评估GRB7表达与临床意义
评估GRB7在乳腺癌及HER2+亚型中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA、GEO、UALCAN、TIMER等数据库分析GRB7在不同癌种及乳腺癌亚型中的表达,并结合临床样本的免疫荧光检测验证蛋白表达水平,通过Kaplan-Meier生存曲线分析预后关联。
TCF12-regulated GRB7 facilitates the HER2+ breast cancer progression by activating Notch1 signaling pathway.
包括生物信息学分析、体外细胞功能实验、异种移植瘤模型、RNA-seq、ChIP、荧光素酶报告基因及免疫共沉淀等多层级验证。
HER2+乳腺癌细胞系SK-BR-3和MDA-MB-453 MDA-MB-453细胞原位异种移植瘤NSG小鼠模型 乳腺癌临床组织样本
GRB7在HER2+乳腺癌中高表达并与不良预后相关(TCGA、GEO及临床样本) GRB7敲低或过表达后细胞增殖、迁移、侵袭能力的变化(MTT、EdU、Transwell等) TCF12直接结合GRB7启动子并促进其转录(ChIP-PCR、双荧光素酶报告基因) GRB7与Notch1相互作用,激活下游信号通路(免疫共沉淀、Western blot) FLI-06抑制Notch信号可逆转GRB7过表达促进的细胞功能(集落形成、迁移侵袭)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估GRB7在乳腺癌及HER2+亚型中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA、GEO、UALCAN、TIMER等数据库分析GRB7在不同癌种及乳腺癌亚型中的表达,并结合临床样本的免疫荧光检测验证蛋白表达水平,通过Kaplan-Meier生存曲线分析预后关联。
探究GRB7对HER2+乳腺癌细胞增殖、迁移、侵袭和EMT的影响。
在SK-BR-3和MDA-MB-453细胞中通过siRNA敲低或质粒过表达GRB7,采用MTT、EdU、集落形成、伤口愈合和Transwell实验检测细胞功能,通过Western blot和RT-qPCR检测EMT标志物。
验证GRB7在体内对肿瘤生长的影响。
将MDA-MB-453细胞原位接种到NSG小鼠乳腺脂肪垫,通过注射靶向GRB7的胆固醇修饰siRNA敲低GRB7,观察肿瘤体积和重量变化,并通过IHC检测Ki67和EMT标志物。
探究GRB7敲低后下游信号通路的变化。
对转染GRB7 siRNA的SK-BR-3细胞进行RNA-seq,通过GO、KEGG和GSEA富集分析,发现Wnt和Notch信号通路高度相关,并通过Western blot验证相关蛋白表达。
验证GRB7是否与Notch1相互作用并激活下游信号通路。
通过免疫共沉淀(IP)实验检测GRB7与Notch1的结合,Western blot检测Notch信号相关蛋白(Jagged1、p-AKT、ERK1/2)的表达;使用Notch信号抑制剂FLI-06处理细胞,观察对GRB7过表达诱导的细胞功能的影响。
证实转录因子TCF12是否直接结合GRB7启动子并调控其表达。
通过数据库预测TCF12为候选转录因子,ChIP-PCR检测TCF12与GRB7启动子区域的结合,双荧光素酶报告基因实验验证TCF12对GRB7启动子活性的影响,并通过siRNA敲低或过表达TCF12检测GRB7表达变化。
验证TCF12通过GRB7调控HER2+乳腺癌进展,并评估GRB7过表达能否逆转TCF12敲低的影响。
在细胞中敲低TCF12并同时过表达GRB7,检测增殖、迁移、侵袭能力;在体内,通过注射靶向TCF12的siRNA和过表达GRB7的慢病毒,观察肿瘤生长变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| RPMI-1640培养基 | Gibco | -- | |
| L15培养基 | Gibco | -- | |
| Ham's F-12培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | -- | |
| 细胞转染 | Lipo8000转染试剂 | Beyotime | -- |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | PrimeScript RT Master Mix反转录试剂盒 | Takara | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | -- | |
| 抗GRB7抗体 | Proteintech | 10045-1-Ig | |
| 抗N-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 抗Slug抗体 | Proteintech | 12129-1-AP | |
| 抗Snail抗体 | Proteintech | 13099-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Santa | sc-56459 | |
| 抗TCF12抗体 | Cell Signaling Technology | 78 | |
| 抗Notch1抗体 | Cell Signaling Technology | 3608 | |
| 抗Jagged1抗体 | Cell Signaling Technology | 70109 | |
| 抗β-连环蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 8480 | |
| 抗MMP2抗体 | Cell Signaling Technology | 40994 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9102 | |
| 二抗 | ZSBio | ZB-2301 | |
| 二抗 | ZSBio | ZB-5305 | |
| ECL底物 | -- | -- | |
| 化学发光成像系统 | Tanon | -- | |
| 免疫共沉淀 | S蛋白琼脂糖 | -- | -- |
| 蛋白A/G琼脂糖 | Beyotime | -- | |
| 细胞增殖检测 | MTT试剂 | Beyotime | -- |
| EdU检测试剂盒 | Beyotime | -- | |
| ChIP实验 | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | -- |
| 抗TCF12抗体 | Cell Signaling Technology | 78245 | |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| 动物实验 | 基质胶 | -- | -- |
| 胆固醇修饰siRNA | Tsingke | -- | |
| 体内转染试剂 | Engreen | -- | |
| 药物处理 | FLI-06 | TargetMol | T3075 |
| 组织芯片 | 组织芯片 | Shanghai Outdo Biotech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:MCF7, T47D, SK-BR-3, MDA-MB-453, MDA-MB-231, MDA-MB-468, MCF10A;培养基:DMEM, RPMI-1640, L15, Ham's F-12;血清:10% FBS;抗生素:1%青霉素/链霉素;培养条件:37°C,5% CO2 阅读提示:Methods: Cell lines and culture |
| 转染 | siRNA浓度100 pM,质粒5 μg,Lipo8000和Opti-MEM,转染48小时 阅读提示:Methods: RNA and plasmid transfection |
| 细胞增殖检测 | MTT: 每孔2000-3000细胞,检测时间点24,48,72,96,120小时;EdU: 10 μM EdU处理2小时 阅读提示:Methods: MTT and EdU assays |
| 迁移和侵袭 | Transwell上室无血清,下室含10% FBS,培养48小时 阅读提示:Methods: Migration and invasion assays |
| 动物实验 | NSG小鼠,4-5周龄,MDA-MB-453细胞5×10^7/60μL与20μL Matrigel混合,原位注射;siRNA给药:5 nmol/kg,每2天一次,共2-3周;GRB7慢病毒:10^8/UI,每5天一次,共3周 阅读提示:Methods: Animal experiments and treatments |
| ChIP实验 | SK-BR-3细胞,抗TCF12抗体(#78245) 阅读提示:Methods: ChIP assay |
| 荧光素酶报告基因 | 报告载体、Lipo8000转染、双荧光素酶检测系统 阅读提示:Methods: Luciferase reporter assay |
| Notch信号抑制 | FLI-06浓度5,10,20 μM,处理24小时 阅读提示:Results: GRB7 promotes HER2+ BC via the Notch and other signaling |