转录组数据分析
识别OA中关键细胞类型和信号通路
整合GEO数据库的scRNA-seq和bulk RNA-seq数据,分析巨噬细胞亚群和IL-6/JAK/STAT通路。
Photobiomodulation mitigates chondrocyte catabolism in osteoarthritis by modulating macrophage M1 polarization through the IL-6/JAK/STAT pathway.
包含转录组数据分析、体外细胞共培养、功能验证(siRNA、JAK抑制剂)及体内动物模型验证,证据层级丰富。
ATDC5软骨形成细胞 RAW264.7巨噬细胞 DMM诱导的OA小鼠模型
ATDC5细胞分化14天,FBS浓度从10%降至5% LPS 100 ng/mL和IFN-γ 30 ng/mL诱导RAW264.7细胞M1极化24小时 DMM手术小鼠分为6组,每组10只,PBM干预频率为每周6次持续4周 氯膦酸脂质体(5 mg/mL)关节腔注射,6 µL/次,每周1次持续4周 PBM参数:体外能量密度2.52 J/cm²,体内75 J/cm²
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别OA中关键细胞类型和信号通路
整合GEO数据库的scRNA-seq和bulk RNA-seq数据,分析巨噬细胞亚群和IL-6/JAK/STAT通路。
验证PBM对软骨细胞和巨噬细胞极化的影响
ATDC5细胞分化14天,RAW264.7细胞经LPS和IFN-γ诱导M1极化,共培养24小时
验证PBM和巨噬细胞耗竭对OA进展的影响
DMM手术诱导OA小鼠模型,分组进行PBM照射和/或氯膦酸脂质体注射,评估组织学和行为学指标
确认IL-6/JAK/STAT通路在PBM作用中的角色
通过siRNA敲低IL-6、JAK抑制剂处理,检测相关蛋白和基因表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Procell | -- | |
| DMEM培养基 | Procell | -- | |
| 共培养 | Transwell系统 | Corning | -- |
| 动物模型 | 对照脂质体 | Yeasen | 40338ES08 |
| 光生物调节干预 | 808纳米激光器 | Blueprint | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Epizyme | -- |
| BCA蛋白测定试剂盒 | Epizyme | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗IL-6抗体 | Cell Signaling Technology | 12153 | |
| 抗JAK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3344 | |
| 抗JAK2抗体 | Cell Signaling Technology | 3230 | |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| 抗MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP | |
| 抗ADAMTS5抗体 | Affinity Biosciences | DF13268 | |
| 抗COL2A1抗体 | Abcam | ab307674 | |
| 抗ACAN抗体 | Affinity Biosciences | DF7561 | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-IG | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Abbkine | A21020 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Abbkine | A21010 | |
| Amersham Imager 600成像系统 | General Electric | -- | |
| 组织处理 | EDTA脱钙液 | Servicebio | -- |
| 免疫组化/免疫荧光 | 正常山羊血清 | Servicebio | -- |
| 免疫组化 | 抗MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP |
| 抗ADAMTS5抗体 | Affinity Biosciences | DF13268 | |
| 抗IL-6抗体 | Cell Signaling Technology | 12153 | |
| 抗JAK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3344 | |
| 抗JAK2抗体 | Cell Signaling Technology | 3230 | |
| 抗STAT3抗体 | Proteintech | 10253-2-AP | |
| 山羊抗兔IgG聚合物 | ZSGB-BIO | PV-6000 | |
| DAB过氧化物酶底物试剂盒 | ZSGB-BIO | -- | |
| 免疫荧光 | 抗F4/80抗体 | Bosterbio | A08751 |
| 抗CD86抗体 | Bosterbio | A00220-4 | |
| TSA试剂盒 | AiFang Biological | AFIHC023 | |
| 抗CD206抗体 | Bosterbio | A02285-2 | |
| 含DAPI的抗淬灭封片剂 | Solarbio | -- | |
| 尼康Eclipse Ci-L显微镜 | Nikon | -- | |
| siRNA转染 | riboFECT CP转染试剂 | Ribobio | -- |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Ruixin biotect | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Abbkine | -- |
| micro-CT | 显微CT系统 | Pingsheng Health Care | VNC-102 |
| Recon软件 | Pingsheng Health Care | -- | |
| Avatar软件 | Pingsheng Health Care | -- | |
| 组织学 | HE染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| 番红O-固绿染色试剂盒 | Solarbio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 转录组数据分析 | GEO数据集的选择标准 阅读提示:Methods: Analysis of datasets from the GEO database |
| 细胞分化与处理 | ATDC5分化时间14天,FBS浓度5%,ITS-G浓度1%;RAW264.7细胞M1极化诱导条件LPS 100 ng/mL和IFN-γ 30 ng/mL共24小时 阅读提示:Methods: Cell lines and cell culture; Cell treatment |
| PBM干预参数 | 体外:808 nm激光,功率27 mW,光斑面积4.5 cm²,能量密度2.52 J/cm²,照射7分钟;体内:功率50 mW,光斑0.2 cm²,能量密度75 J/cm²,每点5分钟,每周6次持续4周 阅读提示:Methods: Photobiomodulation intervention |
| 动物分组与给药 | DMM手术,雄性C57BL/6小鼠10-12周龄,随机分组每组10只,氯膦酸脂质体5 mg/mL,6 µL关节腔注射每周1次持续4周 阅读提示:Methods: Animal models; Table 1 |
| 统计分析 | 样本量:每组n=3-10不等,统计方法:Student's t检验,one-way ANOVA后Tukey检验,P<0.05显著 阅读提示:Methods: Statistical analysis |