获取不同成熟阶段的颗粒细胞和卵母细胞
建立体外成熟模型,获得猪和小鼠不同卵泡阶段的颗粒细胞和卵母细胞。
从猪卵巢抽取3-6mm卵泡获得pCOCs,进行体外成熟培养42-44小时,分离排卵期pGCs和MII卵母细胞;小鼠注射PMSG和hCG诱导超排,分别收集窦状卵泡期和排卵期的mGCs和卵母细胞。
Fosl2 facilitates chromatin accessibility to determine developmental events during follicular maturation.
包含体外猪卵母细胞-颗粒细胞培养、ATAC-seq/CUT&Tag/RNA-seq/scRNA-seq多组学、Fosl2敲低和GC特异性敲除小鼠体内验证等至少两个独立证据层级。
猪颗粒细胞(pGCs) 小鼠颗粒细胞(mGCs) Cyp19a1-Cre; Fosl2flox/flox条件敲除小鼠 猪卵母细胞-颗粒细胞复合体(pCOCs)
Fosl2在pGCs中的敲低效率及对GAA可及性和GDG表达的影响 GC特异性Fosl2敲除小鼠的构建验证(Cyp19a1-Cre; Fosl2flox/flox) 小鼠繁殖实验的配龄时间和产仔数记录(6个月连续交配) scRNA-seq中GC亚群的鉴定和比例变化(mural和atretic GCs) ATAC-seq和CUT&Tag文库制备的细胞数量和测序深度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立体外成熟模型,获得猪和小鼠不同卵泡阶段的颗粒细胞和卵母细胞。
从猪卵巢抽取3-6mm卵泡获得pCOCs,进行体外成熟培养42-44小时,分离排卵期pGCs和MII卵母细胞;小鼠注射PMSG和hCG诱导超排,分别收集窦状卵泡期和排卵期的mGCs和卵母细胞。
分析颗粒细胞在卵泡成熟过程中全基因组染色质可及性和启动子/增强子活性的变化。
对猪和小鼠颗粒细胞进行ATAC-seq、H3K4me3和H3K27ac CUT&Tag,鉴定差异开放区域(DARs),并分析其与基因表达的关系。
确定GAA邻近基因的功能特征,验证GAA对下游基因表达的调控作用。
通过GO和GREAT分析GAA和GIA相关基因,定义GDGs列表,验证GAA邻近基因表达变化,并用ChIP-qPCR验证H3K4me3水平。
确定Fosl2是否作为关键转录因子调控GAA活性及下游基因表达。
通过HOMER基序分析、Fosl2 CUT&Tag检测全基因组结合,并用siRNA敲低pGCs中Fosl2,进行ATAC-seq和RNA-seq分析GAA和GDG变化。
在体内验证Fosl2对生育力和卵巢功能的作用。
构建GC特异性Fosl2敲除小鼠(Fosl2cKO),进行连续交配实验、超排处理、卵巢组织学分析,并进行scRNA-seq分析GC亚群变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM-F12培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| β-雌二醇 | 文中未明确说明 | -- | |
| 孕马血清促性腺激素 | Sigma-Aldrich | 9002-70-4 | |
| 人绒毛膜促性腺激素 | Sigma-Aldrich | 9002-61-3 | |
| 表皮生长因子 | Sigma | -- | |
| 体外成熟培养基 | Gibco | 3110-035 | |
| 聚乙烯醇 | Sigma | P8136 | |
| 碳酸氢钠 | Sigma | S5761 | |
| D-葡萄糖 | Sigma | G7021 | |
| 庆大霉素 | Sigma | G1264 | |
| 半胱氨酸 | Sigma | C7352 | |
| 促黄体生成素 | Sigma | L5269 | |
| 促卵泡激素 | Sigma | F2293 | |
| 矿物油 | 文中未明确说明 | -- | |
| 透明质酸酶 | 文中未明确说明 | -- | |
| M2培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| IBMX | 文中未明确说明 | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 | |
| 组织学分析 | DAPI | 文中未明确说明 | -- |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | Thermo Fisher | 89901 |
| SDS上样缓冲液 | Beyotime | P0015L | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 脱脂牛奶 | 文中未明确说明 | -- | |
| Fosl2抗体 | CST | 19967 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| iBright成像系统 | Thermo Fisher | -- | |
| RNA提取和定量 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| SYBR Green I主混合物 | Roche | 04707516001 | |
| RNA-seq | Illumina RNA文库制备试剂盒 | NEB | E7770 |
| Novaseq 6000测序平台 | Novogene | -- | |
| ChIP-qPCR | H3K4me3抗体 | Abcam | ab8580 |
| H3K27ac抗体 | Abcam | ab4729 | |
| IgG抗体 | Proteintech | 30000-0-AP | |
| Protein A Sepharose珠浆 | Sigma-Aldrich | GE17-5280 | |
| scRNA-seq | Chromium单细胞3'文库和凝胶珠试剂盒v3 | 10x Genomics | 120237 |
| Chromium控制器 | 10x Genomics | -- | |
| ATAC-seq | Tn5转座体 | Vazyme | TD501 |
| AMPure磁珠 | Beckman Coulter | A63881 | |
| 高效核分离试剂盒 | SHBIO | 52009 | |
| CUT&Tag | 用于Illumina的CUT&Tag检测试剂盒 | Vazyme | TD903 |
| 免疫荧光染色 | FSHR抗体 | Proteintech | 22665 |
| MAPK1抗体 | Proteintech | 51068-1-AP | |
| FTO抗体 | Proteintech | 27226-1-AP | |
| INHBA抗体 | Bioss | bs-1774R | |
| GHR抗体 | Bioss | bs-0654R |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞获取与培养 | 猪卵泡直径、IVM培养基组成、培养时间;小鼠PMSG和hCG剂量、注射间隔和收集时间 阅读提示:Methods部分Collection of porcine cumulus-oocyte complexes和Maturation of porcine GCs and oocytes,以及The acquisition of mGCs and oocytes |
| ATAC-seq和CUT&Tag | 细胞数量、Tn5转座反应条件、PCR循环数、测序深度 阅读提示:Methods部分ATAC-seq library generation和CUT&Tag library generation |
| Fosl2敲低 | siRNA序列、转染试剂、转染时间、细胞培养条件 阅读提示:Methods部分RNA interference |
| 小鼠模型 | Cyp19a1-Cre小鼠和Fosl2flox/flox小鼠的繁殖策略、基因型鉴定方法 阅读提示:Methods部分Mice |
| 生育力测试和超排 | 交配持续时间、产仔数记录;超排处理中PMSG和hCG的剂量和注射时间 阅读提示:Methods部分Fertility test和The acquisition of mGCs and oocytes |
| scRNA-seq分析 | 样本数量(n=2/组)、细胞活力标准、文库制备试剂盒版本、测序深度、聚类参数 阅读提示:Methods部分scRNA-seq library preparation和Data analysis中的scRNA-seq data processing |