鉴定ALV-J感染中的关键基因
通过转录组测序筛选ALV-J感染脾脏中差异表达基因,并评估其对病毒复制的影响
对ALV-J感染鸡脾脏组织进行RNA-seq,筛选差异表达基因;用siRNA敲低候选基因(ZEB2、BCL2L10、ITGAV、CTSB、CREG1)后感染ALV-J,检测gp85和env水平;过表达CREG1和ITGAV验证效果。
CREG1 restricts ALV-J replication via the mitochondrial dysfunction-driven activation of innate immunity and apoptosis.
包含转录组学、蛋白质组学、细胞系过表达/敲低、透射电镜、线粒体功能检测、凋亡检测及动物组织样本等多层级验证,并进行机制探究。
DF-1鸡成纤维细胞系 HD11鸡巨噬细胞系 MSB-1鸡T淋巴细胞系 ALV-J感染鸡脾脏组织
CREG1过表达/敲低后ALV-J感染48小时,检测病毒env/gp85表达 使用JC-1、TMRE、MitoSOX检测线粒体膜电位和ROS 使用EtBr耗竭mtDNA后检测IFN-β和ISG表达 使用Z-VAD-FMK抑制凋亡后检测病毒env表达 si-HSPD1敲低后检测CREG1对线粒体功能和病毒复制的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过转录组测序筛选ALV-J感染脾脏中差异表达基因,并评估其对病毒复制的影响
对ALV-J感染鸡脾脏组织进行RNA-seq,筛选差异表达基因;用siRNA敲低候选基因(ZEB2、BCL2L10、ITGAV、CTSB、CREG1)后感染ALV-J,检测gp85和env水平;过表达CREG1和ITGAV验证效果。
探究CREG1是否通过激活干扰素通路发挥抗病毒作用
对过表达CREG1并感染ALV-J的DF-1细胞进行定量蛋白质组学,检测ISGs表达;通过RT-qPCR和ELISA检测IFN-β和cGAMP;Western blot检测JAK/STAT通路激活;使用cGAS抑制剂RU.521和SOCS3过表达验证通路依赖。
探究CREG1是否引起线粒体功能障碍
通过TEM观察线粒体形态;流式细胞术检测MitoSOX、TMRE、JC-1;检测ATP水平和呼吸链复合物I/IV活性;检测线粒体自噬相关蛋白LC3、p62、Parkin。
探究CREG1引起的线粒体功能障碍是否通过mtDNA释放激活天然免疫
分离胞质组分,RT-qPCR检测胞质mtDNA;用EtBr处理细胞耗竭mtDNA,检测IFN-β和ISGs表达。
探究CREG1是否诱导凋亡并参与抗病毒作用
检测ROS、NO、胞质细胞色素c;Annexin V/PI流式检测凋亡;Western blot检测BCL2、BAX、cleaved caspase-3;使用凋亡抑制剂Z-VAD-FMK预处理,检测凋亡和病毒env表达。
探究CREG1调控线粒体功能的分子机制,验证HSPD1的相互作用及功能
通过co-IP和质谱筛选与CREG1互作的蛋白;验证CREG1与HSPD1的相互作用;检测HSPD1过表达或敲低对病毒复制、ISGs、线粒体功能和凋亡的影响;共转染CREG1和HSPD1观察协同抗病毒效果。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| DMEM培养基 | Gibco | 11965092 | |
| 胎牛血清 | ABW | AB-FBS-1050S | |
| 基因转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| RNA提取与RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| RT-qPCR | 反转录试剂盒 | EZBioscience | A0010CGQ |
| SYBR Green荧光染料 | Vazyme Biotech | Q713-02 | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白质印迹 | IP裂解液 | Beyotime Biotech | P0013 |
| 磷酸酶抑制剂 | MCE | HY-K0021 | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Beyotime Biotech | P0009 |
| 蛋白质印迹 | SDS-PAGE凝胶 | Beyotime Biotech | P0804S |
| PVDF膜 | Beyotime Biotech | FFP22 | |
| 增强型化学发光检测试剂盒 | Beyotime Biotech | P0018M | |
| ODYSSEY FC成像系统 | LI-COR | -- | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag M2磁珠 | Sigma-Aldrich | M8823 |
| 蛋白A/G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88802 | |
| 免疫荧光 | FITC标记的山羊抗小鼠IgG | Beyotime Biotech | A0568 |
| 线粒体自噬检测 | Ad-GFP-LC3腺病毒 | Hanbio | HBLV-1010 |
| MitoTracker Red染料 | Beyotime | C1032 | |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染料 | Beyotime Biotech | C2003S |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX Red线粒体超氧化物指示剂 | Beyotime Biotech | S0061S |
| 线粒体膜电位检测 | TMRE染料 | Beyotime Biotech | C2001S |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/APC | Beyotime Biotech | C1383S |
| Annexin V-FITC/APC | Abcam | ab236215 | |
| 线粒体耗竭 | 溴化乙锭 | Sigma | E1510 |
| 尿苷 | MCE | HY-B1449 | |
| 线粒体分离 | 细胞线粒体分离试剂盒 | Beyotime Biotech | C3601 |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Beyotime Biotech | S0035S |
| NO检测 | 一氧化氮检测试剂盒 | Beyotime | S0024 |
| ATP检测 | ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0027 |
| 复合物I活性检测 | NADH-CoQ还原酶活性检测试剂盒 | Solarbio | BC0510 |
| 复合物IV活性检测 | 细胞色素C氧化酶活性检测试剂盒 | Solarbio | BC0940 |
| 细胞因子检测 | 鸡IL-1β ELISA试剂盒 | Mlbio | ml042758 |
| 鸡TNF-α ELISA试剂盒 | Mlbio | ml002790 | |
| 鸡IL-10 ELISA试剂盒 | Mlbio | ml059830 | |
| 鸡IL-4 ELISA试剂盒 | Mlbio | ml059838 | |
| 鸡IFN-γ ELISA试剂盒 | Mlbio | ml023435 | |
| 鸡IFN-β ELISA试剂盒 | Mlbio | ml059828 | |
| cGAMP ELISA试剂盒 | Cayman chemical | 501700 | |
| 凋亡抑制 | Z-VAD-FMK | -- | -- |
| cGAS抑制 | RU.521 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因操作 | siRNA靶序列、转染试剂及转染时间 阅读提示:Materials and methods 2.4 Plasmids and RNA interference,Supplementary Table 1 |
| 病毒感染 | ALV-J毒株SCAU-HN06,感染剂量104 TCID50/0.1 mL,感染时间及洗换液步骤 阅读提示:Materials and methods 2.3 Virus infection |
| 线粒体功能检测 | JC-1、TMRE、MitoSOX染色浓度和时间 阅读提示:Materials and methods 2.13 Mitochondrial membrane potential, ROS, and superoxide detection |
| mtDNA释放与天然免疫 | EtBr处理浓度和时间,胞质DNA提取方法 阅读提示:Materials and methods 2.15 Generation of mitochondria-deficient ρ0 cells, 2.17 Cytosolic DNA extraction,Results 3.3 |
| 凋亡检测与抑制 | Annexin V/PI染色步骤,Z-VAD-FMK使用浓度和时间 阅读提示:Materials and methods 2.14 Flow Cytometry for detecting apoptosis,Results 3.4 |
| 蛋白互作验证 | Co-IP抗体、磁珠品牌和货号 阅读提示:Materials and methods 2.8 Immunoprecipitation and mass spectrometry |