scRNA-seq与生物信息学分析
表征角膜伤口愈合过程中细胞组成和CSC异质性,推断细胞间通讯。
对正常和角膜上皮缺损小鼠角膜组织进行scRNA-seq,经质控、标准化、降维聚类、细胞注释、差异表达、GO/GSEA富集、hdWGCNA、伪时序和RNA速率分析,使用CellChat推断细胞间通讯。
Systematic Analysis of Stromal-Epithelial Crosstalk Reveals the FGF21-FGFR3 Axis as a Key Driver of Corneal Wound Healing
scRNA-seq分析、Transwell共培养、FGFR3药理/遗传扰动、AAV体内敲低、FGF21滴眼液体内验证及bulk RNA-seq
C57BL/6J小鼠角膜上皮缺损模型 人角膜上皮细胞系HCECs 人角膜基质细胞系HTK cells/CSCs 正常与伤口愈合小鼠角膜scRNA-seq数据
FGFR3抑制剂dabogratinib(TYRA-300)处理浓度50 nM,预处理6小时,FGF21处理12小时 FGF21处理浓度1 µg/mL,处理时间24小时 Transwell共培养膜孔径0.4 µm,共培养24小时后进行划痕和EdU实验 AAV9-shFgf21角膜基质内注射体积2.5–3 µL,滴度1 × 1012 vg FGF21滴眼液浓度50 µg/mL,每剂5 µL,每日三次
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征角膜伤口愈合过程中细胞组成和CSC异质性,推断细胞间通讯。
对正常和角膜上皮缺损小鼠角膜组织进行scRNA-seq,经质控、标准化、降维聚类、细胞注释、差异表达、GO/GSEA富集、hdWGCNA、伪时序和RNA速率分析,使用CellChat推断细胞间通讯。
验证基质来源FGF21是否通过FGFR3促进上皮修复行为,并明确受体依赖性。
构建FGF21过表达CSCs与HCECs非接触共培养,进行划痕和EdU实验;用FGF21处理HCECs,联合FGFR3抑制剂dabogratinib或FGFR3 shRNA敲低及回补,检测划痕闭合、EdU摄取和ERK/AKT磷酸化。
验证基质FGF21对体内角膜上皮修复的必要性和充分性。
通过角膜基质内注射AAV9-shFgf21敲低基质FGF21,观察角膜上皮缺损愈合;局部施用FGF21滴眼液,通过荧光素钠染色评估缺损面积,免疫荧光检测ZO-1和occludin。
解析FGF21处理上皮细胞后的转录程序变化。
对FGF21处理的HCECs进行bulk RNA-seq,DESeq2分析差异基因,GO富集,STRING PPI网络和ChEA_2022转录因子富集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM-F12培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| FGF21处理 | FGF21重组蛋白 | MedChemExpress | HY-P72651 |
| FGFR3抑制 | dabogratinib | MedChemExpress | TYRA-300 |
| 质粒转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 质粒构建 | FGF21过表达质粒 | Genechem | -- |
| 慢病毒转导 | 靶向FGFR3的慢病毒shRNA | Genechem | -- |
| AAV注射 | AAV9-shFgf21 | Shanghai Genechem Co., Ltd. | -- |
| EdU增殖检测 | EdU细胞增殖检测试剂盒 | CellorLab | CX002 |
| DAPI | Abcam | AB104139 | |
| 免疫荧光 | 抗FGF21抗体 | Proteintech | 26272-1-AP |
| 抗FGF10抗体 | Proteintech | 29749-1-AP | |
| 抗ZO-1抗体 | Thermo Fisher | 33–9100 | |
| 抗occludin抗体 | Abcam | ab216327 | |
| Western blot | 抗FGFR3抗体 | Proteintech | 30202-1-AP |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Proteintech | 80031-1-RR | |
| 抗ERK1/2抗体 | Proteintech | 11257-1-AP | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Proteintech | 28731-1-AP | |
| 抗AKT抗体 | Proteintech | 10176-2-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| bulk RNA-seq文库构建 | VAHTS Universal V10 RNA-seq文库构建试剂盒 | -- | -- |
| 体内角膜上皮刮除 | Alger Brush II角膜锈环去除器 | Alger | BR2–5 |
| 局部麻醉 | 盐酸丙美卡因滴眼液 | Alcon | -- |
| 角膜上皮缺损可视化 | 荧光素钠 | Jingming | -- |
| 荧光显微镜成像 | 荧光显微镜 | Leica | DMi8 |
| Transwell共培养 | Transwell小室 | Corning | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| scRNA-seq与生物信息学分析 | 小鼠品系与年龄、质控标准、高变基因数、差异基因阈值、GO显著性阈值、CellChat参数、注释标记基因 阅读提示:Methods中ScRNA-Seq Data Analysis、Differential Expression Analysis、Cell-Cell Communication Analysis小节及Supplementary Fig. S1 |
| FGF21-FGFR3轴体外功能验证 | HCEC接种密度、血清饥饿时间、FGF21浓度与处理时间、dabogratinib浓度与预处理时间、Transwell孔径与共培养时间、shRNA MOI、划痕成像时间点、EdU浓度与孵育时间、Western blot抗体货号 阅读提示:Methods中Culture and Treatment、CSCs Transfection and Non-Contact Co-Culture、FGFR3 Inhibition, Knockdown, and Rescue、Scratch Wound-Healing Assay、EdU Proliferation Assay小节及Figure 4J–L、Figure 5C–G图注 |
| 体内FGF21功能验证 | AAV9-shFgf21注射体积与滴度、FGF21滴眼液浓度与给药频率、角膜刮除直径、观察时间点、荧光素染色与免疫荧光样本量 阅读提示:Methods中Intrastromal Injection of AAV、Corneal Epithelial Wound Healing In Vivo、Treatment With FGF21、Immunofluorescence小节及Figure 6图注 |
| bulk RNA-seq分析 | FGF21浓度、生物学重复数、差异基因阈值、测序平台与读长、PPI与转录因子富集数据库 阅读提示:Methods中Bulk RNA-Seq Analysis小节及Figure 7图注 |