、恩杂鲁胺或联合治疗,测量肿瘤体积、无进展生存及体重,检测肿瘤组织 BMI1、AR 蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | PTC209 | MedChem Express | HY-15888 |
| 恩杂鲁胺 | Dieckmann | IN034 | |
| PRT4165 | TOCRIS | 5047 | |
| MG132 | Calbiochem | 133407-82-6 | |
| 氯化铵 | Sigma | 12125-02-9 | |
| 磷酸氯喹 | Sigma | C6628 | |
| MDM2 抑制剂 373225 | Millipore | -- | |
| MDM2 抑制剂 373226 | Millipore | -- | |
| 体外结合实验 | 纯化 6×His AR-NTD 蛋白 | Ray Bioteck | RB-14-0003P |
| 纯化 His-BMI1 蛋白 | ORIGENE | TP760041 | |
| 体外免疫沉淀 | 谷胱甘肽琼脂糖 4B(GST 磁珠) | GE Healthcare | 17-0756-01 |
| 转染 | Lipofectamine 2000 转染试剂 | Invitrogen | 1815561 |
| Opti-MEM 培养基 | Gibco | 1774114 | |
| 免疫沉淀与免疫印迹 | Dynabeads 蛋白 A 磁珠 | Invitrogen | 10002D |
| Dynabeads 蛋白 G 磁珠 | Invitrogen | 10004D | |
| 免疫印迹 | PVDF 膜 | BIO-RAD | 162-0177 |
| RNA 提取与逆转录 | RNA 小量制备试剂盒 | ZYMO Research | R2052 |
| 逆转录 | amfiRivert cDNA 合成预混液 | GenDEPOT | R5600-100 |
| RT-qPCR | Power SYBR Green PCR 预混液 | Applied Biosystem | 4367659 |
| ChIP | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-295 |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Glo 发光法细胞活力检测试剂盒 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系与培养 | 细胞来源(LNCaP、VCaP、22Rv1 购自 ATCC,C4-2 由 Dr. Arul M. Chinnaiyan 提供)、传代次数(接收后 20 代以内)、培养基与血清类型(VCaP 用 10% BGS,其余用 10% FBS) 阅读提示:Methods 中 Cell culture 小节 |
| siRNA/shRNA 敲低与回补 | BMI1 siRNA #1 s2015、#2 s2016,RING1B siRNA #1 s12067、#2 s12068,MDM2 siRNA #1 s58628、#2 s58629;BMI1 shRNA TRCN0000020156;转染细胞数 3×10^5、80% 汇合度 阅读提示:Methods 中 Transfection 与 Lentiviral constructs 小节 |
| 蛋白降解与泛素化检测 | CHX 10 µg/ml 时间点;MG132 20 µM、NH4Cl 10 mM、氯喹 200 µM;转染后加药时间(12 h 后 36 h 或 24 h 后 48 h) 阅读提示:Fig. 2a–c 图注及 Methods 中 Drug treatments and antibodies |
| PRC1 非依赖性验证 | PRT4165 100 µM 处理 24 或 48 h;RING1B/RING1A 双敲低后回补小鼠 BMI1 各突变体;抗 BMI1 抗体仅识别人 BMI1 不识别小鼠 BMI1 阅读提示:Fig. 3a–c、Fig. 3g 图注 |
| 体外竞争结合实验 | His-BMI1 剂量 0、2、10 µg;GST-BMI1ΔRING 0 或 2 µg;4°C 孵育 12 h 阅读提示:Fig. 2f、Fig. 3e–f 图注 |
| 体内移植瘤实验 | VCaP 2×10^6 细胞加 50% Matrigel 皮下接种;去势时肿瘤 200–300 mm3;PTC209 60 mg/kg、恩杂鲁胺 10 mg/kg 每日 5 天/周;给药途径(PTC209 皮下、恩杂鲁胺灌胃);每组 n 值与终止时间 阅读提示:Methods 中 Murine prostate tumor xenograft model 及 Fig. 6 图注 |
| 联合用药细胞实验 | 药物浓度梯度、处理 96 h、联合指数计算软件 Calcusyn;AR 阳性与 AR 阴性细胞对比 阅读提示:Methods 中 Cell growth assay 及 Fig. 6a–b 图注 |