患者组织蛋白质组学筛选
鉴定与TNBC新辅助化疗敏感性相关的差异表达蛋白。
对接受卡铂和紫杉醇新辅助化疗的TNBC患者治疗前活检及治疗后手术组织进行4D-label free蛋白质组学分析,比较应答者(S)与非应答者(NS)的蛋白质表达差异。
THEM6 modulates carboplatin sensitivity by regulating ferroptosis through FDFT1 in triple-negative breast cancer.
研究整合患者组织蛋白质组学、细胞功能实验(CCK-8、集落形成、活死染色)、体内原位异种移植模型及机制验证(泛素化、CHX追踪、铁死亡指标检测),包含多层级实验证据。
MDA-MB-231细胞系 BT-549细胞系 MDA-MB-231原位异种移植瘤模型(BALB/c裸鼠) TNBC患者组织样本(包含44例石蜡样本和组织微阵列)
THEM6过表达增强卡铂敏感性(体内外验证) 铁死亡抑制剂Fer-1和Lip-1逆转THEM6效应 THEM6抑制FDFT1的K48连接泛素化并延长其半衰期 FDFT1敲低逆转THEM6诱导的铁死亡和卡铂敏感性 体内实验:原位异种移植模型,卡铂剂量50 mg/kg每周一次,共三周
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与TNBC新辅助化疗敏感性相关的差异表达蛋白。
对接受卡铂和紫杉醇新辅助化疗的TNBC患者治疗前活检及治疗后手术组织进行4D-label free蛋白质组学分析,比较应答者(S)与非应答者(NS)的蛋白质表达差异。
验证THEM6表达水平与TNBC患者预后及化疗反应的相关性。
对44例接受新辅助化疗的TNBC手术样本进行免疫组化染色,分析THEM6表达与应答状态及生存的关系;并使用组织微阵列分析THEM6表达与OS和PFS的相关性。
验证THEM6过表达对TNBC细胞卡铂敏感性的影响。
在MDA-MB-231和BT-549细胞中稳定过表达THEM6,用不同浓度或时间点的卡铂处理,通过CCK-8、集落形成和活死染色评估细胞活力。
验证THEM6过表达在体内对卡铂治疗肿瘤生长的影响。
将THEM6稳定过表达或对照的MDA-MB-231细胞原位植入BALB/c裸鼠乳腺脂肪垫,待肿瘤达约50 mm³后随机分组,给予卡铂或对照治疗,测量肿瘤体积和重量。
验证THEM6诱导铁死亡及其在卡铂敏感性中的作用。
使用铁死亡抑制剂(Fer-1、Lip-1)及凋亡、坏死、自噬抑制剂处理THEM6过表达细胞,评估细胞活力;检测铁离子、MDA、ROS水平及GPX4、SLC7A11、ACSL4蛋白表达;观察线粒体超微结构。
探究THEM6调控FDFT1的分子机制。
在THEM6过表达细胞中检测FDFT1 mRNA和蛋白质水平,通过CHX追踪分析蛋白半衰期,通过泛素化实验检测总泛素化及K48/K63连接泛素化水平。
验证FDFT1是否为THEM6诱导铁死亡和卡铂敏感性的关键下游因子。
在THEM6稳定过表达细胞中敲低FDFT1,评估细胞活力、集落形成、铁水平、MDA、ROS及铁死亡相关蛋白表达的变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 卡铂 | MedChemExpress (MCE) | HY-17393 |
| 紫杉醇 | MedChemExpress (MCE) | HY-B0015 | |
| 铁死亡抑制 | 铁抑素-1 | MedChemExpress (MCE) | HY-100579 |
| 脂氧素-1 | MedChemExpress (MCE) | HY-12726 | |
| 凋亡抑制 | Z-VAD-FMK | MedChemExpress (MCE) | HY-16658B |
| 坏死抑制 | 坏死抑素-1 | MedChemExpress (MCE) | HY-15760 |
| 自噬抑制 | 3-甲基腺嘌呤 | MedChemExpress (MCE) | HY-19312 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | MedChemExpress (MCE) | HY-K0301 |
| 活死染色 | Calcein AM/PI活死细胞染色试剂盒 | APExBIO | K2247 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成 | SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| 实时定量PCR | Power SYBR Green PCR预混液 | Takara | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | MedChemExpress (MCE) | HY-K1001 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MedChemExpress (MCE) | HY-K0010 | |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| SDS-PAGE | SDS-PAGE蛋白上样缓冲液 | Beyotime | D0071 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 |
| Pierce ECL化学发光底物 | Thermo Scientific | 32106 | |
| 脂质过氧化检测 | 脂质过氧化检测试剂盒 | Beyotime | S0131 |
| 铁离子检测 | 铁测定试剂盒 | Abcam | ab83366 |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Sigma | 35845 |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 聚凝胺 | -- | -- | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 泛素化实验 | MG-132 | -- | -- |
| 动物实验 | 过氧化氢检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| 抗体 | PGRMC1抗体 | Zen-bio | 122868 |
| THEM6抗体 | Bioss | bs-15296R | |
| FDFT1抗体 | Proteintech | 13128-1-AP | |
| GPX4抗体 | Huabio | ET1706-45 | |
| SLC7A11抗体 | Huabio | HA600098 | |
| ACSL4抗体 | Huabio | ET7111-43 | |
| V5标签抗体 | Proteintech | 14440-1-AP | |
| HA标签抗体 | Proteintech | 51064-2-AP | |
| Flag标签抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 质粒构建 | 慢病毒载体(THEM6, PGRMC1, 阴性对照) | GENERAL BIOL | -- |
| 基因敲低 | 靶向人FDFT1的shRNA慢病毒颗粒 | Origene | -- |
| 仪器 | 酶标仪 | PerkinElmer | -- |
| 荧光显微镜 | Axio Observer 3荧光显微镜 | Carl Zeiss Microimaging | -- |
| 实时定量PCR | ABI Prism 7000序列检测系统 | Applied Biosystems | -- |
| Western blot成像 | Image Lab软件 | Bio-Rad | -- |
| 图像分析 | ImageScope软件 | Leica Microsystems | -- |
| ImageJ软件 | -- | -- | |
| 统计与绘图 | GraphPad Prism软件 | GraphPad Software | -- |
| 质谱分析 | timsTOF Pro2质谱仪 | -- | -- |
| 组织微阵列 | TNBC组织芯片(WZ-TNBC1201) | Shanghai Outdo Biotech Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源、培养基成分、培养条件(如CO2浓度、温度)、卡铂浓度和处理时间。 阅读提示:Methods: Cell lines and reagents, Cell viability assay, Colony formation assay |
| 慢病毒转导 | 病毒包装系统、转染试剂、感染时polybrene浓度和筛选浓度(如嘌呤霉素)。 阅读提示:Methods: Lentiviral transduction |
| 铁死亡机制验证 | 铁死亡抑制剂浓度(如Fer-1、Lip-1)和处理时间,检测指标(铁、MDA、ROS、线粒体超微结构)。 阅读提示:Methods: ROS measurement, Ferrous iron measurement, Malondialdehyde measurement, Transmission electron microscope assay |
| 动物实验 | 细胞接种数量、小鼠品系及周龄、卡铂剂量和给药频率、肿瘤体积测量时间和计算公式。 阅读提示:Methods: Xenograft mouse model |
| 蛋白质泛素化分析 | MG-132浓度和处理时间,泛素化检测所用抗体,CHX浓度及取样时间点。 阅读提示:Methods: Western blot and ubiquitination assays, Cycloheximide (CHX) Chase assay |