临床样本分析
评估AQP3在LUAD组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。
使用RT-qPCR、Western blot和IHC检测LUAD和邻近正常组织中AQP3的表达,并分析其与TNM分期、淋巴结转移及生存预后的关联。
PPAR-γ/NF-kB/AQP3 axis in M2 macrophage orchestrates lung adenocarcinoma progression by upregulating IL-6.
包含临床样本分析(RT-qPCR、IHC、scRNA-seq)、体外细胞实验(极化、共培养、功能 assays)和体内动物模型(皮下移植瘤、Aqp3敲除小鼠),并进行了机制验证(PPAR-γ/NF-κB轴、IL-6通路)。
A549和LLC肺癌细胞系 THP-1和RAW264.7来源的M0/M1/M2巨噬细胞及TAMs 混合皮下移植瘤小鼠模型(LLC+巨噬细胞) 乌拉坦诱导的Aqp3敲除小鼠模型
AQP3在LUAD组织中的高表达及预后关联(IHC H-score、Kaplan-Meier分析) M2巨噬细胞极化标志物(CD163、ARG1)的表达变化 AQP3敲低/过表达对M2极化的影响 IL-6作为下游分子的验证 体内模型中的肿瘤生长和糖代谢变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估AQP3在LUAD组织中的表达及其与临床病理特征和预后的关系。
使用RT-qPCR、Western blot和IHC检测LUAD和邻近正常组织中AQP3的表达,并分析其与TNM分期、淋巴结转移及生存预后的关联。
鉴定LUAD微环境中表达AQP3的细胞亚群,尤其是巨噬细胞亚型。
对5例LUAD和邻近组织进行scRNA-seq,聚类为12个主要细胞类型,并进一步分类巨噬细胞亚群,发现AQP3主要表达于M2样TAM-1亚群。
验证AQP3在M2巨噬细胞极化中的作用。
将THP-1和RAW264.7细胞诱导为M0、M1、M2巨噬细胞,检测AQP3表达及极化标志物;并通过siRNA和过表达质粒调控AQP3,观察对M2极化的影响。
评估AQP3修饰的M2巨噬细胞对肿瘤细胞增殖、迁移和周期的影响。
将A549或LLC细胞与AQP3敲低或过表达的M2巨噬细胞共培养,通过CCK-8、EdU、流式细胞术和Transwell实验检测肿瘤细胞的增殖、周期和迁移。
阐明AQP3调控M2极化的上游通路和下游效应分子。
基于scRNA-seq差异表达分析和KEGG富集,预测PPAR-γ/NF-κB轴为上游通路;通过Western blot和免疫荧光验证。通过细胞因子抗体芯片和ELISA鉴定IL-6为关键下游分子,并验证IL-6/IL-6R/STAT3通路及糖代谢变化。
验证AQP3在体内对M2巨噬细胞极化和LUAD进展的作用。
使用皮下移植瘤模型(LLC+sh-Aqp3-M2)和乌拉坦诱导的Aqp3敲除小鼠模型,通过瘤体测量、IHC、流式细胞术和代谢酶活性检测评估肿瘤生长、M2极化及糖代谢。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 佛波醇肉豆蔻酸酯 | -- | -- | |
| 干扰素-γ | -- | -- | |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| 白细胞介素-4 | -- | -- | |
| 白细胞介素-13 | -- | -- | |
| 共培养 | Transwell共培养系统 | BD Biosciences | -- |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | -- | |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | -- | |
| 7500实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗AQP3抗体 | Abcam | ab125219 | |
| 抗CD163抗体 | Abcam | ab182422 | |
| 抗IL-6抗体 | GeneTex | GTX110527 | |
| 抗IL-6R抗体 | Affinity | DF6466 | |
| 抗STAT3抗体 | Abcam | ab68153 | |
| 抗p-STAT3抗体 | Abcam | ab76315 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 抗β-actin抗体 | Abcam | ab8227 | |
| ImageQuant LAS 4000成像系统 | GE Healthcare | -- | |
| IHC | 二甲苯 | Fisher Scientific | -- |
| 柠檬酸抗原修复液 | Maixin | -- | |
| 抗CD68抗体 | Abcam | ab303565 | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab16667 | |
| 抗GLUT1抗体 | Abcam | ab115730 | |
| 抗LDHA抗体 | Abcam | ab76315 | |
| DAB显色试剂盒 | -- | -- | |
| scRNA-seq | 10X Genomics Chromium系统 | 10X Genomics | -- |
| Chromium单细胞3'文库和凝胶珠试剂盒v2 | 10X Genomics | -- | |
| Illumina HiSeq X10测序仪 | Illumina | -- | |
| ELISA | 小鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Elabscience Biotechnology | -- |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | -- | -- |
| DAPI | -- | -- | |
| 抗CD163抗体 | Santa Cruz | sc-20066 | |
| 抗LDHA抗体 | Abcam | ab47010 | |
| 流式细胞术 | 抗CD11b APC抗体 | eBioscience | 17-0112-82 |
| 抗F4/80 FITC抗体 | eBioscience | 11-4801-81 | |
| 抗CD206 PE抗体 | eBioscience | 12-2061-80 | |
| 细胞解离缓冲液 | Invitrogen | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 嘌呤霉素 | Beyotime | -- | |
| 增殖检测 | EdU掺入实验试剂盒 | Beyotime | -- |
| CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- | |
| 细胞周期 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| 迁移实验 | Boyden小室 | BD Biosciences | -- |
| 细胞因子芯片 | 人细胞因子抗体芯片试剂盒 | Ray Biotech | AAM-CYT-1-2 |
| 糖代谢检测 | G6PDH活性检测试剂盒 | Solarbio | BC0260 |
| 乳酸脱氢酶活性检测试剂盒 | Solarbio | BC0680 | |
| ECAR检测 | XF糖酵解压力测试试剂盒 | Seahorse Bioscience | -- |
| XF24细胞外通量分析仪 | Seahorse Bioscience | -- | |
| 动物实验 | 乌拉坦 | Sigma-Aldrich | -- |
| GW1929 | -- | -- | |
| 重组小鼠IL-6 | -- | -- | |
| 小鼠肺解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- | |
| gentleMACS组织解离器 | Miltenyi Biotec | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本数量(112例RT-qPCR,12例Western blot,100例IHC)、AQP3表达评分(H-score)和生存分析分组 阅读提示:查看Methods中的“Patient specimens”和“Hematoxylin and eosin (HE) and immunohistochemical (IHC) staining”以及图1图注 |
| 单细胞RNA测序 | 样本数(5例)、测序平台(10X Genomics Chromium)、数据过滤参数(UMI≥400,intronic reads≤40%)、细胞类型注释方法(Seurat, SingleR) 阅读提示:查看Methods中的“Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)” |
| 巨噬细胞极化 | 诱导条件(PMA 100 ng/mL、IFN-γ 20 ng/mL+LPS 100 ng/mL、IL-4 20 ng/mL+IL-13 20 ng/mL)、刺激时间(24h或48h)、细胞系(THP-1和RAW264.7) 阅读提示:查看Methods中的“Establishment of the M1- and M2-polarized macrophages model and TAMs model” |
| 共培养实验 | 共培养系统(Transwell, 0.4μm)、细胞接种密度(肿瘤细胞2×10^4/mL,巨噬细胞5×10^5/mL)、共培养时间 阅读提示:查看Methods中的“Establishment of the M1- and M2-polarized macrophages model and TAMs model”及图5图注 |
| 体内模型 | 小鼠品系和年龄(C57BL/6J,4-6周龄)、乌拉坦剂量(1000 mg/kg,每周两次,15周)、氯膦酸盐脂质体剂量(4 mg/只,每周一次,5周)、皮下移植瘤细胞数量(LLC 1×10^6 + 巨噬细胞 2×10^6) 阅读提示:查看Methods中的“Animal experiments”及图8图注 |