检测类泛素化通路在纤维化肾脏中的表达
明确NAE1和NEDD8在糖尿病或梗阻性肾病模型及患者样本中的表达变化。
通过Western blot、免疫荧光和免疫组化检测STZ和UUO小鼠肾脏及人CKD标本中NAE1、NEDD8和纤维化标志物(collagen I、α-SMA)的表达。
Neddylation of RhoA impairs its protein degradation and promotes renal interstitial fibrosis progression in diabetic nephropathy.
包含体外细胞模型(HK-2)、两种动物模型(STZ和UUO)、患者样本、IP-MS机制验证及功能回复实验。
HK-2人肾小管上皮细胞 HEK293T细胞 STZ诱导的糖尿病小鼠模型 UUO小鼠模型
糖尿病小鼠模型:STZ 50 mg/kg连续5天腹腔注射,16周后检测 UUO小鼠模型:左输尿管结扎,术后第2天开始隔日腹腔注射MLN4924(60 mg/kg),共3次 AAV9-NAE1 shRNA尾静脉注射剂量5×10^12病毒基因组/只,糖尿病诱导成功后2周注射 细胞实验:TGF-β1(2或4 ng/mL)、MLN4924(10 μmol/L)、MG132(2 μmol/L)、Narciclasine(0.1 μmol/L)处理时间及浓度 CHX追逐实验:CHX 50 μg/mL处理不同时间检测RhoA半衰期
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确NAE1和NEDD8在糖尿病或梗阻性肾病模型及患者样本中的表达变化。
通过Western blot、免疫荧光和免疫组化检测STZ和UUO小鼠肾脏及人CKD标本中NAE1、NEDD8和纤维化标志物(collagen I、α-SMA)的表达。
评估抑制NAE1能否减轻高糖或TGF-β1诱导的HK-2细胞纤维化反应。
使用MLN4924或siRNA敲低NAE1,检测collagen I、α-SMA及炎症因子IL-6、MCP-1的表达。
评估NAE1基因敲低或药理学抑制能否减轻小鼠肾损伤和纤维化。
STZ糖尿病小鼠尾静脉注射AAV9-shNAE1,UUO小鼠腹腔注射MLN4924,通过组织学染色、Western blot和生化指标评估。
寻找类泛素化的底物蛋白并验证NEDD8与RhoA的相互作用。
通过Co-IP/MS鉴定HK-2细胞中与NEDD8结合的蛋白,并通过外源和内源Co-IP验证NEDD8-RhoA相互作用。
确定类泛素化是否通过抑制泛素化降解来稳定RhoA蛋白。
CHX追逐实验检测MLN4924处理后RhoA半衰期;MG132处理观察对降解的阻断;检测类泛素化和泛素化水平变化。
确定RhoA是否介导类泛素化促进纤维化的效应。
在HK-2细胞中过表达NEDD8或使用RhoA激活剂Narciclasine,检测RhoA表达及纤维化标志物变化;观察NAE1敲低对RhoA水平的影响。
确定类泛素化通过何种信号通路促进纤维化。
RNA-seq分析MLN4924处理的HK-2细胞差异基因和KEGG通路;Western blot检测ERK1/2、JNK、p38磷酸化水平;体内验证pERK1/2变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 抗体 | 抗NAE1抗体 | Bioss | bs-12503R |
| 抗NEDD8抗体 | Cell Signaling Technology | 2754 | |
| 抗p44/42 MAPK (ERK1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗磷酸化p44/42 MAPK (pERK1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗F4/80抗体 | Abcam | ab111101 | |
| 抗α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Proteintech | A7248 | |
| 抗I型胶原蛋白抗体 | Proteintech | A5786 | |
| 抗RhoA抗体 | Proteintech | 10749-1-AP | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Affinity | BF0219 | |
| 抗磷酸化p38 MAPK抗体 | Affinity | AF4001 | |
| 抗p38 MAPK抗体 | Affinity | AF6456 | |
| 抗磷酸化JNK1/2/3抗体 | Affinity | AF3318 | |
| 抗JNK1/2/3抗体 | Affinity | AF6318 | |
| 抗I型胶原蛋白抗体 | Affinity | AF7001 | |
| 抗III型胶原蛋白抗体 | Affinity | BF9208 | |
| 糖尿病建模 | 链脲佐菌素 | -- | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青链霉素 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 人重组转化生长因子-β1 | PeproTech | 100-21C |
| 药物处理 | MLN4924 | MCE | HY-70062 |
| MG132 | MCE | HY-13259 | |
| 水仙环素 | MCE | HY-16563 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| 蛋白质分析 | 免疫共沉淀缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 质谱分析 | Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Scientific | -- |
| 体内基因递送 | AAV9-shRNA载体 | WZ Biosciences Inc | -- |
| 细胞培养 | HK-2细胞 | Cellcook | -- |
| HEK293T细胞 | American Type Culture Collection | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 糖尿病小鼠模型建立 | STZ剂量(50 mg/kg)、给药方式(腹腔注射)、连续天数(5天)、禁食血糖标准(>16.7 mmol/L)、观察周期(16周) 阅读提示:Materials and methods 中 'Diabetes modeling' 部分 |
| UUO小鼠模型建立及MLN4924处理 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(8-10周)、手术方式(左输尿管结扎)、MLN4924剂量(60 mg/kg)、给药频率(隔日一次,共3次)、取材时间(7天后) 阅读提示:Materials and methods 中 'Unilateral ureteral obstruction (UUO) mice model' 部分 |
| AAV9介导的NAE1敲低 | AAV9-shRNA滴度(8.5×10^13病毒基因组/mL)、注射剂量(5×10^12病毒基因组/只)、注射途径(尾静脉)、注射时间(糖尿病诱导成功后2周)、分组及样本量(Ctrl:5, NAE1 AAV:5, DM:6, NAE1 AAV+DM:6) 阅读提示:Materials and methods 中 'AAV9 injection' 部分及图4图注 |
| 体外细胞实验 | HK-2细胞培养条件(DMEM/F12+10%FBS)、高糖浓度(30 mmol/L)、TGF-β1浓度(2或4 ng/mL)、MLN4924浓度(10 μmol/L)、MG132浓度(2 μmol/L)、Narciclasine浓度(0.1 μmol/L)、处理时间 阅读提示:Materials and methods 中 'Cell culture and treatment' 部分 |
| CHX追逐实验 | CHX浓度(50 μg/mL)、处理时间点、Western blot检测RhoA蛋白水平 阅读提示:Materials and methods 中 'Cycloheximide (CHX) chase assays' 部分 |