EVs的分离与表征
从PD患者流出液中分离EVs并验证其特性。
从PLF、SPD和LPD患者样本中通过超速离心分离EVs,并通过TEM、NTA和Western blot验证EVs的形态、大小和标志物表达。
Extracellular vesicle-packaged ILK from mesothelial cells promotes fibroblast activation in peritoneal fibrosis.
包含细胞实验、动物模型、EV蛋白质组学、单细胞RNA测序、临床样本分析等多层级证据,且进行了功能验证(GW4869、Rab27a敲低)和机制验证(ILK/p38 MAPK通路)。
人原代腹膜间皮细胞和成纤维细胞 间皮细胞系MeT5A和成纤维细胞系HFF-1 小鼠腹膜纤维化模型(C57BL/6小鼠,PD液诱导) PD患者样本(流出液、腹膜组织)
EV分离采用超速离心法,包括0.22 μm过滤和100,000 × g离心步骤。 间皮细胞用10 ng/mL TGF-β1处理24小时,条件培养基收集48小时。 动物模型:8周龄雄性C57BL/6小鼠,每日腹腔注射4.25% PD液(0.1 mL/g)持续6周。 EVs注射剂量:100 μg/只,每周3次,腹腔注射,从建模第2周开始。 AAV1介导的基因敲低:1×10^14 gv/Kg腹腔注射,在PD液处理前1周。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
从PD患者流出液中分离EVs并验证其特性。
从PLF、SPD和LPD患者样本中通过超速离心分离EVs,并通过TEM、NTA和Western blot验证EVs的形态、大小和标志物表达。
确定PD流出液EVs的细胞来源及长期PD对EV分泌的影响。
对PD流出液EVs进行4D label-free蛋白质组学分析,结合scRNA-seq数据,通过MuSiC反卷积和ssGSEA分析不同细胞类型对EVs的贡献。
验证间皮细胞来源的EVs对成纤维细胞活化的影响。
将TGF-β1预处理或未处理的间皮细胞与成纤维细胞在Transwell系统中共培养,或直接用分离的EVs处理成纤维细胞,检测成纤维细胞活化标志物(fibronectin, COL1A1, α-SMA)。
验证间皮EVs对PD液诱导的腹膜纤维化的促进作用。
建立PD液诱导的腹膜纤维化小鼠模型,注射对照EVs或TGF-β-EVs,通过组织学、免疫组化和Western blot评估纤维化程度。
验证抑制EVs分泌能否减轻腹膜纤维化。
通过AAV1介导的Rab27a敲低阻断EV分泌,检测腹膜纤维化程度和腹膜功能。
阐明介导EVs促进成纤维细胞活化的关键分子机制。
通过蛋白质组学筛选出ILK,验证其在EVs中的富集和传递,并通过过表达/敲低ILK及抑制剂OSU-T315研究其对成纤维细胞活化和p38 MAPK通路的影响。
评估ILK在腹膜纤维化患者中的表达及其与临床指标的相关性。
通过免疫组化检测纤维化腹膜中ILK表达,通过流式细胞术检测PD流出液中ILK+ EVs的比例,并与腹膜功能指标(D/P Cre)及TGF-β1水平进行相关性分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| EV分离 | 0.22 μm过滤器 | Merck Millipore | SLGP033RB |
| SW28 Ti转子 | Beckman Coulter | -- | |
| 细胞培养 | Earle's M199培养基 | Gibco | C11150500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270106 | |
| 青霉素和链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | ThermoFisher | 41400-045 | |
| DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT | |
| 70 μm细胞筛网 | Falcon | 352350 | |
| 抗UPK3B抗体 | Absci | AB35546 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Beyotime | P1045 | |
| BCA试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| PVDF膜 | Roche | 3010040001 | |
| HRP标记兔二抗 | Boster | BA1054 | |
| HRP标记鼠二抗 | Boster | BA1050 | |
| 增强化学发光底物 | Elabscience | E-BC-R3470 | |
| 抗CD9抗体 | CST | 13403S | |
| 抗CD63抗体 | Proteintech | 25682-1-AP | |
| 抗CD81抗体 | CST | 56039S | |
| 抗TSG101抗体 | Proteintech | 28283-1-AP | |
| 抗Calnexin抗体 | Proteintech | 10427-2-AP | |
| 抗纤连蛋白抗体 | Abcam | ab2413 | |
| 抗COL1A1抗体 | CST | 72026S | |
| 抗α-SMA抗体 | Sigma-Aldrich | A5228 | |
| 抗FAP抗体 | Abcam | ab207178 | |
| 抗PDGFRB抗体 | CST | 3169S | |
| 抗ILK抗体 | Abcam | ab76468 | |
| 抗β-actin抗体 | CST | 8457S | |
| 抗GAPDH抗体 | CST | 5174S | |
| 抗β-Tubulin抗体 | CST | 2146S | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR047A | |
| 罗氏LightCycler 480 | Roche | -- | |
| EV标记 | DiO染料 | Invitrogen | V-22886 |
| PKH26染料 | Sigma-Aldrich | MINI26 | |
| 免疫荧光 | 含DAPI的抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | P0131 |
| 抗细胞角蛋白7抗体 | Santa Cruz | sc-23876 | |
| 抗波形蛋白抗体 | CST | 5741S | |
| 抗兔Alexa Fluor 488 | CST | 4412S | |
| 抗鼠Alexa Fluor 488 | CST | 4408S | |
| 抗兔Alexa Fluor 555 | CST | 4413S | |
| 抗兔Alexa Fluor 594 | CST | 8889S | |
| 抗鼠Alexa Fluor 594 | CST | 8890S | |
| 动物实验 | AAV1病毒 | WZ biosciences | -- |
| 免疫组化 | 抗α-SMA抗体 | Servicebio | GB111364 |
| 流式细胞术 | 硫酸盐微球 | Invitrogen | A37304 |
| 固定/透化试剂 | eBioscience | 88-8824-00 | |
| ELISA | TGF-β1 ELISA试剂盒 | MEIMIAN | MM-0090H1 |
| 统计分析 | Prism 8 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| EV分离 | 超速离心条件:100,000 × g, 90 min,使用0.22 μm过滤器;样本来源和体积(400 mL)。 阅读提示:Methods: 2.3 EV isolation |
| 细胞培养与处理 | 间皮细胞用TGF-β1浓度(10 ng/mL)处理时间(24 h);EVs处理浓度(30 μg/mL);GW4869浓度(20 μM)。 阅读提示:Methods: 2.3, 2.10 |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6)、性别(雄性)、周龄(8周);PD液浓度(4.25%)、剂量(0.1 mL/g)、频率(每日)、持续时间(6周);EVs剂量(100 μg/次)、频率(每周3次)、给药途径(腹腔注射)。 阅读提示:Methods: 2.15, Figure legends 4a |
| EV分泌阻断 | AAV1-shRab27a使用剂量(1×10^14 gv/Kg),注射时间(PD液处理前1周)。 阅读提示:Methods: 2.15, Figure 5a |
| 机制验证 | ILK siRNA或过表达质粒转染间皮细胞的条件;OSU-T315抑制剂浓度。 阅读提示:Methods: 2.10, Results 3.6, Figure 6e |
| 临床样本分析 | 样本分组(PLF, SPD, LPD)及数量;ILK+ EVs流式检测的条件;相关性分析指标(D/P Cre, TGF-β1)。 阅读提示:Methods: 2.18, 2.19, Results 3.8 |