表达谱分析
鉴定脓毒症中FGFs表达变化及FGF13在肺部的细胞定位
对正常和LPS处理小鼠肺组织进行RNA-seq,并在人类样本中进行qRT-PCR验证;通过免疫荧光和Western blot检测FGF13表达和细胞类型。
FGF 13 functions as a regulator of the ERK/aerobic glycolysis axis in the inflammatory state during septic lung injury.
研究包含细胞模型(HPMECs、THP-1)和体内小鼠模型(LPS和CLP),并进行功能验证(敲低/过表达、抑制剂)和机制验证(Co-IP、质谱、GST pull-down)。
人肺微血管内皮细胞(HPMECs) THP-1细胞 内皮细胞特异性Fgf13敲除/过表达小鼠 巨噬细胞特异性Fgf13敲除/过表达小鼠
FGF13在脓毒症患者和小鼠肺内皮细胞和巨噬细胞中表达下调 FGF13作为TAK1/MEK/ERK信号轴支架蛋白,促进HIF-1α介导的有氧糖酵解 SCH772984抑制ERK信号逆转FGF13过表达引起的炎症加重 HIF-1α过表达消除Fgf13敲除对脓毒症肺损伤的保护作用 p53介导炎症状态下FGF13的下调
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定脓毒症中FGFs表达变化及FGF13在肺部的细胞定位
对正常和LPS处理小鼠肺组织进行RNA-seq,并在人类样本中进行qRT-PCR验证;通过免疫荧光和Western blot检测FGF13表达和细胞类型。
验证FGF13在LPS诱导的内皮细胞和巨噬细胞炎症激活中的作用
在HPMECs和THP-1细胞中敲低或过表达FGF13,检测粘附分子、炎症因子表达,单核细胞粘附,以及巨噬细胞条件培养基对内皮细胞凋亡和屏障的影响。
在LPS和CLP脓毒症模型中评估内皮/巨噬细胞特异性FGF13敲除或过表达对肺损伤的影响
生成Fgf13△Endo、CDH5-CreDIO-Fgf13、Fgf13△mye、LyzM-CreDIO-Fgf13小鼠,建立LPS和CLP模型,检测生存率、BALF蛋白/细胞数、肺水肿、出血、组织学、炎症细胞浸润、炎症因子水平。
检测FGF13对炎症状态下内皮细胞和巨噬细胞有氧糖酵解的影响
使用Seahorse分析ECAR,检测葡萄糖摄取、乳酸产生,并通过PFK15抑制糖酵解验证对炎症的影响。
阐明FGF13调节有氧糖酵解的分子机制
通过质谱鉴定FGF13相互作用蛋白MAPK1,Co-IP、免疫荧光、GST pull-down验证FGF13与TAK1/MEK/ERK相互作用,检测ERK/HIF-1α信号通路和HIF-1α表达。
验证HIF-1α和ERK信号在FGF13加重脓毒症肺损伤中的作用
在Fgf13敲除小鼠中通过AAV过表达HIF-1α,观察是否逆转保护作用;使用ERK抑制剂SCH772984处理FGF13过表达小鼠,观察肺损伤指标的改善。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 人肺微血管内皮细胞 | ScienCell Research Laboratories | 3000 |
| THP-1细胞 | Procell | CL-0233 | |
| HEK293T细胞 | Procell | CL-0005 | |
| 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Selleck | S7791 | |
| 细胞刺激 | 脂多糖 | Sigma Aldrich | L6386 |
| 信号通路抑制 | PFK15 | Selleck | S7289 |
| SCH772984 | Selleck | S7101 | |
| 葡萄糖摄取检测 | 2-NBDG | GLPBIO | GC10289 |
| ELISA | 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Proteintech | KE10003 |
| 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Proteintech | KE10002 | |
| 小鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Proteintech | KE10007 | |
| 乳酸检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A019-2-1 | |
| 细胞代谢分析 | XF96细胞外通量分析仪 | Seahorse Bioscience | -- |
| 葡萄糖和乳酸检测 | 葡萄糖和L-乳酸检测试剂盒 | Cayman | -- |
| GST pull-down | HA标签蛋白纯化试剂盒 | Beyotime | P9808 |
| GST琼脂糖珠 | Beyotime | P2138 | |
| 免疫印迹 | HRP标记的山羊抗小鼠二抗 | Abcam | ab205719 |
| HRP标记的山羊抗兔二抗 | Abcam | ab205718 | |
| 化学发光HRP底物 | Millipore | WBKLS0500 | |
| ImageQuant 800成像系统 | Amersham | -- | |
| ImageQuant 5.2软件 | Molecular Dynamics | -- | |
| 抗FGF13抗体 | Thermofisher | MA5-27705 | |
| 抗ICAM-1抗体 | Affinity Biosciences | AF6088 | |
| 抗VCAM-1抗体 | HUABIO | ET1601-18 | |
| 抗iNOS抗体 | Cell Signaling Technology | 13120 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Cell Signaling Technology | 3498 | |
| 抗Bax抗体 | Cell Signaling Technology | 14796 | |
| 抗cleaved-caspase 3抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| 抗HIF-1α抗体 | Affinity Biosciences | BF8002 | |
| 抗磷酸化MEK1/2抗体 | HUABIO | ET1609-50 | |
| 抗MEK1/2抗体 | HUABIO | ET1602-3 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗Flag抗体 | HUABIO | HA601080 | |
| 抗HA抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 抗GST抗体 | Cell Signaling Technology | 2622 | |
| 抗磷酸化TAK1抗体 | Affinity Biosciences | AF4379 | |
| 抗p53抗体 | Cell Signaling Technology | 2524 | |
| 抗TAK1抗体 | Affinity Biosciences | AF7616 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| 免疫共沉淀 | 固定化抗体磁珠 | Millipore | LSKMAGAG10 |
| 抗TAK1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-7967 | |
| 抗MEK1/2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-81504 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗MEK1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6250 | |
| 免疫荧光 | 抗AQP5抗体 | Proteintech | 20334-1-AP |
| 抗SPC-Ⅱ抗体 | Proteintech | 10774-1-AP | |
| 抗CD34抗体 | HUABIO | ET1606-11 | |
| 抗MPO抗体 | Abcam | ab208670 | |
| 抗F4/80抗体 | Cell Signaling Technology | 30325 | |
| 抗CD86抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-28347 | |
| 抗VE-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab33168 | |
| 山羊抗兔IgG H&L | Abcam | ab150077 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L | Abcam | ab150113 | |
| 山羊抗兔IgG H&L | Abcam | ab150083 | |
| 山羊抗小鼠IgG H&L | Abcam | ab150115 | |
| DAPI | -- | -- | |
| BALF蛋白浓度 | Pierce BCA蛋白测定试剂 | Thermo Fisher Scientific | 23228 |
| 动物模型构建 | AAV-lung-CMV-DIO-Fgf13-P2A-EGFP-tWPA | OBIO technology | -- |
| AAV-lung-CMV-DIO-hif-1α-P2A-EGFP-tWPA | OBIO technology | -- | |
| AAV-lung-CMV-DIO-EGFP-tWPA | OBIO technology | -- | |
| 动物模型 | LyzM-Cre小鼠 | Jackson Laboratories | 004781 |
| 质粒构建 | 脂质体2000 | Invitrogen | 11668-019 |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 51985034 | |
| RNA干扰 | Si-p53 | Santa Cruz Biotechnology | sc-29435 |
| RNA-seq | Trizol试剂盒 | Invitrogen | 12183555 |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| NEBNext Ultra RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | E7530 | |
| AMPure XP磁珠 | -- | -- | |
| qRT-PCR | TRI试剂 | Sigma | T9424 |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Bio-Rad | 1708890 | |
| 质谱分析 | 碧云天快速银染试剂盒 | Beyotime | P0017S |
| 蛋白A/G琼脂糖珠 | Meck | LSKMAGAG10 | |
| LTQ Velos Pro质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞成像 | ZEISS LSM 980 Airyscan2共聚焦显微镜 | ZEISS | -- |
| Leica TCS SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 组织学成像 | Motic显微镜 | Motic | PA53 BIO |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和刺激 | HPMECs、THP-1细胞来源和培养条件;LPS浓度和刺激时间;PMA诱导浓度和时间;腺病毒转染条件 阅读提示:见Methods章节'Cell culture' |
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;CLP手术细节(结扎百分比、穿刺针大小);LPS剂量和给药方式;模型持续时间 阅读提示:见Methods章节'Sepsis model'和'Mice cohorts and treatment' |
| 体内基因操作 | AAV病毒载体类型、注射剂量、注射途径;Cre小鼠品系;敲除和过表达验证方法 阅读提示:见Methods章节'Mice cohorts and treatment'及结果部分 |
| 信号通路抑制剂处理 | SCH772984和PFK15的浓度、处理时间和给药方式(体外和体内) 阅读提示:见Methods章节'Cell culture'和'Sepsis model' |
| 代谢检测 | Seahorse分析的具体参数(细胞数、培养基、底物浓度);2-NBDG浓度和孵育时间;葡萄糖和乳酸检测方法 阅读提示:见Methods章节'Extracellular metabolic flux analysis'和'Glucose Influx and Lactate Efflux Kinetics' |
| 机制研究 | Co-IP使用的抗体和珠子;质谱分析的具体参数;GST pull-down实验条件 阅读提示:见Methods章节'Immunoprecipitation'、'Mass spectrometry analysis'和'GST-Pull-down assay' |