动物模型表型验证
验证Fscn2敲除小鼠的听力损失和耳蜗细胞退化表型
通过ABR、DPOAE和HE染色检测Fscn2+/+和Fscn2-/-小鼠不同周龄的听力和螺旋神经节神经元密度。
Inhibition of the ILK-AKT pathway by upregulation of PARVB contributes to the cochlear cell death in Fascin2 gene knockout mice.
研究包含动物模型(Fscn2敲除小鼠)、细胞模型(HEI-OC1)、微阵列分析、功能验证(增殖/迁移)、机制验证(蛋白互作、核转位),多个独立证据层级。
Fscn2基因敲除小鼠(Fscn2-/-) HEI-OC1小鼠听觉细胞系 螺旋神经节神经元(SGN)
Fscn2敲除小鼠内耳中PARVB上调、p-AKT下调(Western blot、免疫荧光、免疫组化) HEI-OC1细胞中Fscn2敲低或过表达对细胞增殖和迁移的影响(CCK-8、Transwell) FSCN2与PPAR-γ的结合及核转位(免疫共沉淀、核质分离) GW9662处理对PARVB及下游蛋白的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证Fscn2敲除小鼠的听力损失和耳蜗细胞退化表型
通过ABR、DPOAE和HE染色检测Fscn2+/+和Fscn2-/-小鼠不同周龄的听力和螺旋神经节神经元密度。
鉴定Fscn2敲除小鼠内耳中差异表达基因
对8周龄Fscn2+/+和Fscn2-/-小鼠内耳总RNA进行微阵列分析(GSE252226),筛选差异表达基因并进行GO和KEGG富集分析。
验证PARVB及其相关通路蛋白在体内的表达变化
通过qRT-PCR、Western blot、免疫荧光和免疫组化检测Fscn2-/-小鼠内耳中PARVB、ILK、p-ILK、AKT、p-AKT、cleaved-Caspase9和Bcl-2的表达。
验证Fscn2表达变化对HEI-OC1细胞增殖、迁移和蛋白表达的影响
在HEI-OC1细胞中通过慢病毒感染敲低Fscn2或过表达Fscn2,以及敲低Parvb,用CCK-8、Transwell检测细胞增殖和迁移,用Western blot检测相关蛋白表达。
探究Fscn2敲低对Rac1和Cdc42活性的影响
用PAK-GST蛋白珠子拉下GTP-Rac1和GTP-Cdc42,通过Western blot检测活性形式水平。
验证FSCN2是否通过抑制PPAR-γ核转位调控PARVB表达
用免疫共沉淀检测FSCN2与PPAR-γ的结合,核质分离检测PPAR-γ亚细胞定位,并用GW9662抑制PPAR-γ后检测PARVB及下游蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取纯化 | RNeasy试剂盒 | QIAGEN | -- |
| cDNA合成 | Transcriptor第一链cDNA合成试剂盒 | Roche | 04896866001 |
| qPCR | SYBR Green PCR预混试剂盒 | Roche | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 磷酸化蛋白检测 | 磷酸酶抑制剂 | Roche | 04906845001 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 |
| Western blot | ECL检测系统 | Novland | NCL5079 |
| 抗Fascin2抗体 | Abcam | ab232768 | |
| 抗PARVB抗体 | Proteintech | 14463-1-AP | |
| 抗PPARγ抗体 | Abcam | ab45036 | |
| 免疫荧光 | 抗β-Parvin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374581 |
| Western blot | 抗AKT抗体 | Proteintech | 10176-2-AP |
| 抗p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | #4060S | |
| 抗ILK抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-20019 | |
| 抗ILK抗体 | Proteintech | 12955-1-AP | |
| 抗p-ILK抗体 | Bioss | bs-5444R | |
| 抗Caspase9抗体 | Cell Signaling Technology | 9504 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Proteintech | 26593-1-AP | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab8227 | |
| 抗Lamin B抗体 | Wanleibio | WL01775 | |
| 山羊抗兔IgG-HRP | Abcam | ab97051 | |
| 山羊抗小鼠IgG-HRP | Absin | abs20001 | |
| 免疫组化 | 抗p-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060s |
| 免疫荧光 | 抗PARVB抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374581 |
| 荧光二抗 | Abcam | ab150113 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| 胎牛血清 | Pricella | 164210 | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 细胞存活检测 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | BS350B |
| 细胞迁移 | Transwell小室(8.0µm孔径) | Corning | CLS3464 |
| 结晶紫溶液 | Solarbio | C8470 | |
| 药物处理 | GW9662 | MedChemExpress | HY-16578 |
| 免疫共沉淀 | 抗Flag亲和凝胶 | -- | -- |
| 核质分离 | 核质蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0027 |
| Rac1/Cdc42活性 | Rac1/Cdc42激活检测组合试剂盒 | Cell Biolabs | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism 9.0 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J背景),Fscn2基因敲除(TALEN技术),年龄范围4-40周,样本量(Fscn2-/- 112, WT 101) 阅读提示:Materials and methods: Mice |
| 微阵列分析 | 样本量(每组3个),RNA质量(RIN≥8.0),差异筛选标准(FC≥2.0, P≤0.05) 阅读提示:Materials and methods: Microarray analysis |
| 细胞培养 | HEI-OC1细胞培养条件(33°C, 10% CO2),DMEM+10% FBS,无抗生素 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 基因敲低/过表达 | 慢病毒载体(pLV3-H1-GFP-TA2-puro-shRNA-Parvb),感染复数(MOI),嘌呤霉素筛选浓度(5μg/ml),筛选时间(1周) 阅读提示:Materials and methods: Infection of HEI-OC1 cells with Parvb-shRNA-lentivirus |
| 药物处理 | GW9662浓度(1,5,10μM),处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods: Drug treatment |