生物信息学筛选与表达验证
筛选LUAD中与预后相关的候选基因,并验证DYNLL1在LUAD细胞中的异常表达。
利用GEPIA和UALCAN数据库获取差异表达和预后相关基因,取交集得到14个共同基因,并通过PPI网络突出DYNLL1等核心基因。随后在BEAS-2B、A549、NCI-H1395和NCI-H441细胞中通过qPCR和Western blot检测DYNLL1表达。
The TEAD4-DYNLL1 axis accelerates cell cycle progression and augments malignant properties of lung adenocarcinoma cells.
包含体外细胞功能实验(增殖、迁移、凋亡、周期)、机制验证(ChIP、荧光素酶报告)、回复实验及体内动物模型等多个独立证据层级。
人肺腺癌细胞系NCI-H1395、NCI-H441 人正常支气管上皮细胞BEAS-2B 小鼠肺腺癌细胞LA795异种移植瘤模型 BALB/c裸鼠
DYNLL1过表达与患者预后的相关性(UALCAN、GEPIA数据库) DYNLL1沉默后细胞增殖、迁移、凋亡、周期阻滞及β-catenin水平的变化 TEAD4对DYNLL1启动子的直接结合(ChIP-qPCR)及转录激活(荧光素酶报告) 体内实验中TEAD4敲低与DYNLL1过表达对肿瘤生长的影响(每组6只小鼠)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选LUAD中与预后相关的候选基因,并验证DYNLL1在LUAD细胞中的异常表达。
利用GEPIA和UALCAN数据库获取差异表达和预后相关基因,取交集得到14个共同基因,并通过PPI网络突出DYNLL1等核心基因。随后在BEAS-2B、A549、NCI-H1395和NCI-H441细胞中通过qPCR和Western blot检测DYNLL1表达。
验证DYNLL1对LUAD细胞恶性表型的影响。
在NCI-H1395和NCI-H441细胞中通过慢病毒载体敲低DYNLL1,进行克隆形成、伤口愈合、Transwell、流式细胞术(凋亡和周期)、免疫荧光(Ki67)和Western blot等检测。
验证DYNLL1的效应是否通过Wnt/β-catenin通路介导。
在DYNLL1敲低的细胞中给予Wnt/β-catenin激动剂KY19382处理,检测增殖、凋亡、周期、衰老和相关蛋白表达的变化。
验证TEAD4是否是DYNLL1的转录调控因子。
通过生物信息学预测并验证TEAD4与DYNLL1的关联,在LUAD细胞中敲低TEAD4,检测DYNLL1表达变化,并通过ChIP-qPCR和双荧光素酶报告实验验证TEAD4直接结合DYNLL1启动子并激活转录。
验证TEAD4敲低对LUAD细胞恶性表型的抑制作用是否由DYNLL1介导。
在TEAD4敲低的细胞中同时过表达DYNLL1,检测增殖、凋亡、周期、衰老和蛋白表达的变化。
验证TEAD4和DYNLL1对LUAD细胞体内肿瘤形成的影响。
将稳定转染KD-TEAD4和OE-DYNLL1的小鼠LUAD细胞LA795皮下植入BALB/c裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并通过WB、IHC和TUNEL检测相关蛋白和凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM-H培养基 | BeNa | BNCC364169 |
| Ham's F-12K培养基 | -- | -- | |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 抗生素 | -- | -- | |
| 细胞转染和药物处理 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 药物处理 | KY19382 | MCE | HY-131447 |
| RNA提取和定量 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596018CN |
| ABScript Neo RT Master Mix | ABclonal | RK20432 | |
| Genious 2X SYBR Green Fast qPCR Mix | Abclonal | RK21204 | |
| ABI QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | A28569 | |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | -- | -- |
| 光学显微镜(X43) | Olympus | X43 | |
| 凋亡和细胞周期分析 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | MCE | HY-K1073 |
| FACS Canto流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| SA-β-Gal染色 | β-半乳糖苷酶固定液 | Solarbio | G1580 |
| 免疫荧光染色 | Triton X-100 | -- | -- |
| 山羊血清 | -- | -- | |
| Ki67一抗 | GeneTex | GTX20833 | |
| 山羊抗兔IgG H&L (Alexa Fluor® 647) | Abcam | ab150079 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 荧光显微镜(Leica DMi8) | Leica Microsystems | DMi8 | |
| Image J软件 | NIH | version 1.53 | |
| ChIP-qPCR | 甲醛 | -- | -- |
| Bioruptor超声破碎仪 | Diagenode | -- | |
| TEAD4抗体 | Abcam | ab308621 | |
| 兔IgG | Abcam | ab172730 | |
| Dynabeads Protein A磁珠 | Thermo Fisher | -- | |
| 蛋白酶K | Roche | -- | |
| QIAquick PCR纯化试剂盒 | Qiagen | -- | |
| 荧光素酶报告实验 | pGL3-basic载体 | Promega | E1751 |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | L3000150 | |
| 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | E1910 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Anburui Biotechnology | -- |
| 免疫组织化学 | 二甲苯 | -- | -- |
| 乙醇 | -- | -- | |
| 过氧化氢 | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio | A8010 | |
| Ki67抗体 | GeneTex | GTX20833 | |
| PCNA抗体 | GeneTex | GTX100539 | |
| Cyclin D1抗体 | Abcam | ab16663 | |
| P21抗体 | Thermo Fisher | MA5-31479 | |
| HRP标记山羊抗小鼠二抗 | Thermo Fisher | G-21040 | |
| HRP标记山羊抗兔二抗 | Thermo Fisher | G-21234 | |
| DAB显色液 | Solarbio | DA1010 | |
| TUNEL检测 | Biotin TUNEL凋亡检测试剂盒 | Solarbio | T2191 |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | 89901 |
| DYNLL1抗体 | Abcam | ab51603 | |
| Cyclin D1抗体 | Abcam | ab16663 | |
| P21抗体 | Thermo Fisher | MA5-31479 | |
| β-catenin抗体 | Abclonal | A11512 | |
| TEAD4抗体 | Proteintech | 12418-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 统计分析 | Prism 10.0软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养基:BEAS-2B(DMEM-H)、A549(Ham's F-12K)、NCI-H1395、NCI-H441和LA795(RPMI-1640),均含10% FBS和1%抗生素,37°C、5% CO2。 阅读提示:Methods: Cells |
| 慢病毒转染与筛选 | 慢病毒载体(KD-DYNLL1、KD-TEAD4、OE-DYNLL1)感染时间:24小时;嘌呤霉素浓度:10 μg/mL;筛选时间:1周。 阅读提示:Methods: Cell transfection and treatment |
| 药物处理 | KY19382浓度:1 μM,处理时间:24小时。 阅读提示:Methods: Cell transfection and treatment |
| 动物实验 | 小鼠品系、性别、年龄、体重;细胞接种数量(5×10^6);分组(KD-NC、KD-TEAD4、KD-TEAD4+OE-NC、KD-TEAD4+OE-DYNLL1);每组6只;观察时间35天;肿瘤体积计算公式。 阅读提示:Methods: Animal models and Figure 6 legend |
| 统计学 | 统计方法:one-way或two-way ANOVA,Tukey多重比较;数据至少三次独立重复,表示为mean±SEM;p<0.05为显著。 阅读提示:Methods: Statistical analysis |