生物信息学筛选候选基因
筛选影响PC进展的潜在治疗靶点,重点关注RBM家族基因。
基于GEPIA数据库PAAD数据集分析差异表达基因,进行KEGG和GO富集分析;通过GSCA数据库分析RBM家族基因与NK细胞浸润的相关性,并利用TNMplot进行泛癌分析,最终选定RBM47。
RBM47 promotes cell proliferation and immune evasion by upregulating PDIA6: a novel mechanism of pancreatic cancer progression.
包含生物信息学分析、体外细胞实验(CCK-8、EdU、集落形成、共培养)、体内异种移植模型、RIP、双荧光素酶报告、代谢组学等多层级证据,并进行了功能验证和机制验证。
SW1990人胰腺癌细胞系 AsPC-1人胰腺癌细胞系 NK-92人NK细胞系 BALB/c裸鼠皮下异种移植模型
RBM47表达水平通过Dox诱导的慢病毒载体调控,需验证敲减和过表达效率。 NK-92细胞与PC细胞共培养的效靶比(E:T)为2:1、1:1、1:2。 RBM47与PDIA6 3'-UTR结合,通过RIP和双荧光素酶报告实验验证。 PDIA6过表达是否逆转RBM47敲减的表型,通过救援实验验证。 肿瘤体积测量时间点(第9天至第30天,每3天一次)和Dox给药方式(饮水1 mg/ml)。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选影响PC进展的潜在治疗靶点,重点关注RBM家族基因。
基于GEPIA数据库PAAD数据集分析差异表达基因,进行KEGG和GO富集分析;通过GSCA数据库分析RBM家族基因与NK细胞浸润的相关性,并利用TNMplot进行泛癌分析,最终选定RBM47。
验证RBM47在PC组织中的表达及其与临床病理特征的关系。
收集PC患者石蜡组织,通过IHC染色评估RBM47表达,并按评分分组分析其与临床特征的关系。
检测RBM47对PC细胞增殖的影响。
构建Dox诱导的RBM47过表达或敲减的SW1990和AsPC-1细胞,分别通过CCK-8、EdU掺入和集落形成实验检测细胞增殖能力。
验证RBM47对PC细胞体内肿瘤生长的影响。
将RBM47过表达或敲减的PC细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,通过饮用水中添加Dox诱导表达,定期测量肿瘤体积,并通过免疫荧光检测Ki67评估增殖。
检测RBM47对PC细胞免疫逃逸的影响。
将PC细胞与NK-92细胞共培养,通过CCK-8、LDH释放、ELISA检测细胞因子分泌、免疫荧光检测F-actin积累,以及Western blot检测CTTN和PD-L1表达。
验证RBM47是否结合PDIA6 mRNA并调控其表达。
通过RIP实验检测RBM47与PDIA6 mRNA的结合;通过双荧光素酶报告实验检测RBM47对PDIA6 3'-UTR转录活性的影响;通过放线菌素D处理检测PDIA6 mRNA稳定性。
验证PDIA6是否介导RBM47的作用。
在RBM47敲减的PC细胞中过表达PDIA6,然后检测细胞增殖、NK细胞杀伤和CTTN/PD-L1表达。
探究RBM47敲减对PC细胞代谢物的影响。
对RBM47敲减的PC细胞进行非靶向代谢组学分析,通过PCA和OPLS-DA分析代谢物变化,并鉴定差异代谢物及富集通路。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | RBM47抗体 | Bioss | bs-19774 |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Solarbio | SE134 | |
| 细胞培养 | Leibovitz L-15培养基 | Procell | PM151010 |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| MEM α培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 马血清 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 多西环素 | -- | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂盒 | KeyGEN | KGA317 |
| EdU实验 | E-Click EdU细胞增殖流式细胞术检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A370 |
| 集落形成 | 瑞氏-吉姆萨染色 | KeyGEN | KGA227 |
| qRT-PCR | TRIzol | BioTeke | RP1001 |
| BeyoRT II M-MLV逆转录酶 | Beyotime | D7160L | |
| SYBR Green | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| ECL发光液 | Solarbio | PE0010 | |
| RBM47抗体 | Bioss | bs-19774 | |
| CTTN抗体 | Proteintech | 11381-1-AP | |
| PDIA6抗体 | ABclonal | A7055 | |
| PD-L1抗体 | Proteintech | 17952-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG | Solarbio | SE134 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 山羊抗小鼠IgG | Solarbio | SE131 | |
| Co-IP | 非变性裂解液 | Solarbio | R0030 |
| AminoLink偶联树脂 | Pierce | -- | |
| Pierce离心柱 | Pierce | -- | |
| CTTN抗体 | Proteintech | 11381-1-AP | |
| F-actin抗体 | Abcam | ab205 | |
| ELISA | 人IFN-γ ELISA试剂盒 | Liankebio | EK180 |
| 人颗粒酶B ELISA试剂盒 | Liankebio | EK158 | |
| 人MIP-1α ELISA试剂盒 | Liankebio | EK161 | |
| PD-1/PD-L1结合实验 | 异硫氰酸荧光素 | Macklin | I6141 |
| FITC标记的PD-1 | Med Chem Express | HY-P73344 | |
| 免疫荧光 | TRITC标记的鬼笔环肽 | Solarbio | CA1610 |
| DAPI染料 | -- | -- | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Solarbio | S2100 | |
| Ki67抗体 | ABclonal | A20018 | |
| NK细胞共培养 | CellTracker Red CMTPX染料 | Maokangbio | MX4109 |
| F-actin抗体 | Abcam | ab205 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00003-1 | |
| RIP | EZ-Magna RIP™ RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | 17-701 |
| 双荧光素酶报告实验 | DMEM培养基 | Servicebio | G4510 |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | KeyGEN | KGAF040 | |
| 显微镜 | BX53显微镜 | OLYMPUS | BX53 |
| IX53显微镜 | OLYMPUS | IX53 | |
| flow cytometry | NovoCyte流式细胞仪 | Agilent | -- |
| microplate reader | 800TS酶标仪 | BioTek | 800TS |
| Synergy H1酶标仪 | BioTek | Synergy H1 | |
| spectrophotometer | NANO2000分光光度计 | Thermo Fisher | NANO2000 |
| PCR | Exicycler 96荧光定量PCR仪 | BIONEER | Exicycler 96 |
| 免疫荧光 | 共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | SW1990细胞用L-15培养基,AsPC-1细胞用RPMI-1640,NK-92细胞用MEM α;均添加特定血清;培养条件(温度、CO2浓度)需一致。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| RBM47敲减/过表达 | 使用Dox诱导的慢病毒载体,Dox浓度1 μg/ml,处理时间24或48小时;嘌呤霉素筛选浓度2 μg/ml。 阅读提示:Methods: Construction of recombinant plasmids, and Results section 'RBM47 promoted cell proliferation of PC cells' |
| 细胞增殖实验 | CCK-8实验细胞密度5×10^3/孔,检测时间0-72小时;EdU实验使用流式检测;集落形成实验300细胞/皿,培养2周。 阅读提示:Methods: Cell proliferation |
| NK细胞杀伤实验 | 效靶比(E:T):2:1, 1:1, 1:2;Dox处理48小时;LDH释放实验和ELISA检测。 阅读提示:Methods: LDH release assay, ELISA; Results section 'RBM47 facilitates the evasion of PC cells...' |
| 体内异种移植 | BALB/c裸鼠(6周龄),细胞注射量1×10^7/只,Dox饮水给药浓度1 mg/ml,肿瘤体积测量时间点(第9天至第30天,每3天一次)。 阅读提示:Methods: Xenograft tumor model |
| RBM47与PDIA6相互作用 | RIP实验使用EZ-Magna RIP试剂盒;双荧光素酶报告实验使用pGL3-Basic载体和293T细胞;放线菌素D处理浓度未明确,处理时间0-8小时。 阅读提示:Methods: RIP, Luciferase reporter assay |
| 代谢组学 | Dox处理48小时后收集细胞;差异代谢物筛选阈值VIP>1, p<0.05, FC≥2或≤0.5。 阅读提示:Methods: Untargeted metabolomics analysis |