表达分析
评估POU4F2在结直肠癌组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关联。
利用TCGA-COADREAD、GSE24514、GSE24551数据库分析POU4F2 mRNA表达;用RT-qPCR和Western blot检测HCoEpiC正常结肠上皮细胞和HCT116、SW620、NCI-H508、RKO CRC细胞系中POU4F2的表达;进行Kaplan-Meier生存分析。
Transcription factor POU4F2 promotes colorectal cancer cell migration and invasion through hedgehog-mediated epithelial-mesenchymal transition.
包含体外细胞实验(迁移、侵袭、EMT标志物检测)和体内裸鼠肺转移模型,并进行了机制验证(Hedgehog通路及SAG回复实验)。
HCT116人结直肠癌细胞系 RKO人结直肠癌细胞系 BALB/c裸鼠肺转移模型
POU4F2表达水平在HCT116和RKO细胞中的敲低效率(通过shRNA) SAG处理浓度(500 nM)和处理时间(24小时) 裸鼠肺转移模型中注射的细胞数量(1 × 10^7)和观察天数(50天) Transwell实验中使用的细胞数量(4 × 10^4/室)和孵育时间(迁移30小时,侵袭48小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估POU4F2在结直肠癌组织和细胞系中的表达水平及其与预后的关联。
利用TCGA-COADREAD、GSE24514、GSE24551数据库分析POU4F2 mRNA表达;用RT-qPCR和Western blot检测HCoEpiC正常结肠上皮细胞和HCT116、SW620、NCI-H508、RKO CRC细胞系中POU4F2的表达;进行Kaplan-Meier生存分析。
验证敲低POU4F2对CRC细胞迁移、侵袭和EMT标志物表达的影响。
使用shRNA慢病毒载体敲低HCT116和RKO细胞中的POU4F2,通过划痕实验、Transwell迁移和侵袭实验检测细胞迁移和侵袭能力,通过Western blot检测EMT标志物(E-cadherin、vimentin)和EMT-TF(Slug, Twist, Snail1, ZEB1, ZEB2)的表达。
验证POU4F2敲低对裸鼠肺转移的影响及体内EMT标志物的变化。
通过尾静脉注射敲低POU4F2的HCT116细胞构建肺转移模型,50天后处死小鼠,计数肺转移结节,并检测肺组织中POU4F2、E-cadherin、vimentin的表达(Western blot和免疫荧光)。
验证POU4F2是否通过Hedgehog通路调控EMT和细胞迁移侵袭。
通过GSEA分析POU4F2与Hedgehog通路的关联;Western blot检测敲低POU4F2后SHH、PTCH1、SMO、GLI-1的表达;用SMO激动剂SAG处理敲低POU4F2的HCT116细胞,观察迁移侵袭和Hedgehog通路蛋白表达的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell Life Science & Technology | -- |
| 胎牛血清 | WISENT | -- | |
| 青霉素/链霉素 | New Cell & Molecular Biotech | -- | |
| RPMI-1640培养基 | Procell Life Science & Technology | -- | |
| Minimum Essential Medium培养基 | Procell Life Science & Technology | -- | |
| 药物处理 | SMO激动剂SAG | MCE | HY-12848B |
| 慢病毒包装 | pLVX-shRNA2-puro载体 | -- | -- |
| T4 DNA连接酶 | -- | -- | |
| DH5α感受态细胞 | -- | -- | |
| 细胞感染 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 侵袭实验 | Matrigel侵袭小室 | BD BioCoat | -- |
| 免疫荧光 | E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP |
| 波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| DAPI染料 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| Cy3标记的山羊抗兔IgG | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 显微镜观察 | 荧光显微镜 | Olympus Corporation | -- |
| 免疫荧光观察 | NEXcope (NE900)共聚焦荧光显微镜 | Ningbo Yongxin Optics Co., Ltd | -- |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | -- |
| POU4F2抗体 | Abcam | ab235268 | |
| 兔抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 鼠抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| Slug抗体 | Proteintech | 12129-1-AP | |
| Twist抗体 | Proteintech | 25465-1-AP | |
| Snail1抗体 | Proteintech | 13099-1-AP | |
| ZEB1抗体 | Proteintech | 21544-1-AP | |
| ZEB2抗体 | Proteintech | 14026-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| SHH抗体 | Proteintech | 20697-1-AP | |
| PTCH1抗体 | Abcam | ab53715 | |
| SMO抗体 | Proteintech | 66851-1-Ig | |
| GLI-1抗体 | Proteintech | 66905-1-Ig | |
| HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | 14709或14708 | |
| 增强化学发光试剂 | New Cell & Molecular Biotech | -- | |
| RT-qPCR | 逆转录PCR试剂盒 | GeneCopoeia | -- |
| BeyoFast SYBR Green qPCR预混液 | -- | -- | |
| qTower 3.2G实时荧光定量PCR系统 | -- | -- | |
| 统计分析 | SPSS 22.0统计软件 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和shRNA敲低 | 细胞系来源(ATCC)、培养条件(DMEM或RPMI-1640,10% FBS,1%青霉素/链霉素)、shRNA序列、转染和嘌呤霉素筛选浓度(2 μg/mL) 阅读提示:Materials and Methods 2.2和2.3 |
| 体外迁移和侵袭实验 | 细胞密度(划痕5×10^5/孔;Transwell 4×10^4/室)、划痕愈合观察时间(0,24,48小时)、Transwell迁移(30小时)和侵袭(48小时)的孵育时间、结晶紫染色浓度和时间 阅读提示:Materials and Methods 2.4-2.6 |
| 体内肺转移模型 | 动物品系、周龄和性别(5-6周龄BALB/c裸鼠)、细胞注射数量(1×10^7)、观察天数(50天)、每组小鼠数量(每组6只) 阅读提示:Materials and Methods 2.7 |
| Hedgehog通路药物处理 | SAG浓度(500 nM)、处理时间(24小时) 阅读提示:Materials and Methods 2.2和Results 3.4 |