UV-WSSV训练免疫模型的建立
建立训练免疫模型以研究UV-WSSV诱导的抗病毒免疫记忆
用紫外线灭活WSSV(UV-WSSV)注射虾,5天后用活WSSV攻击,评估存活率
Histone H3K27 acetylation mediated by KAT8 maintains antiviral trained immunity in shrimp induced by inactivated white spot syndrome virus.
包含体内RNAi、抑制剂处理、ChIP-seq、ChIP-qPCR、代谢物检测、存活率分析等多个独立证据层级,并明确进行功能验证和机制验证。
日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus) UV-WSSV训练虾模型 WSSV感染虾模型
UV-WSSV训练剂量:1.0×10^5拷贝/虾 WSSV攻击剂量:1.0×10^7拷贝/虾 Kat8基因敲低效率确认 MG149抑制剂浓度梯度(0,1,5,10μM) 2-DG和SB抑制剂处理方案
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立训练免疫模型以研究UV-WSSV诱导的抗病毒免疫记忆
用紫外线灭活WSSV(UV-WSSV)注射虾,5天后用活WSSV攻击,评估存活率
鉴定参与H3K27ac修饰的赖氨酸乙酰转移酶(KATs)
通过RNAi筛选候选KATs,检测WSSV感染后H3K27ac和H4K16ac水平;使用MG149抑制剂验证
验证KAT8是否抑制WSSV复制并影响存活
敲低Kat8或使用MG149处理后感染WSSV,检测病毒基因表达、病毒拷贝数和存活率
探究UV-WSSV训练是否增强糖酵解和TCA循环
检测葡萄糖、乳酸、丙酮酸、柠檬酸和乙酰辅酶A含量,以及糖酵解和TCA关键酶基因表达
鉴定H3K27ac修饰直接调控的靶基因
通过ChIP-seq和ChIP-qPCR分析UV-WSSV训练虾血细胞中H3K27ac修饰的基因启动子区域
验证KAT8介导的H3K27ac调控Dorsal及下游效应分子
敲低Kat8后检测H3K27ac在Dorsal启动子的富集,以及Dorsal、Vago5、Ficolin、AMPs的表达
评估训练免疫对虾存活率的影响及KAT8的关键作用
比较UV-WSSV训练组与对照组虾的存活率,并观察Kat8敲低后存活率变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Bioteke | -- |
| cDNA合成 | cDNA合成试剂盒(5x All-in-One RT MasterMix) | Applied Biological Materials-abm | -- |
| RNA干扰 | T7转录试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | EP0111 |
| KAT8抑制剂处理 | MG149 | MedChemExpress | HY-15887 |
| 糖酵解抑制 | 2-脱氧-D-葡萄糖(2-DG) | AbMole | M5140 |
| ACLY抑制 | SB204990 | TargetMol | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解缓冲液 | Solarbio | R0020 |
| 组蛋白提取 | 组蛋白提取试剂盒 | BestBio | BB31171 |
| Western blot | 抗组蛋白H3多克隆抗体 | Proteintech | 17168-1-AP |
| 抗乙酰赖氨酸抗体 | Immunechem | ICP0380 | |
| 抗乙酰化组蛋白H3-K27兔多克隆抗体 | ABclonal | A7253 | |
| 抗乙酰化组蛋白H3-K9兔多克隆抗体 | ABclonal | A7255 | |
| 抗乙酰化组蛋白H4-K16兔多克隆抗体 | PTM BIO | PTM-122 | |
| 二抗 | ZSGB-Bio | ZB2308 | |
| 增强化学发光(ECL) | Tanon | -- | |
| ChIP-seq | 抗H3K27ac抗体 | Cell Signaling Technology | 8173 |
| MinElute PCR纯化试剂盒 | QIAGEN | 28006 | |
| ChIP-seq文库制备 | TruePrep DNA文库制备试剂盒V2(Illumina) | Vazyme | TD501 |
| 代谢物检测 | 葡萄糖含量检测试剂盒 | Solarbio | BC2500 |
| 乳酸含量检测试剂盒 | Solarbio | BC2230 | |
| 柠檬酸含量检测试剂盒 | Solarbio | BC2155 | |
| 乙酰辅酶A ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0125 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物和病毒感染 | 虾规格(约10g)、饲养条件(水温20-22°C、盐度35‰)、WSSV感染剂量(1.0×10^8拷贝/虾)、注射方式(第三腹节肌肉注射) 阅读提示:Methods - Animals and virus |
| 训练免疫模型 | UV-WSSV剂量(1.0×10^5拷贝/虾)、WSSV攻击剂量(1.0×10^7拷贝/虾)、训练后5天攻击 阅读提示:Methods - Establishment of the trained immunity model |
| RNA干扰 | dsRNA注射剂量(50μg/虾)、注射次数(两次,间隔24小时)、基因敲低效率验证 阅读提示:Methods - RNA interference assay |
| 抑制剂处理 | MG149浓度(0,1,5,10μM)、处理时间(6小时)、2-DG浓度(36mM,100μl,24小时)、SB浓度(100μM,48小时) 阅读提示:Methods - Inhibitor assay |
| 分子检测 | qPCR内参基因(Ef-1α)、Western blot抗体稀释比例、ChIP-seq条件 阅读提示:Methods - Quantitative real-time RT‒PCR, Western blotting, ChIP-seq |
| 存活率分析 | 每组30只虾、监测持续时间(5-6天)、统计方法(Kaplan-Meier, log-rank) 阅读提示:Methods - Survival rate analysis |