活性成分筛选与网络构建
识别MFXD的活性成分及其对应靶点。
从TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID数据库筛选MFXD的活性成分,并通过SwissTargetPrediction和TCMSP获取靶点,在UniProt中标准化基因名,利用Cytoscape构建成分-靶点网络。
Exploring the Mahuang Fuzi Xixin Decoction's mechanism for treating Alzheimer's disease using molecular docking and network pharmacology.
包含网络药理学、分子对接及体外细胞实验(PC12细胞)和功能验证(CCK-8、Western blot、ELISA),但缺乏体内动物模型验证。
PC12细胞(Aβ25–35诱导的AD细胞模型) Wistar大鼠(用于制备含药血清)
MFXD给药剂量:18 g/kg(大鼠灌胃) Aβ25–35诱导浓度:250 μM,处理4天 槲皮素浓度:20、40、60 μM,处理24小时 木犀草素浓度:50、70、90 μM,处理24小时 15% MFXD含药血清处理24小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别MFXD的活性成分及其对应靶点。
从TCMSP、BATMAN-TCM、TCMID数据库筛选MFXD的活性成分,并通过SwissTargetPrediction和TCMSP获取靶点,在UniProt中标准化基因名,利用Cytoscape构建成分-靶点网络。
获取AD相关的差异表达基因。
从GEO数据库获取GSE122063数据集,通过差异基因分析筛选AD相关DEGs,并用火山图和热图展示。
确定MFXD与AD的交集靶点,并分析其功能和通路富集。
通过维恩图获取交集靶点,利用DAVID或clusterProfiler进行GO和KEGG富集分析,并构建通路-靶点网络。
识别核心靶点。
使用STRING数据库构建PPI网络,在Cytoscape中进行拓扑分析,结合cytoHubba插件筛选核心靶点。
验证关键活性成分与核心靶点的结合亲和力。
从PubChem下载成分3D结构,从PDB获取靶点蛋白结构,使用AutoDock Vina进行分子对接,评估结合能。
验证MFXD及核心成分(槲皮素、木犀草素)对Aβ25–35诱导PC12细胞损伤的保护作用及机制。
建立Aβ25–35诱导的AD细胞模型,给予不同浓度槲皮素、木犀草素、MFXD含药血清或DHCL处理,通过CCK-8检测细胞活力,Western blot检测蛋白表达,ELISA检测TNF-α。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 30022.01 |
| 胎牛血清 | Gibco | FB25015 | |
| 青霉素-链霉素 | Invitrogen | -- | |
| 药物处理 | Aβ25–35肽 | Aladdin | A104154 |
| 盐酸多奈哌齐 | Aladdin | D108180 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Wanleibio | WLA074 |
| Western blot | MMP-9抗体 | Abcam | ab228402 |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | Elabscience | E-MSEL-M0002 |
| Western blot | p-NF-κB p65抗体 | CST | 3033 |
| NF-κB p65抗体 | CST | 3034 | |
| p-GSK-3β抗体 | Bioss | bs-0028R | |
| GSK-3β抗体 | Bioss | bs-0027R | |
| p-Tau抗体 | Bioss | bs-5571R | |
| Tau抗体 | Bioss | bs-0056R | |
| RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Boster | -- | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Boster | -- | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | 酶联生物 | MM-0132M1 |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 活性成分筛选 | OB≥30%,DL≥0.18;数据库版本 阅读提示:Materials and methods 2.1 |
| AD差异基因筛选 | 数据集GSE122063;|log(FC)|>0.5,调整后P<0.05 阅读提示:Materials and methods 2.2 |
| 分子对接 | 蛋白结构PDB ID;结合口袋坐标;结合能阈值 阅读提示:Materials and methods 2.7, Table 3 |
| 体外细胞实验 | PC12细胞株来源;Aβ25–35浓度250μM,处理4天;槲皮素浓度20,40,60μM;木犀草素浓度50,70,90μM;MFXD含药血清浓度5,10,15,20%;DHCL浓度50μM;处理时间24小时;CCK-8检测波长450nm 阅读提示:Materials and methods 2.8.1-2.8.4 |
| Western blot | 抗体稀释比例(如MMP9 1:1000);蛋白上样量;内参β-actin 阅读提示:Materials and methods 2.8.5 |
| ELISA | TNF-α检测试剂盒型号;样品稀释倍数 阅读提示:Materials and methods 2.8.6 |