体外自噬模型建立
验证FASN在自噬激活中的作用
使用EBSS处理143B和U2OS细胞诱导自噬,并通过Western blot、qRT-PCR、免疫荧光检测FASN表达和自噬标志物。
VCP enhances autophagy-related osteosarcoma progression by recruiting USP2 to inhibit ubiquitination and degradation of FASN.
包含体外细胞实验、体内动物模型(皮下和原位异种移植)、功能验证(增殖、凋亡、迁移、侵袭)及机制验证(Co-IP、泛素化、截短突变)。
143B细胞 U2OS细胞 293T细胞 裸鼠皮下和原位移植瘤模型
EBSS饥饿处理时间(0-6小时)诱导自噬,检测FASN蛋白和泛素化水平变化。 VCP过表达或敲低对FASN蛋白稳定性和K48泛素化的影响。 USP2敲低对VCP介导的FASN稳定性和自噬的影响。 体内实验中,皮下和原位模型中VCP过表达和FASN/USP2敲低对肿瘤生长和骨破坏的影响。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证FASN在自噬激活中的作用
使用EBSS处理143B和U2OS细胞诱导自噬,并通过Western blot、qRT-PCR、免疫荧光检测FASN表达和自噬标志物。
验证FASN促进OS进展是否依赖自噬
通过ATG5敲低/过表达构建自噬抑制/激活模型,检测FASN对增殖、凋亡、迁移、侵袭和化疗敏感性的影响。
鉴定调控FASN蛋白稳定性的关键相互作用蛋白
通过Co-IP/MS鉴定FASN相互作用蛋白,并通过截短突变确定关键结构域。
验证VCP通过去泛素化调控FASN蛋白稳定性
使用CHX追踪蛋白半衰期,MG132抑制蛋白酶体,检测泛素化水平。
验证VCP招募USP2去除FASN泛素化
通过Co-IP、分子对接、截短突变确定VCP和USP2的相互作用域,并观察USP2敲低对FASN泛素化水平的影响。
验证轴对自噬和OS细胞恶性表型的影响
在VCP过表达且FASN/USP2敲低的细胞中检测自噬流、增殖、凋亡等。
验证轴在体内促进OS进展的作用
皮下和原位异种移植模型,测量肿瘤体积和重量,micro-CT评估骨破坏,H&E和IHC染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy's 5A培养基 | -- | -- |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| RT-qPCR | 总RNA提取试剂 | EZBioscience | EZB-TZ1 |
| HiScript II第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R211-01 | |
| Hieff UNICON® Universal Blue qPCR SYBR Green预混液 | YEASEN | 11184ES08 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Scientific | 89900 |
| LC3B抗体 | Abcam | ab63817 | |
| FASN抗体 | Abcam | ab128870 | |
| VCP抗体 | Abcam | ab109240 | |
| USP2抗体 | Abcam | ab66556 | |
| SQSTM1/p62抗体 | CST | 23214 | |
| Beclin-1抗体 | CST | 3738 | |
| HA标签抗体 | CST | 3724 | |
| His标签抗体 | CST | #12698 | |
| PCNA抗体 | CST | 2586 | |
| Bcl-xl抗体 | CST | 2764 | |
| ACTB抗体 | CST | 4970 | |
| MYC标签抗体 | CST | 2276 | |
| FLAG标签抗体 | Abclonal | AE005 | |
| 细胞增殖检测 | EdU试剂盒 | Riobio | -- |
| CCK-8试剂盒 | YEASEN | 40203ES76 | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-APC/PI双染试剂盒 | BestBio | BB-41033 |
| 荧光成像 | STELLARIS 5共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| 流式细胞术 | NovoCyte Penteon流式细胞仪 | Agilent Technologies | -- |
| 免疫荧光 | DAPI | Thermo Scientific | 62248 |
| 自噬流分析 | RFP-GFP-LC3慢病毒 | -- | -- |
| 动物模型 | 裸鼠 | -- | -- |
| micro-CT(Mlabs) | -- | -- | |
| 抑制剂处理 | CB-5083 | MedChem Express | HY-12861 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(143B、U2OS、293T)来源;培养基(McCoy's 5A、DMEM)和血清浓度(10% FBS);EBSS饥饿处理时间(0-6小时);培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 分子生物学实验 | 抗体信息(anti-FASN、anti-VCP、anti-USP2等)及稀释比例;Western blot步骤;RT-qPCR引物序列;泛素化实验所用质粒(HA-FASN、MYC-VCP、His-Ub) 阅读提示:Methods - Western blot, RT-qPCR, 结果部分图例 |
| 细胞功能实验 | EdU试剂浓度(50μM);集落形成接种密度(1×10^3细胞/孔);CCK-8细胞密度(4×10^3/孔);凋亡检测中Annexin V和PI用量;Transwell小室细胞数(迁移2×10^4,侵袭4×10^4) 阅读提示:Methods - Cell proliferation assay, Cell apoptosis detection assay, Cell migration and invasion assays |
| 自噬检测 | RFP-GFP-LC3慢病毒转染时间(48h);TEM样品制备步骤;IF染色中抗体稀释和孵育时间 阅读提示:Methods - Analysis of autophagic flux, Immunofluorescence staining |
| 体内实验 | 动物品系(4周龄雌性裸鼠)、数量(48只)、分组(每组6只);皮下注射细胞数(2×10^6);原位注射体积和浓度(20μL,2×10^7细胞/mL);肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods - Murine models and tumor imaging |