构建巨噬细胞极化模型
建立THP-1衍生的M0、M1、M2巨噬细胞,以研究lnc_000048在极化中的表达和功能。
使用PMA诱导THP-1分化为M0,再用LPS和IFN-γ诱导M1,IL-4和IL-13诱导M2。
Atherosis-associated lnc_000048 activates PKR to enhance STAT1-mediated polarization of THP-1 macrophages to M1 phenotype.
该研究包含体外细胞模型、功能验证(敲低/过表达)和机制验证(PKR相互作用、STAT1通路),未涉及动物模型或患者样本,故为中等。
THP-1细胞系 THP-1衍生的M0、M1、M2巨噬细胞模型
THP-1细胞分化:使用25 ng/mL PMA 24小时获得M0,M1使用10 ng/mL LPS和20 ng/mL IFN-γ 48小时 慢病毒转染:Sh-lnc_000048(MOI=30)和Oe-lnc_000048(MOI=50),嘌呤霉素筛选稳定株 PKR抑制剂C16浓度:0.5 µM处理 检测指标:qRT-PCR检测TNF-α、IL-6、IL-1β等,流式检测CD38、CD80,Western blot检测p-STAT1、p-PKR 统计方法:独立样本t检验,双向P<0.05为显著性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立THP-1衍生的M0、M1、M2巨噬细胞,以研究lnc_000048在极化中的表达和功能。
使用PMA诱导THP-1分化为M0,再用LPS和IFN-γ诱导M1,IL-4和IL-13诱导M2。
通过敲低和过表达lnc_000048,检测其对M1巨噬细胞表型标记和炎症因子的影响。
使用慢病毒载体敲低(Sh-lnc_000048)或过表达(Oe-lnc_000048)lnc_000048,通过qRT-PCR、流式细胞术和Western blot检测M1标记物和炎症因子表达。
评估lnc_000048对STAT1磷酸化的影响,并测试JAK抑制剂的作用。
Western blot检测总STAT1和p-STAT1水平,并使用JAK1抑制剂ruxolitinib处理M1巨噬细胞后检测。
鉴定与lnc_000048相互作用的蛋白质,并预测其结合能力。
使用RNA pull-down和质谱鉴定结合蛋白,结合catRAPID和RPISeq预测,并通过IF-FISH验证共定位。
验证lnc_000048是否通过PKR磷酸化增强STAT1信号,并测试PKR抑制剂的影响。
Western blot检测p-PKR和p-STAT1水平,使用PKR抑制剂C16处理M1巨噬细胞,并检测炎症因子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | THP-1细胞系 | Procell Life Science&Technology | CL-0233 |
| RPMI-1640培养基 | Procell Life Science&Technology | PM150140 | |
| 胎牛血清 | Biological Industries | 04-010-1A | |
| 青霉素-链霉素 | Procell Life Science&Technology | PB180120 | |
| β-巯基乙醇 | Procell Life Science&Technology | PB180633 | |
| 巨噬细胞诱导 | 佛波醇-12-肉豆蔻酸酯-13-乙酸酯 | MedChemExpress | HY-18739 |
| 脂多糖 | Solarbio | L8880 | |
| 干扰素-γ | PeproTech | 300-02 | |
| 白细胞介素-4 | PeproTech | 200-04 | |
| 白细胞介素-13 | PeproTech | 200-13 | |
| 慢病毒转染 | GV493慢病毒载体 | GeneChem Co. Ltd. | -- |
| GV367慢病毒载体 | GeneChem Co. Ltd. | -- | |
| 流式细胞术 | Human TruStain FcX | Biolegend | 422301 |
| PE抗人CD11b抗体 | Elabscience | E-AB-F1146D | |
| PE小鼠抗人CD38抗体 | Becton, Dickinson and Company | 560981 | |
| PE小鼠抗人CD80抗体 | Becton, Dickinson and Company | 560925 | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Takara | 9108 |
| 反转录 | goldenstar RT6 cDNA合成试剂盒 | Tsingke | TSK302M |
| qRT-PCR | 2×T5快速qPCR预混液(SYBR Green I) | Tsingke | TSE202 |
| 罗氏480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Elabscience | E-BC-K318-M | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗TNF-α抗体 | Abcam | ab183218 | |
| 抗IL-1β抗体 | Abcam | ab254360 | |
| 抗GAPDH抗体 | Elabscience | E-AB-40337 | |
| Stat1抗体 | Cell Signaling Technology | 9172 | |
| 抗STAT1 (磷酸化Y701)抗体 | Abcam | ab109457 | |
| 抗PKR抗体 | Abcam | ab184257 | |
| 抗PKR (磷酸化T446)抗体 | Abcam | ab32036 | |
| 辣根过氧化物酶标记的兔抗山羊IgG | Elabscience | E-AB-1004 | |
| ECL化学发光高灵敏度显色检测试剂盒 | Yisheng | 36208ES60 | |
| RNA pull-down | Pierce磁性RNA-蛋白质Pull-down试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 20164 |
| Pierce核酸相容链霉亲和素磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 生物素标记的lnc_000048探针 | KAXU | -- | |
| IF-FISH | 荧光原位杂交试剂盒 | RiboBio | C10910 |
| DyLight 488标记的亲和纯化山羊抗兔IgG(H+L) | BOSTER | BA1127 | |
| DAPI染色液 | -- | -- | |
| 激光共聚焦显微镜(NikonA1) | Nikon | -- | |
| 细胞活性检测 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress | HY-K0301-500T |
| 药物处理 | C16(PKR抑制剂) | Sigma | 608512-97-6 |
| 磷酸芦可替尼 | MCE | SAB4300123 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与分化 | THP-1细胞来源、培养基成分、PMA浓度和诱导时间、M1诱导的LPS/IFN-γ浓度和时间 阅读提示:Methods: Cell culture and macrophage model construction |
| 慢病毒转染 | 慢病毒载体、MOI值、感染时间、嘌呤霉素筛选浓度和时间 阅读提示:Methods: Lentivirus transfection |
| qRT-PCR | RNA提取方法、逆转录试剂盒、qRT-PCR引物序列、内参基因(ACTB)及计算方法 阅读提示:Methods: Real-time fluorescence quantitative PCR and Table 1 |
| Western blot | 抗体、稀释比例、蛋白上样量、膜类型、内参(GAPDH)、定量软件 阅读提示:Methods: Western blotting |
| RNA pull-down和质谱 | pull-down试剂盒、磁珠类型、探针序列、洗脱方法、质谱鉴定平台 阅读提示:Methods: LncRNA pull-down and mass spectrometry |
| IF-FISH | 探针序列、杂交温度和时间、抗体、显微镜参数 阅读提示:Methods: Immunofluorescence-RNA fluorescence in situ hybridization double labeling |
| PKR抑制剂处理 | C16浓度(0.5 µM)、处理时间、细胞活性检测方法 阅读提示:Results: 图6C和Methods: Cell viability assay |
| 统计分析 | 统计软件、检验方法、显著性阈值 阅读提示:Methods: Statistical analysis |