GEMM与单细胞图谱构建
表征B7-H3对前列腺肿瘤微环境细胞组分的调控
对PbPP和PbPPCd276小鼠前列腺肿瘤进行scRNA-seq和mIHC,鉴定MDSC和CAF亚群。
Dual Functions of B7-H3-MAPK Signaling Orchestrate Tumor Immunosuppression via Regulating the Plasticity of Myeloid-derived Suppressor Cells and Fibroblasts
包含GEMM、syngeneic模型、scRNA-seq、CyTOF、mIHC及人样本分析等多层级证据,并含功能与机制验证
PbPP与PbPPCd276 GEMM前列腺肿瘤模型 DX1同种移植前列腺癌模型 PbPPS GEMM去势抵抗性前列腺癌模型 人前列腺癌单细胞数据集GSE274229
PbPPCd276与PbPP GEMM中Cd276敲除后MDSC亚群比例及衰老标志物变化 DX1-sgCtrl与DX1-sgCd276同种移植瘤中Ly6C+或Ly6G+抗体清除对肿瘤生长的影响 B7-H3 mAb(MJ18)联合trametinib在CRPC模型中的剂量、给药途径及生存终点 scRNA-seq和CyTOF分析中MDSC、CAF亚群注释及通路富集结果 人MDSC中B7-H3-MEK-ERK-STAT1轴及SPINK1-EGFR-MEK-ERK轴的验证条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征B7-H3对前列腺肿瘤微环境细胞组分的调控
对PbPP和PbPPCd276小鼠前列腺肿瘤进行scRNA-seq和mIHC,鉴定MDSC和CAF亚群。
验证B7-H3对MDSC亚群比例和肿瘤进展的影响
通过Ly6C/Ly6G抗体清除M-MDSC或Gr-MDSC,注射sgCtrl或sgCd276 DX1细胞,监测肿瘤生长。
验证B7-H3直接结合M-MDSC并诱导衰老和SASP
分离肿瘤MDSC,与AF647标记的rmB7-H3孵育,流式检测结合;THP-1和人M-MDSC在条件培养基中培养,检测衰老和SASP标志物。
明确B7-H3诱导M-MDSC衰老的信号通路
使用MEK抑制剂trametinib和ERK抑制剂temuterkib处理M-MDSC,检测衰老、SASP及MAPK磷酸化。
验证衰老M-MDSC通过CXCL-CXCR2轴招募Gr-MDSC
体外迁移实验共培养M-MDSC和中性粒细胞,并使用CXCR2抑制剂AZD-5069进行体内验证。
验证B7-H3缺失通过MDSC来源SPINK1促进ECM重塑CAF
人成纤维细胞BJ和3T3用rhSPINK1刺激,或用EGFR/MEK/ERK抑制剂处理;hM-MDSC与BJ共培养。
评估B7-H3抗体联合MEK抑制剂的抗肿瘤效果
在DX1同种移植CRPC模型和PbPPS GEMM中,单用或联用B7-H3 mAb与trametinib,监测肿瘤生长和生存。
验证临床前列腺癌样本中B7-H3与MDSC/CAF的关联
分析公共单细胞数据集GSE274229和bulk RNA-seq数据,评估CD276表达与MDSC/CAF特征的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Corning | 10-040-CV |
| 胎牛血清 | Thermo Scientific | 10082147 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Scientific | 15140163 | |
| DMEM培养基 | Corning | 10-013-CV | |
| 支原体检测 | MycoAlert PLUS检测试剂盒 | Lonza | LT07-710 |
| 基因敲除 | 嘌呤霉素 | Thermo Fisher | A1113803 |
| CyTOF | II型胶原酶 | Life Technologies | 17101-015 |
| 布雷菲德菌素A | BioLegend | 420601 | |
| 莫能菌素 | BioLegend | 420701 | |
| TrypLE消化液 | Life Technologies | 12605028 | |
| 红细胞裂解液 | BioLegend | 420301 | |
| CD16/CD32抗体 | BD Biosciences | 553142 | |
| 顺铂 | Fluidigm | 201064 | |
| Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | eBioscience | 00-5523-00 | |
| 铱 | Fluidigm | 201192A | |
| MaxPar固定/透化缓冲液 | Fluidigm | 201067 | |
| MDSC分离 | 髓源性抑制细胞分离试剂盒 | Miltenyi | 130-094-538 |
| PBMC分离 | Histopaque-1077分离液 | Sigma-Aldrich | 10771-100ML |
| 单核细胞分离 | MojoSort人CD14+单核细胞分离试剂盒 | BioLegend | 480048 |
| 中性粒细胞分离 | 红细胞裂解液 | BioLegend | 420302 |
| M-MDSC诱导 | GM-CSF | Abnova | P4395 |
| IL-6 | Sino Biological | 10395-HNAE-20 | |
| 单细胞RNA测序 | 胶原酶A | Sigma-Aldrich | 11088793001 |
| BSA组分V | Gibco | 15260037 | |
| 胰蛋白酶 | Corning | 25053CI | |
| 红细胞裂解液 | MACS | 130-094-183 | |
| 牛血清白蛋白 | Ambion | AM2616 | |
| 衰老检测 | C12FDG | Thermo Fisher Scientific | D2893 |
| 流式细胞术 | True-Nuclear转录因子缓冲液套装 | BioLegend | 424401 |
| GolgiPlug蛋白转运抑制剂 | BD Biosciences | 555029 | |
| T细胞分离 | MojoSort小鼠CD4 T细胞分离试剂盒 | BioLegend | 480006 |
| MojoSort小鼠CD8 T细胞分离试剂盒 | BioLegend | 480008 | |
| MojoSort缓冲液 | BioLegend | 480017 | |
| T细胞激活 | Dynabeads小鼠T细胞激活剂CD3/CD28 | Gibco | 11452D |
| T细胞增殖检测 | CellTrace远红细胞增殖试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C34564 |
| MDSC标记 | CellTracker绿色CMFDA染料 | Thermo Fisher Scientific | C7025 |
| 颗粒酶B检测 | PE标记抗人/小鼠颗粒酶B重组抗体 | BioLegend | 372207 |
| 多重免疫组化 | Opal Polaris 7色手动IHC检测试剂盒 | Akoya Biosciences | NEL861001KT |
| Western blot | Laemmli上样缓冲液 | Bio-Rad Laboratories | 1610747 |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | 1620112 | |
| SuperSignal West Femto最高灵敏度底物 | Thermo Scientific | 34095 | |
| 蛋白标记 | Alexa Fluor 647微量蛋白标记试剂盒 | Thermo Scientific | A30009 |
| 重组蛋白 | 重组小鼠B7-H3 | Sino Biological | 50973-M02H |
| 人IgG1-Fc蛋白 | Sino Biological | 10702-HNAH | |
| 细胞染色 | 细胞染色缓冲液 | BioLegend | 420201 |
| RNA提取 | Purelink RNA微量提取试剂盒 | Thermo Scientific | 12183025 |
| 逆转录 | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Life Technologies | 4368813 |
| qPCR | PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Scientific | A25778 |
| 细胞处理 | 曲美替尼 | MedChemExpress | HY-10999 |
| temuterkib | MedChemExpress | HY-101494 | |
| 阿法替尼 | MedChemExpress | HY-10261 | |
| 重组蛋白 | 重组人SPINK1蛋白 | MedChemExpress | HY-P71053 |
| 小鼠SPINK1蛋白 | MedChemExpress | HY-P702493 | |
| 抗体中和 | 抗SPINK1单克隆抗体 | Boca Scientific | PSKAN2 |
| 体内治疗 | 抗B7-H3单克隆抗体 | Bio X Cell | BE0124 |
| IgG对照 | Bio X Cell | BE0290 | |
| PXS-5505 | MCE | HY-138625B | |
| 维莫德吉 | MCE | HY-10440 | |
| AZD-5069 | MCE | HY-19855 | |
| 体内清除 | 抗Ly6C单克隆抗体 | BioXCell | BE0203 |
| 抗Ly6G单克隆抗体 | BioXCell | BE0075-1 | |
| 抗CD4单克隆抗体 | BioXCell | BE0003-1 | |
| 抗CD8单克隆抗体 | BioXCell | BE0061 | |
| 抗NK1.1单克隆抗体 | BioXCell | BE0036 | |
| 同型对照 | 小鼠IgG | BioXCell | BE0093 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GEMM模型构建与scRNA-seq | PbPP与PbPPCd276小鼠月龄(5个月)、样本量(PbPP 7只合并为5样本,PbPPCd276 3只/3样本) 阅读提示:Methods中GEM models部分及Figure 1A图注 |
| MDSC体内清除实验 | 抗体剂量(200 μg/次,i.p.)、处理频率(每两天)、DX1细胞注射量(1×10^6) 阅读提示:Methods中In vivo MDSC depletion assay及Figure 1H图注 |
| B7-H3结合与衰老诱导实验 | rmB7-H3-hFc-AF647孵育条件(4°C,1小时)、rhB7-H3浓度(5或10 μg/mL)、处理时间(48小时) 阅读提示:Methods中B7-H3 recombinant protein conjugation and binding assay及Figure 2A-2K图注 |
| MAPK抑制剂处理实验 | trametinib浓度(0.25 μM)、temuterkib浓度(5 μM)、处理时间(48小时) 阅读提示:Methods中Cell treatment in vitro及Figure 3C-3F图注 |
| 联合治疗体内实验 | B7-H3 mAb剂量(300 μg/次,i.p.,每3天)、trametinib剂量(3 mg/kg,口服,隔天)、enzalutamide饮食 阅读提示:Methods中Combination treatment in syngeneic and GEM models of CRPC及Figure 5A、5F图注 |
| CXCR2抑制剂体内实验 | AZD-5069剂量(100 mg/kg,口服,每日)、处理时间(3周) 阅读提示:Methods中CXCR2 inhibitor treatment in syngeneic models |
| CAF清除实验 | PXS-5505剂量(20 mg/kg,i.p.,每日周一至周五)、Vismodegib剂量(40 mg/kg,口服灌胃,每日周一至周五) 阅读提示:Methods中In vivo CAF depletion assay |