新辅助纳武利尤单抗治疗患者多组学测序
描绘应答者与非应答者在肿瘤微环境中的转录组和空间差异,探索耐药机制
对接受新辅助纳武利尤单抗治疗的HCC患者肿瘤组织进行空间转录组测序(ST-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(bulk-seq),并对治疗初治患者进行scRNA-seq。
Multimodal sequencing identifies synergistic mechanisms driving resistance to neoadjuvant nivolumab treatment in hepatocellular carcinoma
包含患者样本(ST-seq、scRNA-seq、bulk-seq)及体外细胞实验和动物实验,但缺乏类器官等独立证据层级,功能验证有限。
HCC患者肿瘤组织(新辅助纳武利尤单抗治疗队列) HCC细胞系MHCC-97L和Hep3B THP1巨噬细胞和CD8+ T细胞共培养体系 Hepa1-6原位肝癌小鼠模型
病理肿瘤坏死≥60%定义nivolumab反应组 RAMP1敲低(shRNA)或重组ADM蛋白(20 μg/ml, 24h)处理 实验分组:R vs NR,以及anti-PD1、EBP抑制剂单药或联合治疗组 动物模型:C57BL/6小鼠原位注射Hepa1-6细胞,3.5×10^6细胞/只
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
描绘应答者与非应答者在肿瘤微环境中的转录组和空间差异,探索耐药机制
对接受新辅助纳武利尤单抗治疗的HCC患者肿瘤组织进行空间转录组测序(ST-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(bulk-seq),并对治疗初治患者进行scRNA-seq。
比较R和NR组的肿瘤免疫微环境结构、脂质代谢和细胞空间分布差异
使用MIA、NMF、BayesPrism等方法对ST-seq数据进行分析,定义肿瘤生态位,比较不同区域(如肿瘤内部和边缘)的脂质生成评分、免疫细胞丰度和功能。
揭示非应答者中免疫细胞亚型、功能状态以及细胞间通讯特征
对scRNA-seq数据进行无监督聚类和细胞注释,分析T细胞和髓系细胞亚型比例、功能状态(细胞毒性、耗竭、极化)、CNV变化及细胞通讯(CellChat、NicheNet)。
验证非应答者中TAM释放的ADM激活肿瘤细胞RAMP1进而调节EBP表达的机制
利用shRNA敲低HCC细胞(97L和Hep3B)中的RAMP1,检测对EBP表达的影响;用重组ADM蛋白处理HCC细胞检测RAMP1和EBP表达变化。
检测肿瘤细胞RAMP1敲低对巨噬细胞极化和CD8+ T细胞细胞毒性的功能影响
将HCC细胞(RAMP1 KD或对照)与THP1细胞或CD8+ T细胞直接共培养,检测巨噬细胞标志物(CD86、CD206)和CD8+ T细胞标志物(Granzyme B)表达,并通过流式细胞术分析细胞比例。
评估EBP抑制剂联合抗PD-1治疗对HCC肿瘤生长的抑制作用
建立原位肝癌小鼠模型,给予抗PD-1抗体、EBP抑制剂或两者联合,通过活体成像和肿瘤重量评估治疗效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 12100046 |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | 31800022 | |
| 胎牛血清 | Gibco | A5256801 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Gibco | 15140122 | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25200072 | |
| 细胞处理 | 人肾上腺髓质素蛋白 | MedChemExpress | HY-P74426 |
| T细胞分离 | 人白细胞介素-2重组蛋白 | PeproTech | 200-02 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| RT-qPCR | HiScript IV 全能型逆转录超混液(qPCR用) | Vazyme | R433-01 |
| SupRealQ Ultra Hunter SYBR qPCR 预混液(U+) | Vazyme | Q713-03 | |
| 质粒提取 | QIAEX II 凝胶回收试剂盒 | QIAGEN | 20051 |
| QIAprep 离心小提试剂盒 | QIAGEN | 27106 | |
| 病毒包装 | Opti-MEM I 减血清培养基 | Gibco | 31985070 |
| 转染 | Lipofectamine 3000 转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | MedChemExpress | HY-K1057 |
| PBMC分离 | 人淋巴细胞分离液 | DAKEWE | 7111011 |
| 红细胞裂解 | 红细胞裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 00-4300-54 |
| CD8+ T细胞分选 | 人CD8+ T细胞分选试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-495 |
| T细胞活化 | Dynabeads™ 人T细胞活化CD3/CD28磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 11161D |
| 细胞因子谱分析 | Proteome Profiler 人细胞因子芯片试剂盒 | R&D Systems | ARY005B |
| 流式细胞术 | APC抗人CD68抗体 | BioLegend | 333809 |
| PE抗人CD86抗体 | BioLegend | 305406 | |
| FITC抗人CD206抗体 | BioLegend | 321103 | |
| PerCP/Cyanine5.5抗人CD8a抗体 | BioLegend | 300923 | |
| APC抗人/小鼠颗粒酶B重组抗体 | BioLegend | 372204 | |
| 补偿微球 | BioLegend | 424601 | |
| 固定缓冲液 | BioLegend | 420801 | |
| 胞内染色破膜洗涤缓冲液(10X) | BioLegend | 421002 | |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体 | BioXCell | RMP1-14 |
| EBP抑制剂 | MedChemExpress | -- | |
| Xenogen IVIS 100成像系统 | PerkinElmer | IVIS Spectrum | |
| RT-qPCR | QuantStudio 5 384孔实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本与分组 | 患者人群(新辅助纳武利尤单抗治疗的中晚期HCC),应答与非应答分组标准(病理肿瘤坏死≥60%) 阅读提示:Materials and methods - Patient samples; Results 第1段 |
| 细胞培养与处理 | HCC细胞系(MHCC-97L、Hep3B)培养条件(DMEM+10% FBS等),重组ADM蛋白浓度(20 μg/ml)及处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and methods - Cell culture and recombinant ADM protein treatment |
| RAMP1敲低 | shRNA序列,转染和筛选方法(嘌呤霉素),敲低效率 阅读提示:Materials and methods - Construction of stable knockdown HCC cells; Table 5 |
| 共培养实验 | THP1与肿瘤细胞共培养比例(10:1)和时间(48h);T细胞与肿瘤细胞共培养比例(1:1)和时间(72h) 阅读提示:Materials and methods - Flow cytometry |
| 动物实验 | 动物品系(C57BL/6),细胞系(Hepa1-6),注射细胞数(3.5×10^6),给药方案(anti-PD1抗体隔日一次,EBP抑制剂每日一次,共8天),实验周期(12天) 阅读提示:Materials and methods - Animal experiments |