培养条件优化
确定最佳培养基组合及是否使用Matrigel以支持类器官形成和上皮极化。
比较KM与CM培养基及有无Matrigel培养条件,通过明场成像、H&E染色、免疫荧光评估形态和标记物表达。
Functional human salivary gland organoids for tissue regeneration in chemically defined culture systems.
包含体外类器官培养与优化、单细胞转录组分析、原位及异位移植动物模型等多个独立证据层级,并包含功能验证和机制验证。
人下颌下腺来源类器官 NOD小鼠原位移植模型 NPG小鼠肾被膜下异位移植模型
化学限定培养基成分:A83-01、EGF、B27、Wnt-3a、Noggin、烟酰胺、地塞米松、FGF10、R-spondin 1、N-乙酰半胱氨酸 无Matrigel培养条件 14周龄雌性NOD小鼠原位移植,约3000个类器官双侧注射 6-8周龄雄性NPG小鼠肾被膜下移植,单独或与E12.5小鼠胚胎间充质共移植 移植后分析时间点:原位移植7周,异位移植4、8、12周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定最佳培养基组合及是否使用Matrigel以支持类器官形成和上皮极化。
比较KM与CM培养基及有无Matrigel培养条件,通过明场成像、H&E染色、免疫荧光评估形态和标记物表达。
评估各成分对类器官形成、增殖和分化的必要性。
从CM中逐一去除A83-01、EGF、B27、Wnt-3a、Noggin、烟酰胺、地塞米松、FGF10、R-spondin 1、N-乙酰半胱氨酸,观察类器官形成效率、形态、基因表达和14天活力。
验证类器官是否重现原代组织的结构和细胞多样性。
通过H&E、免疫荧光、共聚焦z stack三维重建和透射电镜分析类器官的组织学、细胞类型和超微结构。
验证类器官是否具备唾液腺的分泌功能和对刺激的反应性。
免疫荧光检测MUC7和AMY1,PAS/AB-PAS染色检测黏液分泌,ELISA检测AMY1分泌,钙成像检测CCh、异丙肾上腺素、ATP刺激的钙响应,RT-qPCR检测CCh刺激后基因表达。
评估类器官在长期传代中结构和转录组的稳定性。
系列传代(P0-P4)观察形态,免疫荧光检测多谱系标记,RNA-seq分析转录组一致性。
解析组织与类器官中的上皮异质性和分化轨迹。
对成人SMG组织和来源类器官进行scRNA-seq,聚类注释细胞类型,通过伪时间分析推断分化轨迹。
评估类器官在NOD小鼠中恢复唾液分泌和结构整合的能力。
将约3000个类器官双侧注入14周龄NOD小鼠下颌下腺,PBS作为对照,7周后分析唾液流量、组织学、蛋白表达和人源细胞整合。
评估类器官在肾被膜下形成腺样结构和血管化的能力。
将类器官单独或与E12.5小鼠唾液腺间充质共移植入NPG小鼠肾被膜下,在4、8、12周分析组织形态、细胞类型和血管化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织消化 | I型胶原酶 | Worthington Biochemical | LS004194 |
| II型胶原酶 | Worthington Biochemical | LS004176 | |
| IV型胶原酶 | Worthington Biochemical | LS004186 | |
| 培养基成分 | A83-01 | Sigma-Aldrich | SML0788 |
| 重组人Wnt-3a | Novoprotein | C18K | |
| 重组人Noggin | Novoprotein | CB89 | |
| 重组人R-spondin 1 | Novoprotein | CX83 | |
| 重组人EGF | Novoprotein | C029 | |
| 重组人FGF10 | Novoprotein | CR11 | |
| 类器官培养 | Matrigel | Corning | 354234 |
| TrypLE Express | Thermo Fisher Scientific | 12604013 | |
| 染色 | DAPI | Solarbio | C0065 |
| 细胞活力测定 | CellTiter-Glo 3D细胞活力测定试剂盒 | Promega | G9683 |
| 钙成像 | Fluo-4钙成像试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | F10489 |
| ELISA | 人AMY1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6292 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | 23227 |
| ECL Ultra检测试剂盒 | New Cell & Molecular Biotech | P10100 | |
| 组织透明化 | Nuohai组织透明化试剂盒 | Nuohai Life Science | NH-CR-210701 |
| 药物处理 | 卡巴胆碱 | MCE | HY-B0276 |
| ATP(三磷酸腺苷二钠盐) | MCE | HY-B0586 | |
| 动物实验 | NOD/ShiLtJGpt小鼠 | GemPharmatech | N000235 |
| NPG小鼠 | Beijing Vitalstar Biotech | VS101001 | |
| ICR小鼠 | Department of Laboratory Animal Science, Peking University Health Science Center | -- | |
| 免疫荧光 | 抗AQP5抗体 | Abcam | ab92320 |
| 抗K19抗体 | Abcam | ab7754 | |
| 抗EpCAM抗体 | Abcam | ab223582 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Abcam | ab8069 | |
| 抗K7抗体 | Abcam | ab181598 | |
| 抗α-SMA抗体 | Abcam | ab7817 | |
| 抗K5抗体 | Abcam | ab52635 | |
| 抗CD133抗体 | Abcam | ab264538 | |
| 抗TUBB3抗体 | Abcam | ab52623 | |
| 抗MUC7抗体 | Biorbyt | orb101843 | |
| 抗AMY1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-46657 | |
| 抗CD31抗体 | Abcam | ab182981 | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab279653 | |
| 免疫组化 | 抗STEM121抗体 | Takara Bio | Y40410 |
| Western blot | 抗AQP5抗体(WB) | Santa Cruz Biotechnology | sc-514022 |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Biorbyt | orb10033 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 594-山羊抗兔IgG | ZSGB-BIO | ZF-0516 |
| Alexa Fluor 488-山羊抗小鼠IgG | ZSGB-BIO | ZF-0512 | |
| Western blot | HRP-山羊抗兔IgG | ZSGB-BIO | ZB-2301 |
| HRP-山羊抗小鼠IgG | ZSGB-BIO | ZB-2305 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织获取与消化 | 人唾液腺组织类型(腮腺、下颌下腺、舌下腺)、组织大小、患者排除标准;胶原酶浓度和消化时间 阅读提示:STAR★Methods - Salivary gland tissue acquisition 和 Tissue digestion and organoid culture |
| 类器官培养 | 培养基成分(CM和KM)及浓度;Matrigel有无;接种方式(Matrigel包埋或超低附着板);培养温度、CO2浓度;换液频率;传代比例和周期 阅读提示:STAR★Methods - Tissue digestion and organoid culture |
| 类器官形成与优化 | 单因子剔除列表;形成效率测定时间(第7天)和重复数(n=3) 阅读提示:Results - Optimization of culture medium components 和 Figure 1 |
| 分泌功能检测 | AMY1 ELISA时间点(n=4);钙成像刺激剂浓度(CCh、阿托品、异丙肾上腺素、ATP);基因表达检测时间点(CCh刺激24小时,n=3) 阅读提示:Results - Salivary gland organoids recapitulate... 和 Figure 3 及 STAR★Methods - Calcium influx assay |
| 转录组分析 | RNA-seq平台的详细信息(如BGI DNBSEQ);scRNA-seq读序长度、比对参考基因组;质量控制阈值(最小基因数、线粒体UMI率);批次校正方法;聚类参数 阅读提示:STAR★Methods - RNA sequencing 和 Single-cell RNA sequencing |
| 原位移植 | 小鼠品系、性别、年龄(14周龄雌性NOD);细胞注射数量(约3000个);注射部位(双侧下颌下腺);对照(PBS);分析时间点(7周);样本量(n=6);统计方法 阅读提示:STAR★Methods - Orthotopic transplantation of hSGOs 和 Figure 6 |
| 异位移植 | 小鼠品系、性别、年龄(NPG雄性6-8周);移植组合(类器官单独、间充质单独、共移植);间充质来源(E12.5小鼠胚胎下颌下腺);分析时间点(4、8、12周) 阅读提示:STAR★Methods - Subcapsular renal heterotopic transplantation 和 Figure 7 |
| 唾液收集与蛋白组学 | 毛果芸香碱剂量(0.5 mg/kg);收集时间(10-15分钟);离心条件;蛋白提取方法;质谱数据采集模式 阅读提示:STAR★Methods - Saliva collection and proteomic analysis |