体外细胞活力与克隆形成实验
评估AG14361和AZD4635单药及联合对ID8细胞增殖的抑制作用,以及PBMC共培养对药效的影响。
使用CCK-8法检测不同浓度药物处理48小时后的细胞活力;克隆形成实验中,ID8细胞与PBMC共培养后给予药物处理,染色并计数克隆。
AZD4635 Targets cAMP/CREB Axis to Salvage PARPi-Induced Immune Evasion and Enhance Antitumor Efficacy in Ovarian Cancer.
包含体外细胞实验、动物模型、RNA-seq、scRNA-seq及TCGA临床数据分析等多个独立证据层级,并有功能验证和机制验证。
ID8小鼠卵巢癌细胞系 C57BL/6小鼠ID8皮下同系移植瘤模型 PBMC与ID8细胞共培养体系 TCGA-OV患者队列(66例)
PBMC与ID8细胞共培养比例(1:1、2:1、4:1)及处理时间(48小时、克隆形成实验数天) 药物浓度:AG14361(10 μM体外、10 mg/kg体内)、AZD4635(32 μM体外、25 mg/kg体内) 给药方式:AG14361腹腔注射、AZD4635灌胃、每2天一次 动物模型:雌性C57BL/6小鼠(6-8周龄),皮下接种ID8细胞1×10^7个 关键检测:cAMP ELISA、Western blot检测p-Creb/Creb、免疫组化检测CD4、CD8、Foxp3等
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估AG14361和AZD4635单药及联合对ID8细胞增殖的抑制作用,以及PBMC共培养对药效的影响。
使用CCK-8法检测不同浓度药物处理48小时后的细胞活力;克隆形成实验中,ID8细胞与PBMC共培养后给予药物处理,染色并计数克隆。
验证AG14361单药及联合AZD4635在体内的抗肿瘤效果及耐受性。
将ID8细胞皮下接种于C57BL/6小鼠,待肿瘤达100 mm3后分组给药,定期测量肿瘤体积和体重,终点处死取瘤。
通过RNA-seq揭示联合用药对ID8细胞基因表达的影响,探寻潜在的信号通路。
提取总RNA、构建文库、NovaSeq 6000测序、差异表达分析、KEGG和GSEA富集分析。
验证AG14361诱导cAMP积累和CREB磷酸化,以及AZD4635对其的抑制作用。
使用ELISA检测细胞和肿瘤组织中的cAMP水平,Western blot检测p-Creb和Creb表达。
探究CD39和CD73在AG14361诱导的cAMP积累和CREB激活中的作用。
使用siRNA转染ID8细胞敲低Cd39或Cd73,qRT-PCR验证敲低效率,ELISA检测cAMP,Western blot检测p-Creb/Creb表达。
分析TCGA-OV患者中CD39和CD73表达与预后、临床特征及免疫浸润的关系。
从TCGA获取66例患者数据,按CD39/CD73表达分组,进行Kaplan-Meier生存分析、临床特征比较、免疫细胞组成分析。
评估联合治疗对肿瘤组织中免疫细胞浸润的影响。
对肿瘤组织切片进行IHC染色,检测CD4、CD8、Foxp3、CD206、CD11b和Granzyme B的表达,并评分。
解析联合治疗对肿瘤免疫微环境中免疫细胞组成和功能的影响。
从肿瘤组织中分离CD45+细胞进行scRNA-seq,聚类分析鉴定主要免疫细胞类型,并进行亚群分析、差异表达、富集分析、拟时序分析等。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| PBMC分离 | Ficoll分离液 | Cytiva | -- |
| 药物处理 | AG14361 | MedChemExpress | HY-12032 |
| AZD4635 | MedChemExpress | HY-101980 | |
| Western blot | Gapdh抗体 | Cell Signaling Technology | 5174S |
| 磷酸化Creb抗体 | Cell Signaling Technology | 9198S | |
| Creb抗体 | Cell Signaling Technology | 9197 | |
| 免疫组织化学 | CD8抗体 | Bioss | bs-0648R |
| CD4抗体 | Bioss | bs-0647R | |
| Foxp3抗体 | Bioss | bs-0269R | |
| CD11b抗体 | Zenbio | R380675 | |
| CD206抗体 | Zenbio | R360017 | |
| 颗粒酶B抗体 | Abcam | ab255598 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | GlpBio Technology | -- |
| Multiscan MK3酶标仪 | ThermoFisher | -- | |
| ELISA | cAMP ELISA试剂盒 | Jiangsu Enzyme Immunoassay Industrial Co., Ltd. | MM-0544M1 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Invitrogen | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 增强化学发光检测试剂 | ThermoFisher | -- | |
| Champ化学发光成像仪 | Sagacreation | -- | |
| RT-qPCR | RNA提取试剂 | FOREGENE | RE-03113 |
| PrimeScript RT Master Mix | TaKaRa | -- | |
| SYBR Green荧光染料 | TaKaRa | -- | |
| 转染 | Cd39 siRNA | Aiki Biotechnology | -- |
| Cd73 siRNA | Aiki Biotechnology | -- | |
| siRNA阴性对照 | Aiki Biotechnology | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| RNA-seq | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| NanoDrop分光光度计 | Thermo Scientific | -- | |
| AMPure XP磁珠纯化系统 | Beckman Coulter | -- | |
| Bioanalyzer 2100系统 | Agilent | -- | |
| NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| scRNA-seq | CD45磁珠 | Miltenyi Biotec | -- |
| 10X Genomics GemCode单细胞仪器 | 10X Genomics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测 | ID8细胞密度、PBMC共培养比例、药物浓度(AG14361和AZD4635)及处理时间 阅读提示:Methods 2.3 细胞活力测定、2.4 克隆形成实验;Figure 1 |
| 动物实验 | 小鼠品系、性别、周龄、体重;ID8细胞接种数量及部位;给药剂量、途径、频率;肿瘤体积测量方法;分组及样本量 阅读提示:Methods 2.10 动物实验;Figure 1g-j |
| cAMP/CREB通路检测 | ELISA试剂盒及操作步骤;Western blot抗体及稀释比例;样本处理及蛋白提取方法 阅读提示:Methods 2.5、2.6;Figure 3d-f |
| CD39/CD73敲低实验 | siRNA序列、转染试剂及浓度、转染时间;qRT-PCR引物及内参基因 阅读提示:Methods 2.8;Figure 3g-k |
| 免疫组化 | 抗体种类及稀释比例;染色步骤、评分标准 阅读提示:Methods 2.9;Figure 5 |
| 单细胞RNA测序 | CD45+细胞分离方法;细胞数量、上机平台;数据分析参数(聚类、marker基因) 阅读提示:Methods 2.12;Figure 6 |
| 临床数据分析 | TCGA-OV数据筛选标准(样本量、排除标准);分组阈值(1.2倍和0.8倍均值);生存分析统计方法 阅读提示:Methods 2.13;Figure 4 |