临床样本和数据库分析P2Y14R表达
评估P2Y14R在IBD患者肠上皮中的表达水平
分析GEO数据集(GSE38713, GSE75214, GSE16879)中P2ry14表达,并对UC、CD患者和健康对照结肠组织进行免疫荧光染色。
Targeting P2Y14R protects against necroptosis of intestinal epithelial cells through PKA/CREB/RIPK1 axis in ulcerative colitis.
包含基因敲除小鼠模型、细胞系、类器官和患者样本多个证据层级,且进行了功能验证和机制验证,涵盖体内外实验。
肠上皮细胞特异性P2Y14R敲除小鼠(P2Y14RΔIEC) HT-29人肠上皮细胞系 HCT-116人肠上皮细胞系 小鼠小肠类器官 溃疡性结肠炎患者结肠组织
P2Y14R在肠上皮细胞中的表达水平(通过免疫荧光、RT-qPCR、Western blot验证) DSS诱导的结肠炎模型(3% DSS,7天) TSZ(TNF-α+Smac mimetic+z-VAD)诱导的坏死性凋亡模型 P2Y14R拮抗剂HDL-16的给药剂量(低剂量10 μM,高剂量20 μM,100 μl/只)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估P2Y14R在IBD患者肠上皮中的表达水平
分析GEO数据集(GSE38713, GSE75214, GSE16879)中P2ry14表达,并对UC、CD患者和健康对照结肠组织进行免疫荧光染色。
验证肠上皮特异性P2Y14R敲除对DSS诱导结肠炎的影响
生成P2Y14RΔIEC小鼠,给予3% DSS诱导急性结肠炎,评估体重、疾病活动指数、结肠长度、通透性、脾指数和组织学损伤。
研究P2Y14R对肠上皮细胞坏死性凋亡的调控作用
在HT-29和HCT-116细胞中敲低或过表达P2Y14R,用TSZ诱导坏死性凋亡,检测细胞活力、PI染色、p-MLKL水平。同时用P2Y14Rfl/fl和P2Y14RΔIEC小鼠来源的类器官验证。
阐明P2Y14R调控Ripk1转录的分子机制
检测cAMP水平、PKA/CREB磷酸化、CREB与Ripk1启动子结合,以及抑制剂SQ22536、H-89、666-15对坏死性凋亡的影响。
验证内源性配体UDPG对P2Y14R介导的坏死性凋亡的作用
在细胞和类器官中预孵育UDPG后用TSZ诱导坏死性凋亡,并评估Nec-1s和GSK'872的抑制效果。在体内,对DSS处理小鼠直肠给予UDPG。
发现并优化P2Y14R小分子拮抗剂
通过分子动力学模拟、MM/GBSA计算、虚拟筛选和化学优化获得化合物HDL-16,并通过cAMP功能实验、细胞毒性、荧光探针、pull-down和CETSA验证其靶向性。
评估HDL-16对DSS诱导结肠炎的治疗效果
对DSS处理的WT小鼠给予HDL-16或PPTN,评估体重、DAI、结肠长度、组织学、通透性、坏死性凋亡标志物以及CREB结合。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 葡聚糖硫酸钠 | MP Biomedicals | 36-50 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 类器官培养 | 基质胶 | BD Bioscience | 356234 |
| 肠类器官培养基 | Stemcell Technologies | 06005 | |
| 坏死性凋亡诱导 | 肿瘤坏死因子-α | MCE | HY-P70426A |
| z-VAD-fmk | MCE | HY-16658B | |
| Smac模拟物(BV6) | MCE | HY-16701 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 坏死性凋亡检测 | 碘化丙啶 | -- | -- |
| Hoechst染料 | -- | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK8试剂盒 | -- | -- |
| 肠道通透性检测 | FITC-葡聚糖 | Sigma | FD4, |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| RIPK1抗体 | Proteintech | 17519-1-AP | |
| MLKL抗体 | GeneTex | GTX107538-100 | |
| RIPK3抗体 | Proteintech | 17563-1-AP | |
| p-MLKL抗体 | Abcam | EPR9514 | |
| PKA抗体 | Bioss | bs-0520R | |
| p-PKA抗体 | Cell Signaling | 9621 | |
| CREB抗体 | Affinity | AF6188 | |
| p-CREB抗体 | Affinity | AF3189 | |
| P2Y14R抗体 | Bioss | bs-12028R | |
| GSDMD抗体 | Abcam | ab209845 | |
| Caspase1 p20抗体 | Bioss | bs-10442R | |
| Bcl-2抗体 | Bioss | bs-0032R | |
| Bax抗体 | Affinity | AF0120 | |
| Caspase-3 p17抗体 | Cell Signaling Technology | 9664 | |
| β-actin抗体 | Bioss | bs-0061R | |
| GAPDH抗体 | Bioss | BS-2188R | |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Bioss | Bs-0295G | |
| 山羊抗小鼠IgG二抗 | Bioss | Bs-0296G | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Thermo | -- |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Abm | 480 | |
| SYBR Green实时定量PCR预混液 | Vazyme | Q331-02 | |
| ChIP-qPCR | EZ ChIP试剂盒 | Millipore | 17-371 |
| 免疫荧光 | Claudin-1抗体 | Bioss | bs-10011R |
| Occludin抗体 | Bioss | DF6919 | |
| ZO-1抗体 | Affinity | AF5145 | |
| EpCAM抗体 | AiFang | AF04654 | |
| P2Y14R抗体 | Invitrogen | PAS-103202 | |
| 山羊抗鼠IgG二抗(Alexa Fluor 555) | Abcam | ab150114 | |
| 山羊抗兔IgG二抗(Alexa Fluor 488) | Abcam | ab150077 | |
| DAPI染色液 | Solarbio | S2110 | |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz | Sc-2003 |
| TUNEL染色 | 细胞凋亡检测试剂盒 | Roche | 11684817910 |
| TEM | 电子显微镜 | Jeol | JEM |
| 超薄切片机 | Leica | UCT6 | |
| 显微镜 | 荧光显微镜 | Olympus | BX53 |
| 共聚焦显微镜 | 共聚焦显微镜 | Zeiss | LSM |
| 酶标仪 | 多功能酶标仪 | BioTek | Cytation5 |
| 切片扫描 | NanoZoomer S60数字切片扫描仪 | Hamamatsu | C13210-01 |
| 化合物 | HDL-16 | -- | -- |
| PPTN | -- | -- | |
| UDP-葡萄糖 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| DSS诱导的急性结肠炎模型 | DSS浓度(3% w/v)、分子量(36-50 kDa)、处理时长(7天)、小鼠品系(C57BL/6J)、性别(雄性)、周龄(7-8周) 阅读提示:见Methods 'Induction and assessment of experimental (acute) colitis' |
| 坏死性凋亡诱导(细胞) | TSZ组成(TNF-α 20 ng/mL、Smac mimetic BV6 2 μM、z-VAD-fmk 20 μM)、处理时间(8小时)、细胞系(HT-29、HCT-116) 阅读提示:见Methods 'Necroptosis induction and cell death analysis' |
| 类器官坏死性凋亡诱导 | Matrigel用量、Intesticult培养基、TSZ处理时间(12小时)、PI染色浓度(50 μg/mL)和时间(20分钟) 阅读提示:见Methods 'Organoid culture and live imaging' |
| P2Y14R拮抗剂给药 | HDL-16剂量(低10 μM,高20 μM,100 μl/只)、PPTN剂量(20 μM,100 μl/只)、给药方式(直肠给药)、溶剂(0.1% DMSO的生理盐水) 阅读提示:见Methods 'Administration' |
| 信号通路抑制剂处理 | SQ22536(腺苷酸环化酶抑制剂)、H-89(PKA抑制剂)、666-15(CREB抑制剂)的使用浓度和处理时间 阅读提示:见Results相关部分及Methods;具体浓度文中未明确说明 |