公共队列与临床样本分析CA9表达
确定CA9在GBM中的临床相关性及其与分子亚型、复发和预后的关系
分析TCGA-GBM、CGGA-GBM公共转录组数据,比较CA9在GBM与对照、不同分子亚型、原发与复发组织中的表达,并进行生存分析和ROC分析;对配对原发/复发GBM临床标本进行免疫荧光共染色检测CA9和Nestin。
Hypoxic CA9-high mesenchymal-like glioma stem cells promote ANXA1-FPR1-dependent macrophage polarization in recurrent glioblastoma
含单细胞、蛋白质组、配对临床标本及体外/体内功能验证,涵盖CA9敲低/过表达、ANXA1挽救和FPR1阻断。
U87-MG和U251人胶质瘤细胞系 患者来源胶质瘤干细胞(GSCs) THP-1来源巨噬细胞 BALB/c nude小鼠皮下异种移植瘤模型
CA9敲低效率:U251和U87-MG中CA9 mRNA分别降低80.19%和77.38%(qRT-PCR) 缺氧处理条件:1% O₂、5% CO₂、94% N₂培养48 h,常氧对照为21% O₂ FPR1阻断:环孢素H(CsH)10 µM预处理1 h(体外)或10 mg/kg腹腔注射隔日一次(体内) CA9敲低对ANXA1分泌的影响:U87-MG中从512.8 ± 45.2 pg/mL降至186.4 ± 23.7 pg/mL(ELISA) 体内实验样本量:每组n = 8只小鼠,皮下注射5 × 10⁶个细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定CA9在GBM中的临床相关性及其与分子亚型、复发和预后的关系
分析TCGA-GBM、CGGA-GBM公共转录组数据,比较CA9在GBM与对照、不同分子亚型、原发与复发组织中的表达,并进行生存分析和ROC分析;对配对原发/复发GBM临床标本进行免疫荧光共染色检测CA9和Nestin。
在单细胞分辨率下解析原发和复发GBM的细胞组成,定位CA9表达的恶性细胞状态
分析GSE174554中80例IDH野生型GBM样本(40原发,40复发)的scRNA-seq数据,进行质量控制、聚类、细胞类型注释、恶性细胞鉴定和亚群再聚类,使用Monocle2进行伪时间分析,CytoTRACE2评估分化潜能,CellChat推断细胞间通讯。
验证CA9对GBM细胞增殖、凋亡、细胞周期和TMZ敏感性的功能贡献
在U251和U87-MG中建立CA9敲低(shRNA)和过表达稳转株,通过CCK-8检测增殖,Annexin V-FITC/PI流式检测凋亡,PI流式检测细胞周期,TMZ剂量反应评估IC50。
鉴定CA9调控的下游分泌性免疫调节候选蛋白
对CA9-NC和CA9-KD U87-MG细胞(各3个生物学重复)进行FASP酶解、TMT 6plex标记、nanoLC-MS/MS分析,筛选差异表达蛋白,结合公共队列相关性和巨噬细胞丰度关联优先筛选ANXA1。
确认CA9在转录和分泌水平正向调控ANXA1
通过qRT-PCR和Western blotting检测CA9敲低/过表达后ANXA1 mRNA和蛋白变化;ELISA检测条件培养基中分泌型ANXA1;双荧光素酶报告基因实验检测野生型或HRE突变型ANXA1启动子活性。
确定缺氧条件下CA9对ANXA1表达和分泌的贡献
将U87-MG和患者来源GSC在1% O₂缺氧条件下培养48 h,检测HIF-1α、CA9和ANXA1 mRNA及分泌型ANXA1;比较CA9-NC和CA9-KD细胞在缺氧下ANXA1诱导倍数。
验证CA9高表达肿瘤细胞条件培养基通过分泌ANXA1促进巨噬细胞M2样极化
用PMA分化THP-1细胞为巨噬细胞,分别用新鲜培养基、CA9-NC条件培养基、CA9-KD条件培养基、CA9-KD条件培养基+重组ANXA1处理48 h,检测M2/M1标志物mRNA和分泌细胞因子。
确定FPR1介导CA9-ANXA1轴驱动的巨噬细胞M2样极化
在条件培养基刺激前用选择性FPR1拮抗剂环孢素H(CsH,10 µM)预处理THP-1来源巨噬细胞1 h,检测早期反应基因(1 h)和M2样极化标志物(48 h);在体内对CA9-NC或CA9-KD异种移植瘤小鼠给予CsH(10 mg/kg,腹腔注射,隔日一次)。
在体内验证CA9敲低和FPR1阻断对肿瘤生长和巨噬细胞极化的影响
将CA9-NC或CA9-KD U87-MG细胞皮下注射至BALB/c nude小鼠,监测肿瘤生长,终点检测肿瘤重量,通过小鼠特异性qRT-PCR和免疫荧光检测巨噬细胞标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM | Yuanpei | L110KJ |
| 胎牛血清 | Tianhang | 11011 − 8611 | |
| 青霉素-链霉素 | Beyotime | C0222 | |
| RPMI-1640培养基 | Yuanpei | L210KJ | |
| 慢病毒转导 | 聚凝胺 | Beyotime | C0351 |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 | |
| 巨噬细胞分化 | 佛波酯 | Beyotime | S1819 |
| ANXA1挽救实验 | 重组人ANXA1 | Cloud-Clone Corp. | RPA511Hu01 |
| FPR1抑制实验 | 环孢素H | MedChemExpress | HY-100183 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Tiangen | DP424 |
| RT-qPCR | PrimeScript RT预混液 | Takara | RR036A |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 | |
| CA9抗体 | Proteintech | 66243-1-Ig | |
| ANXA1抗体 | Proteintech | 21990-1-AP | |
| HIF-1α抗体 | Proteintech | 20960-1-AP | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | SA00001-2 or SA00001-1 | |
| ECL化学发光试剂 | Beyotime | P0018S | |
| ELISA | ANXA1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0484c |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0103c | |
| TGF-β1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0110c | |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂 | Beyotime | C0038 |
| TMZ敏感性实验 | 替莫唑胺 | MedChemExpress | MB1160 |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | KeyGen | KGA108 |
| 细胞周期分析试剂盒 | Beyotime | C1052 | |
| 免疫荧光 | 柠檬酸盐缓冲液 | Beyotime | P0081 |
| 山羊血清 | Beyotime | C0265 | |
| CA9抗体 | Proteintech | 66243-1-Ig | |
| Nestin抗体 | Proteintech | 19483-1-AP | |
| CD163抗体 | Proteintech | 16646-1-AP | |
| 荧光标记二抗 | Proteintech | SA00013-2 or SA00013-3 | |
| DAPI | Beyotime | C1005 | |
| 抗淬灭封片剂 | Beyotime | P0126 | |
| 双荧光素酶报告基因 | pGL3-Basic载体 | Promega | -- |
| Vazyme定点突变试剂盒 | Vazyme | C214-01 | |
| Lipofectamine转染试剂 | Beyotime | C0526 | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Beyotime | RG027 | |
| 定量蛋白质组学 | TMT 6plex标记试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| timsTOF Pro质谱仪 | Bruker | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本 | 样本来源:福建医科大学协和医院神经外科,2018-2023年,n = 4对配对原发/复发GBM;纳入标准:IDH野生型GBM(2021 WHO CNS分类),原发标本未接受放化疗,复发标本经MRI和/或组织病理确认;伦理批号:2023kjcx034 阅读提示:Methods中Clinical sample collection小节 |
| 细胞培养 | U87-MG和U251来源:中国科学院细胞库(上海);培养条件:高糖DMEM + 10% FBS + 1%青霉素-链霉素,37°C,5% CO₂;THP-1培养:RPMI-1640 + 10% FBS;患者来源GSC:无血清DMEM/F12 + B27 + EGF + bFGF,非贴壁成球条件 阅读提示:Methods中Cell culture小节 |
| 缺氧处理 | 缺氧条件:1% O₂, 5% CO₂, 94% N₂,48 h;常氧对照:21% O₂, 5% CO₂;样本收集:缺氧结束后立即收集细胞和条件培养基以最小化复氧伪影 阅读提示:Methods中Hypoxia treatment小节及Fig. 7图注 |
| 巨噬细胞极化实验 | THP-1分化:100 ng/mL PMA处理24 h,PBS洗三次,新鲜培养基静置24 h;条件培养基:来自CA9-NC或CA9-KD胶质瘤细胞培养48 h,0.22 µm过滤,1:1稀释;重组ANXA1:100 ng/mL;处理时间:48 h 阅读提示:Methods中Conditioned medium preparation and macrophage polarization assay小节及Fig. 10图注 |
| FPR1抑制实验 | 体外:CsH 10 µM预处理1 h,早期反应基因检测1 h,极化检测48 h;体内:CsH 10 mg/kg腹腔注射隔日一次从第3天开始,分组CA9-NC+vehicle, CA9-NC+CsH, CA9-KD+vehicle, CA9-KD+CsH,每组n = 8 阅读提示:Methods中FPR1 inhibition experiments小节及Fig. 11图注 |
| 动物实验 | 小鼠:4周龄雌性BALB/c nude小鼠(Slaccas, Shanghai),SPF条件;细胞注射:5 × 10⁶细胞/200 µL皮下注射至右侧腹;肿瘤监测:每3天测量,体积V = L × W²/2;终点:第21或23天处死;随机分组 阅读提示:Methods中Animal experiments小节 |