生物信息学筛选和差异表达分析
筛选与骨肉瘤总生存相关的lincRNA,并比较DIO3OS在骨肉瘤与正常组织中的表达。
利用TARGET和GEO数据库进行Kaplan-Meier生存分析和差异表达分析,鉴定DIO3OS为风险lincRNA,并验证其在骨肉瘤中高表达。
Long intergenic non-coding RNA DIO3OS promotes osteosarcoma metastasis via activation of the TGF-β signaling pathway: a potential diagnostic and immunotherapeutic target for osteosarcoma.
包含生物信息学分析、体外细胞功能实验、体内动物模型及临床样本验证,并有机制验证(TGF-β通路及回补实验)。
骨肉瘤细胞系(SaoS-2、U2OS) BALB/C nude小鼠尾静脉转移模型 骨肉瘤患者组织样本(验证队列)
DIO3OS表达水平(qRT-PCR)及高低分组(中位数) 细胞系SaoS-2和U2OS的转染效率(si-DIO3OS) TGF-β1处理浓度(10 ng/ml)和时间(12 h) 体内实验:尾静脉注射细胞数(5×10^6)和观察周期(6周) 转移结节计数和肺重
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选与骨肉瘤总生存相关的lincRNA,并比较DIO3OS在骨肉瘤与正常组织中的表达。
利用TARGET和GEO数据库进行Kaplan-Meier生存分析和差异表达分析,鉴定DIO3OS为风险lincRNA,并验证其在骨肉瘤中高表达。
探索DIO3OS相关的生物学功能和信号通路。
对DIO3OS高低表达组的差异基因进行GO/KEGG富集分析和GSEA,构建PPI网络和共表达分析,发现TGF-β信号通路富集。
验证DIO3OS对骨肉瘤细胞迁移和侵袭能力的影响。
在SaoS-2和U2OS细胞中敲低DIO3OS,通过Transwell迁移和侵袭实验、伤口愈合实验检测细胞迁移和侵袭能力。
验证DIO3OS是否通过TGF-β信号通路发挥作用。
Western blot检测敲低DIO3OS后SMAD2和p-SMAD2蛋白水平,并使用TGF-β1进行回补实验,检测迁移和侵袭能力及EMT标志物。
验证DIO3OS敲低在体内对骨肉瘤肺转移的影响。
通过尾静脉注射敲低DIO3OS的SaoS-2细胞建立肺转移模型,观察肺结节数和肺重,检测DIO3OS表达和TGF-β通路蛋白。
评估DIO3OS作为骨肉瘤诊断生物标志物的能力。
在测试队列和验证队列中,通过ROC曲线评估DIO3OS区分骨肉瘤与其他肉瘤亚型的能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | PM150210 |
| MEM培养基 | Procell | PM150410 | |
| RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 | |
| 青霉素/链霉素 | NCM Biotech | c125c5 | |
| 胎牛血清 | WISENT | 085-060 | |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | ThermoFisher Scientific | 11668019 | |
| DIO3OS smart silencer | RiboBio | lnc3210428014954 | |
| lncRNA smart silencer NC | RiboBio | lnc3N0000001-1-5 | |
| 药物处理 | TGF-β1 | MedChemExpress | HY-P7117 |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| All-in-One™第一链cDNA合成试剂盒 | GeneCopoeia | QP006 | |
| BeyoFast™ SYBR Green qPCR预混液 | Bio-Rad | 1708882AP | |
| 细胞分离 | 细胞质和细胞核RNA纯化试剂盒 | Norgen | 21000 |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| Matrigel侵袭小室 | BD BioCoat | 354234 | |
| 牛血清白蛋白 | Saiguo Biotech | 9045-46-8 | |
| 倒置显微镜 | CHONGQING OPTEC INSTRUMENT | BDS300 | |
| 伤口愈合实验 | 倒置显微镜 | Olympus | CKX41 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010S | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 抗磷酸化SMAD2抗体 | CST | 18338T | |
| 抗SMAD2抗体 | Proteintech | 12570-1-AP | |
| 抗GAPDH兔抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 抗GAPDH小鼠抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗小鼠IgG二抗 | CST | 14709 | |
| 抗兔IgG二抗 | CST | 14708 | |
| 化学发光试剂 | NCM Biotech | P10100 | |
| 免疫组织化学 | 抗E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 动物实验 | BALB/C裸鼠 | Hunan SJA Laboratory Animal Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系及其培养条件:DMEM、MEM、RPMI-1640培养基,添加10%FBS和1%青霉素/链霉素,37°C、5%CO2 阅读提示:Methods:Cell culture, transfection, and treatment |
| 基因敲低 | si-DIO3OS及阴性对照序列、转染试剂Lipofectamine 2000、转染效率 阅读提示:Methods:Cell culture, transfection, and treatment; Additional file 3: Table S1 |
| TGF-β信号通路激活 | TGF-β1处理浓度(10 ng/ml)和时间(12 h) 阅读提示:Methods:Cell culture, transfection, and treatment |
| 体外迁移和侵袭实验 | 细胞数量(4×10^5)、迁移时间(30h)、侵袭时间(48h)、基质胶包被 阅读提示:Methods:Transwell migration and Matrigel invasion assays |
| 伤口愈合实验 | 细胞接种密度(5×10^5/2ml/孔)、划痕时间点(0,24,48h) 阅读提示:Methods:Wound healing assay |
| Western blot | 蛋白上样量(细胞15μg,组织25μg)、抗体稀释比例 阅读提示:Methods:Western blotting analysis |
| 体内转移模型 | 小鼠品系、性别、周龄、细胞注射数(5×10^6)、注射途径、观察时间(6周) 阅读提示:Methods:Animal model of osteosarcoma metastasis |
| 临床样本验证 | 样本类型、数量、组别(骨肉瘤及其他肉瘤亚型)、DIO3OS检测方法(qRT-PCR) 阅读提示:Methods:Tissues and clinical information |