RASGRF1在THCA中的表达分析
验证RASGRF1在人THCA肿瘤组织和细胞系中的表达水平。
通过生物信息学分析(GSE87410、GSE201365、TIMER、GEPIA、TCGA)和临床样本(qPCR、免疫印迹)以及细胞系(BCPAP、IHH4、TPC1、K1、Nthy-ori3-1)检测RASGRF1表达。
FTO-mediated the destabilization of RASGRF1 mRNA impedes thyroid cancer progression and suppresses macrophage M2 polarization.
包含体外细胞功能实验(增殖、凋亡、迁移、侵袭、铁死亡)、体内异种移植瘤模型、巨噬细胞共培养实验及FTO机制验证(RIP、MeRIP、mRNA稳定性),多个独立证据层级。
人甲状腺癌细胞系K1和TPC1 THP-1分化的巨噬细胞(THP-1-M0) BALB/c裸鼠皮下TPC1异种移植瘤模型 人甲状腺癌组织样本
RASGRF1在THCA肿瘤组织及细胞系中的表达上调 sh-RASGRF1敲低后细胞增殖、迁移、侵袭受抑,凋亡和铁死亡增加 FTO过表达降低RASGRF1 mRNA稳定性,机制涉及m6A修饰和IGF2BP2 体内异种移植瘤模型中,sh-RASGRF1抑制肿瘤生长
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证RASGRF1在人THCA肿瘤组织和细胞系中的表达水平。
通过生物信息学分析(GSE87410、GSE201365、TIMER、GEPIA、TCGA)和临床样本(qPCR、免疫印迹)以及细胞系(BCPAP、IHH4、TPC1、K1、Nthy-ori3-1)检测RASGRF1表达。
评估RASGRF1敲低对THCA细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭及铁死亡的影响。
使用sh-RASGRF1转染K1和TPC1细胞,进行集落形成、EdU、流式凋亡、Transwell迁移/侵袭实验,以及检测ROS、MDA、GSH、Fe2+含量和铁死亡相关蛋白表达。
验证RASGRF1敲低在体内对THCA肿瘤生长的影响。
将sh-RASGRF1或sh-Ctrl感染的TPC1细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,监测肿瘤生长,30天后取瘤称重并进行IHC检测。
探究RASGRF1是否影响THP-1分化巨噬细胞的M2极化和迁移能力。
收集sh-RASGRF1或sh-Ctrl转染的THCA细胞条件培养基,处理THP-1-M0细胞,检测M2/M1标志物表达、CD206+巨噬细胞比例及迁移能力。
阐明FTO是否通过m6A修饰调控RASGRF1 mRNA稳定性。
在K1和TPC1细胞中过表达FTO,通过免疫印迹检测RASGRF1蛋白水平,通过MeRIP和RIP实验检测m6A修饰和FTO结合,通过放线菌素D实验检测mRNA稳定性,并验证IGF2BP2介导作用。
验证FTO通过抑制RASGRF1发挥抗THCA作用及抑制巨噬细胞M2极化。
在FTO过表达的细胞中恢复RASGRF1表达,检测细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭、铁死亡相关指标,并收集CM处理巨噬细胞检测M2/M1标志物和迁移。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Beyotime | -- |
| DMEM培养基 | Beyotime | -- | |
| F12K培养基 | Lonza | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 胎牛血清 | Bovogen Biologicals | -- | |
| β-巯基乙醇 | Solarbio | -- | |
| 嘌呤霉素 | Solarbio | -- | |
| 转染 | FuGene转染试剂 | Promega | -- |
| 细胞增殖检测 | Yefluor 488 EdU成像试剂盒 | Yeasen | -- |
| 铁死亡检测 | MDA检测试剂盒 | Spbio | -- |
| GSH检测试剂盒 | Spbio | -- | |
| DCFH-DA探针ROS检测试剂盒 | Elabscience | -- | |
| 亚铁离子比色检测试剂盒 | Elabscience | -- | |
| 巨噬细胞分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Selleck | -- |
| 凋亡检测 | 双染凋亡试剂盒 | Vazyme Biotech | -- |
| 流式分析 | FITC标记的CD11b抗体 | Proteintech | FITC-65055 |
| FITC标记的CD206抗体 | Proteintech | FITC-65155 | |
| 7-AAD | Biolegend | -- | |
| 侵袭迁移检测 | 基质胶 | MCE | -- |
| RNA提取 | RNA/蛋白共提取试剂盒 | Beyotime | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒 | TaKaRa | -- |
| SYBR Green预混液 | TaKaRa | -- | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 免疫印迹 | Bis-Tris凝胶 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PVDF膜 | Servicebio | -- | |
| EZ-ECL试剂盒 | Biological Industries | -- | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 细胞培养板 | 6孔细胞培养板 | Corning Costar | -- |
| Transwell | 24孔Transwell小室 | Corning Costar | -- |
| 显微镜 | Axiovert 200 M倒置显微镜 | Zeiss | -- |
| 流式细胞仪 | LSRII流式细胞仪 | BD Bioscience | -- |
| RIP/MeRIP | BeyoRIP™ RIP检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| m6A抗体 | Proteintech | 68055-1-Ig | |
| FTO抗体 | Proteintech | 27226-1-AP | |
| IGF2BP2抗体 | Proteintech | 11601-1-AP | |
| 同型IgG对照抗体 | Proteintech | 30000-0-AP | |
| 免疫印迹 | RASGRF1抗体 | Proteintech | 12958-1-AP |
| PCNA抗体 | Proteintech | 10205-2-AP | |
| MMP2抗体 | Proteintech | 10373-2-AP | |
| BAX抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| GPX4抗体 | Proteintech | 67763-1-Ig | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| IHC | Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基类型、血清和抗生素浓度、THP-1培养需添加β-巯基乙醇 阅读提示:Materials and methods 中 'Cell type and culture conditions' 节 |
| 基因敲低和过表达 | sh-RASGRF1、oe-FTO、oe-RASGRF1载体构建和转染试剂(FuGene)、转染效率验证方法 阅读提示:Materials and methods 中 'ShRNAs, plasmids, and lentivirus constructs' 和 'Transient transfection and stable transduction' 节 |
| 体外功能实验 | 集落形成实验细胞种板数、EdU检测时间点、凋亡染色方法、Transwell细胞数和孵育时间、铁死亡指标检测试剂盒 阅读提示:Materials and methods 中 'Evaluation of colony formation ability and proliferation'、'Detection of ROS, MDA, GSH and Fe2+ contents'、'Transwell assays for cell migration and invasion' 和 'Flow cytometry' 节 |
| 体内实验 | 小鼠品系、周龄、性别、注射细胞数量、分组、肿瘤体积测量频率、IHC抗体及稀释度 阅读提示:Materials and methods 中 'Animal xenograft experiments and immunohistochemistry (IHC)' 节 |
| 巨噬细胞实验 | THP-1分化条件(PMA浓度和时长)、CM制备和稀释比例、孵育时间、M2/M1标志物检测 阅读提示:Materials and methods 中 'Incubation of the conditioned medium (CM)' 和 'Flow cytometry' 节 |
| 机制研究 | MeRIP和RIP实验所用抗体、mRNA稳定性实验中放线菌素D浓度和时间点、IGF2BP2敲低实验条件 阅读提示:Materials and methods 中 'RNA immunoprecipitation (RIP) and MeRIP assays' 和 'Analysis of RASGRF1 mRNA stability' 节 |