临床样本和单细胞测序分析
探究Pla2g7在人类骨组织中的表达及其与骨吸收的相关性。
分析公开的单细胞RNA-seq数据集,检测骨质疏松患者和正常对照的血清PLA2G7水平,并评估其与骨转换标志物的相关性。
Pla2g7 regulates bone homeostasis via Alox12/12-HETE/Gpr31 signaling axis.
包含临床样本分析、单细胞测序、体内基因敲除模型、体外细胞实验、机制验证等多层级证据。
小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMMs) 人外周血单核细胞(hPBMCs) Pla2g7条件敲除小鼠(LysM-Cre和CTSK-Cre) 卵巢切除术(OVX)诱导的骨质疏松小鼠模型
Pla2g7表达与骨吸收标志物CTX-I的相关性 Darapladib对破骨细胞分化的抑制作用及浓度依赖性 OVX模型中Pla2g7缺失对骨量的影响 Alox12/12-HETE/Gpr31信号轴的机制验证 p38 MAPK和线粒体能量代谢在破骨细胞中的作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究Pla2g7在人类骨组织中的表达及其与骨吸收的相关性。
分析公开的单细胞RNA-seq数据集,检测骨质疏松患者和正常对照的血清PLA2G7水平,并评估其与骨转换标志物的相关性。
验证Pla2g7在体内的功能,特别是在骨吸收中的作用。
构建Pla2g7条件敲除小鼠(LysM-Cre和CTSK-Cre),通过微CT和组织学分析骨量及破骨细胞参数,并在OVX模型中评估。
确定Pla2g7特异性抑制剂Darapladib对破骨细胞分化的影响。
用Darapladib处理小鼠BMMs和人PBMCs,进行TRAP染色、F-actin染色、骨吸收实验,检测破骨细胞标志物。
识别Pla2g7调控破骨细胞分化的下游代谢通路。
对Darapladib处理或对照的BMMs进行脂质组学和RNA-seq分析,鉴定差异代谢物和基因,并富集分析。
验证Alox12和12-HETE是否介导Pla2g7对破骨细胞分化的调控。
检测Alox12表达变化,使用ML355抑制Alox12,补充12-HETE观察其对破骨细胞分化的影响。
验证Gpr31及其下游p38 MAPK通路在Pla2g7调控破骨细胞分化中的作用。
用siRNA敲低Gpr31,检测破骨细胞分化及p38 MAPK磷酸化水平,并使用p38抑制剂和激活剂验证。
探究Pla2g7/Gpr31轴对线粒体功能的影响。
用Seahorse分析OCR和ECAR,检测电子传递链和线粒体动力学蛋白,以及ROS水平。
评估Darapladib在多种病理骨丢失模型中的治疗效果。
构建HFD、OVX和LPS诱导的骨丢失模型,给予Darapladib治疗,检测骨量和破骨细胞参数。
确定PLA2G7在人类骨质疏松中的作用。
收集患者骨组织和血清,检测PLA2G7表达,并分离hPBMCs和hMSCs进行破骨细胞和成骨细胞分化实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | α-MEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 重组小鼠巨噬细胞集落刺激因子 | Novoprotein | CB34 | |
| 重组小鼠巨噬细胞集落刺激因子 | Amizona Scientific | AM10003 | |
| 重组小鼠RANKL | R&D System | 462-TEC | |
| 重组人巨噬细胞集落刺激因子 | SinoBiological | 11682-HNCH | |
| 重组人RANKL | SinoBiological | 11792-HNAH | |
| 药物处理 | ML355 | MedChemExpress | HY-12341 |
| 达拉帕地 | MedChemExpress | HY-10521 | |
| 重组Pla2g7蛋白 | Novoprotein | C624 | |
| 12-HETE | Gibco | GC40429 | |
| 牙周膜干细胞分离 | Ficoll分离液 | -- | -- |
| 破骨细胞分化 | TRAP染色液 | Sigma-Aldrich | 387A-1 |
| 骨吸收实验 | 羟基磷灰石包被板 | Corning Inc | 3989 |
| 成骨细胞分化 | II型胶原酶 | -- | -- |
| 抗坏血酸 | Sigma-Aldrich | A4403 | |
| β-甘油磷酸 | Sigma | G9422 | |
| 地塞米松 | Sigma-Aldrich | D4902 | |
| 碱性磷酸酶染色试剂盒 | MeilunBio | MA0197 | |
| 茜素红S | Sigma | A5533 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | CWBIO | CW0581 |
| RT-qPCR | HiFiScript cDNA合成试剂盒 | CWBIO | CW2569 |
| Hieff qPCR SYBR Green预混液 | Yeasen | 11201ES08 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| ECL化学发光液 | Fdbio science | FD8020 | |
| FUSION FX生物成像系统 | VILBER | -- | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | -- | -- |
| QuickBlock免疫染色封闭液 | Beyotime | P0260 | |
| 抗淬灭剂 | Servicebio | G1401-5ML | |
| 徕卡TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 图像扫描 | 数字切片扫描仪 | KFBIO | KF-FL-120 |
| 免疫组化 | DAB显色液 | ServiceBio | G1212-200T |
| siRNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | 2078159 |
| 微CT扫描 | SkyScan1275系统 | Bruker | -- |
| ELISA | 小鼠CTX ELISA试剂盒 | Cloud-Clone Corp | CEA665Mu |
| 小鼠PINP ELISA试剂盒 | Cloud-Clone Corp | SEA957Mu | |
| 小鼠Pla2g7 ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E08321m | |
| 人PLA2G7 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H2286 | |
| 人CTX ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E11224h | |
| 人PINP ELISA试剂盒 | CUSABIO | CSB-E11226h | |
| 花生四烯酸ELISA试剂盒 | FineTest | EM2143 | |
| 12-HETE ELISA试剂盒 | FineTest | EU3131 | |
| 流式细胞术 | DCFH-DA荧光探针 | Beyotime | S0033S |
| MitoSOX荧光探针 | Yeasen | 40778ES50 | |
| 流式细胞仪(CytoFLEX LX) | Beckman | -- | |
| 细胞外通量分析 | Seahorse XF96细胞培养板 | Agilent | 102978-100 |
| Seahorse XF96细胞外通量分析仪 | Agilent | -- | |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | 103260-100 | |
| Seahorse XF细胞糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent | 103020-100 | |
| LPS模型 | 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2630 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 破骨细胞分化 | BMMs分离和分化条件:M-CSF浓度(25 ng/mL)、RANKL浓度(50 ng/mL),分化时间(5天);hPBMCs分化:人M-CSF(25 ng/mL)、人RANKL(50 ng/mL),分化时间(9天) 阅读提示:Methods: 破骨细胞分化,TRAP染色和骨吸收实验 |
| Darapladib处理 | Darapladib浓度范围(0, 100, 200, 400 nM)及处理时间(整个诱导期) 阅读提示:Results: Darapladib suppresses osteoclast differentiation,图3 |
| Pla2g7敲除小鼠模型 | 基因型:Pla2g7f/f,Pla2g7LysM,Pla2g7CTSK;性别和年龄(12周龄);对照组为同窝野生型 阅读提示:Methods: Mice; Results: Osteoclast-specific ablation of Pla2g7... |
| OVX模型 | 小鼠年龄(12周),手术方式(双侧卵巢切除),模型持续时间(8周) 阅读提示:Methods: OVX-induced osteoporosis model; Results: 图2K-N |
| 机制研究 | ML355使用浓度(200 nM);12-HETE浓度(100 ng/mL);siRNA敲低Gpr31效率验证;p38抑制剂Adezmapimod和激活剂Anisomycin的使用浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Results: Pla2g7 regulates...; Methods: Reagents; Transfection of Gpr31 siRNA |