分析神经酰胺合成酶在巨噬细胞中的表达
探究CS暴露对肺巨噬细胞中神经酰胺从头合成途径酶表达的影响。
分析了人肺组织scRNA-seq数据集(GSE171541等)和AMs批量RNA-seq数据集,在人类肺切片、CS暴露小鼠AMs和CSE处理巨噬细胞中验证了SPTLC1、SPTLC2、CERS2、CERS5的表达变化。
Extracellular vesicular delivery of ceramides from pulmonary macrophages to endothelial cells facilitates chronic obstructive pulmonary disease.
包含体外细胞共培养、脂质组学、EVs表征与功能实验、体内CS暴露小鼠模型及人肺组织样本等多个独立证据层级,并进行功能与机制验证。
THP-1来源巨噬细胞(TP细胞)与HUVECs/HULEC-5a共培养体系 MH-S细胞与bEnd.3细胞共培养体系 香烟烟雾暴露的C57BL/6小鼠模型 人肺组织及COPD患者队列
CSE处理巨噬细胞(THP-1和MH-S)的浓度及时间 siRNA沉默SPTLC1、SPTLC2、CERS2、CERS5的效率 EVs分离与表征方法(超速离心、NTA、TEM) 小鼠CS暴露方案(TPM 500 mg/m3,CO 300 ppm,1小时/次,2次/天,7天/周,6个月) EVs气管内注射剂量(1×10^9 EVs/g)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究CS暴露对肺巨噬细胞中神经酰胺从头合成途径酶表达的影响。
分析了人肺组织scRNA-seq数据集(GSE171541等)和AMs批量RNA-seq数据集,在人类肺切片、CS暴露小鼠AMs和CSE处理巨噬细胞中验证了SPTLC1、SPTLC2、CERS2、CERS5的表达变化。
确定CS诱导的酶上调是否增加巨噬细胞中神经酰胺的产生。
通过脂质组学分析CSE处理的TP和MH-S细胞中神经酰胺种类和含量,并使用siRNA沉默SPTLC1、SPTLC2、CERS2、CERS5以验证其对神经酰胺合成的必要性。
探究巨噬细胞来源的神经酰胺是否能传递至ECs并影响GJA1(Cx43)表达。
使用体外共培养系统(巨噬细胞与ECs)检测CSE处理的巨噬细胞对ECs中GJA1表达的影响,并通过直接施加C16/C24神经酰胺和沉默巨噬细胞合成酶来确认神经酰胺的作用。
确定巨噬细胞来源的神经酰胺是否损害内皮屏障功能(通透性和迁移)。
通过FITC-dextran通透性实验和Transwell迁移实验评估共培养和直接处理条件下ECs的功能变化,并通过沉默巨噬细胞合成酶和ECs中GJA1来验证机制。
确定EVs是否介导神经酰胺从巨噬细胞转移至ECs。
分离和表征CSE处理巨噬细胞来源的EVs,通过脂质组学分析其神经酰胺含量,通过PKH26标记追踪EVs被ECs摄取,并评估EVs对ECs中GJA1表达和功能的影响。
确定巨噬细胞来源的富含神经酰胺的EVs在体内是否加剧COPD。
将CSE处理的MH-S细胞来源的EVs经气管内注射至CS暴露的小鼠,评估其对肺组织病理、内皮屏障、GJA1表达、炎症和氧化应激的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | ThermoFisher, Gibco | 11875093 |
| DMEM培养基 | ThermoFisher, Gibco | 11965092 | |
| 胎牛血清 | ThermoFisher, Gibco | 10100147 C | |
| MCDB131培养基 | ThermoFisher, Gibco | 10372019 | |
| 表皮生长因子 | ThermoFisher, Gibco | AF-100-15 | |
| 氢化可的松 | MedChemExpress | HY-N0583 | |
| 谷氨酰胺 | ThermoFisher, Gibco | A2916801 | |
| 佛波醇12-豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma Aldrich | P8139 | |
| 药物处理 | C16神经酰胺 | Sigma Aldrich | 860516P |
| C24神经酰胺 | Sigma Aldrich | 860524P | |
| EVs分离 | Transwell插入式培养皿(0.4 μm孔径) | Merck&Millipore | PCHT24H48 |
| 细胞迁移 | Transwell插入式培养皿(8 μm孔径) | Merck&Millipore | PCEP24H48 |
| 分子生物学 | Trizol试剂 | ThermoFisher, Invitrogen | 15596018CN |
| HiScript II Q RT SuperMix 用于qPCR | Vazyme | R222-01 | |
| ChamQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711-03 | |
| Western blot | 小鼠抗SPTLC1单克隆抗体 | Proteintech | 66899-1-Ig |
| 兔抗SPTLC2多克隆抗体 | Proteintech | 51012-2-AP | |
| 小鼠抗CERS2单克隆抗体 | Novus Biologicals | H00029956-M01A | |
| 兔抗CERS5多克隆抗体 | Novus Biologicals | NBP1-76964 | |
| 兔抗GJA1多克隆抗体 | Proteintech | 26980-1-AP | |
| 兔抗Calnexin多克隆抗体 | Proteintech | 10427-2-AP | |
| 兔抗CD9多克隆抗体 | Proteintech | 20597-1-AP | |
| 兔抗CD81多克隆抗体 | Proteintech | 27855-1-AP | |
| 兔抗GAPDH多克隆抗体 | Biogot | AP0063 | |
| 小鼠抗α-微管蛋白单克隆抗体 | Sigma Aldrich | T5168 | |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX试剂 | ThermoFisher, Invitrogen | 13778150 |
| 免疫荧光 | 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Sigma Aldrich | D9542 |
| FITC-鬼笔环肽 | YEASEN | 40735ES75 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)二抗,Cy3 | Jackson ImmunoResearch | 115-165-003 | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)二抗,Cy3 | Jackson ImmunoResearch | 111-165-003 | |
| 山羊抗小鼠IgG(H+L)二抗,FITC | Jackson ImmunoResearch | 115-095-003 | |
| 山羊抗兔IgG(H+L)二抗,FITC | Jackson ImmunoResearch | 111-095-003 | |
| 小鼠抗CD68抗体 | Abcam | ab955 | |
| 兔抗SPT抗体 | Abcam | ab307432 | |
| 兔抗CerS2抗体 | Abcam | ab315452 | |
| 兔抗CerS5抗体 | ThermoFisher, Invitrogen | PA5-98731 | |
| 兔抗GJA1抗体 | Abcam | ab230537 | |
| 小鼠抗CD31抗体 | Novus Biologicals | NB600-562 | |
| 组织病理学 | Masson三色染色试剂盒 | -- | -- |
| 凋亡检测 | TUNEL BrightGreen凋亡检测试剂盒 | Vazyme | A112 |
| 通透性检测 | 伊文思蓝 | YEASEN | 60528ES08 |
| FITC-葡聚糖 | Sigma Aldrich | -- | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | MULTISCIENCES | EK282 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | MULTISCIENCES | EK206 | |
| MMP9 ELISA试剂盒 | MULTISCIENCES | EK2M09 | |
| SOD ELISA试剂盒 | Jingmei Biotech Co. Ltd. | JM-02672M1 | |
| EVs标记 | PKH26荧光细胞连接剂 | Sigma Aldrich | MINI26 |
| 细胞培养 | HEPES | Sigma Aldrich | H4034 |
| β-巯基乙醇 | Sigma Aldrich | M3148 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma Aldrich | A1933 | |
| Triton X-100 | Sigma Aldrich | V900502 | |
| 细胞迁移 | 结晶紫 | Beyotime | C0121 |
| EVs表征 | ZetaView PMX 110纳米颗粒追踪分析仪 | Particle Metrix | -- |
| FEI Tecnai G2透射电子显微镜 | FEI | -- | |
| 细胞成像 | OLYMPUS BX63荧光显微镜 | OLYMPUS | -- |
| Zeiss LSM 710共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 组织病理学 | Leica ScanScope CS2扫描仪 | Leica Microsystems | -- |
| 流式分析 | Beckman Coulter Gallios流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 荧光检测 | Synergy 2多功能微孔板检测仪 | BioTek | -- |
| qPCR | Step One Plus实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| 脂质组学 | Vanquish超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Kinetex C18色谱柱 | Phenomenex | -- | |
| 动物实验 | CSM-100 C吸入暴露装置 | TOW-int tech | -- |
| Microdust Pro实时粉尘监测仪 | Casella | -- | |
| 阿佛丁(三溴乙醇) | Sigma Aldrich | T48402 | |
| 26G注射针头 | BD | -- | |
| EVs分离 | 0.22 μm过滤器 | Merck&Millipore | SLGP033R |
| 细胞培养 | 大鼠抗F4/80抗体 | Abcam | ab6640 |
| 抗大鼠IgG抗体 | Abcam | ab37361 | |
| 抗大鼠IgG Alexa Fluor 488 | Abcam | ab150165 | |
| 通透性检测 | 甲酰胺 | LEAGENE | BZ1210 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠CS暴露模型 | CS暴露方案:TPM 500 mg/m3,CO 300 ppm,1小时/次,2次/天,7天/周,持续6个月;小鼠品系、性别、周龄(C57BL/6J,雄性,8周龄) 阅读提示:Methods: Mice and CS exposure |
| 细胞培养和处理 | 细胞系:THP-1、HUVECs、HULEC-5a、MH-S、bEnd.3;培养基及添加剂;CSE制备和稀释浓度;PMA浓度和时间(100 ng/ml,48h) 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment; Preparation of CSE |
| siRNA转染沉默 | siRNA序列(针对SPTLC1、SPTLC2、CERS2、CERS5、GJA1);转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)及比例;转染时间(48h) 阅读提示:Methods: Transient transfection; Table S1 |
| EVs分离与表征 | EVs分离方案(差速超速离心);表征方法(NTA、TEM、Western blot标记物);EVs浓度定量 阅读提示:Methods: EVs purification; Nanoparticle tracking analysis; Sample Preparation for TEM |
| EVs体内注射 | EVs来源(MH-S-Ctrl-EVs或MH-S-CSE-EVs);注射剂量(1×10^9 EVs/g);注射途径(气管内);CS暴露方案(初始1h/天,后2h/天,共6个周期) 阅读提示:Methods: Animal study; Figure 7 legend |