斑马鱼肥胖表型分析
验证Bmp8a缺失对体重、脂肪积累和肝脏脂肪变性的影响
对野生型和bmp8a-/-斑马鱼进行高脂饮食喂养,测量体重,观察内脏脂肪形态,进行肝脏油红O染色,检测肝脏TG和TC含量,并使用尼罗红染色幼虫进行脂肪成像。
Bmp8a deletion leads to obesity through regulation of lipid metabolism and adipocyte differentiation.
包含斑马鱼体内模型和3T3-L1细胞体外模型,并进行了功能验证(体重、脂肪含量)和机制验证(AMPK/ACC、Smad2/3、NF-κB通路)等至少两个独立证据层级。
斑马鱼bmp8a-/-模型 3T3-L1前脂肪细胞 ZFL斑马鱼肝细胞
斑马鱼品系:AB野生型和bmp8a-/-敲除系,TALENs技术构建 饮食:高脂饮食(HFD)喂养,用于诱导体重增加和脂肪肝 细胞系:3T3-L1(ATCC),HEK293T(ATCC),ZFL(中国斑马鱼资源中心) 分化诱导:MDI混合物(胰岛素1μg/ml、地塞米松0.25μM、IBMX 0.5mM)处理48小时,随后胰岛素处理2天 抑制剂浓度:Smad1/5/8抑制剂DMH1和Smad2/3抑制剂TP0427736 HCl均为5μM
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证Bmp8a缺失对体重、脂肪积累和肝脏脂肪变性的影响
对野生型和bmp8a-/-斑马鱼进行高脂饮食喂养,测量体重,观察内脏脂肪形态,进行肝脏油红O染色,检测肝脏TG和TC含量,并使用尼罗红染色幼虫进行脂肪成像。
探究Bmp8a缺失对脂肪酸氧化相关基因和信号通路的影响
通过qPCR检测肝脏和脂肪组织中脂代谢相关基因的表达,通过Western blot检测AMPK、ACC磷酸化水平及Ucp1、Pgc-1α蛋白水平,并在ZFL细胞中过表达Bmp8a验证p38 MAPK通路。
验证Bmp8a对脂肪细胞分化的抑制作用
使用MDI混合物和胰岛素诱导3T3-L1细胞分化,在分化过程中检测Bmp8a表达;过表达或敲低Bmp8a,通过油红O染色和qPCR检测分化标志物表达。
确定Bmp8a抑制分化所依赖的信号通路和受体
通过Western blot检测Smad和MAPK通路磷酸化;使用Smad1/5/8抑制剂DMH1和Smad2/3抑制剂TP0427736 HCl处理细胞,观察脂质积累;通过荧光素酶报告基因检测BRE和CAGA活性;使用显性负突变体(Alk3-ΔGS、Alk4-ΔGS、Alk5-ΔGS)验证受体作用。
验证Smad2/3是否直接结合Pparγ启动子并抑制其转录
使用JASPAR预测Pparγ启动子上的Smad2/3结合位点,构建野生型和突变型荧光素酶报告基因,在HEK293T细胞中检测Bmp8a对Pparγ启动子活性的影响。
探索Bmp8a影响的其他信号通路,尤其是免疫相关通路
对过表达斑马鱼或小鼠Bmp8a的3T3-L1细胞进行RNA-seq,分析差异表达基因和KEGG通路富集;通过Western blot验证NF-κB通路激活(p-IKKα/β、p-p65);通过Co-IP验证p65与PPARγ相互作用;通过荧光素酶报告基因验证PPARγ对Fabp4启动子的激活以及p65的抑制作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 改良杜氏伊格尔培养基 | VivaCell | C3113-0500 |
| 胎牛血清 | Gibco | 26140-097 | |
| DMEM/F-12培养基 | -- | -- | |
| 分化诱导 | 胰岛素 | beyotime | P3376 |
| 地塞米松 | Sigma-Aldrich | D4902 | |
| 异丁基甲基黄嘌呤 | Sigma-Aldrich | SI-I7018 | |
| 慢病毒包装 | 慢病毒载体pLVX-mCMV-ZsGreen1-Puro | Youbio | VT8138 |
| 慢病毒载体pLVX-shRNA2 | Youbio | VT1457 | |
| pMD2.G包装质粒 | Addgene | 12259 | |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| FuGENE HD转染试剂 | Promega | E2311 | |
| 慢病毒浓缩试剂盒 | Yeasen | 41101ES50 | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Solarbio | P8230 |
| 质粒构建 | Mut Express II快速诱变试剂盒V2 | Vazyme | C214-01 |
| 麻醉 | 三卡因 | Sigma-Aldrich | E10521 |
| 包埋 | OCT包埋剂 | Leica | 03803389 |
| 切片 | 冷冻切片机CM1950 | Leica | CM1950 |
| 染色 | 油红O | Solarbio | G1260 |
| 血液采集 | 肝素化毛细管 | Kimble | 41B2501 |
| 血清生化分析 | 全自动生化分析仪SMT-120VP | Seamaty | SMT-120VP |
| 生化检测 | 甘油三酯比色法试剂盒 | Elabscience Biotechnology | E-BC-K261-M |
| 总胆固醇比色法试剂盒 | Elabscience Biotechnology | E-BC-K109-M | |
| 蛋白提取 | NP-40裂解液 | Beyotime | P0013F |
| 免疫沉淀 | 蛋白A+G琼脂糖 | Beyotime | P2055 |
| 免疫印迹 | Omni-ECL Femto光化学发光试剂盒 | Epizyme | SQ201 |
| 荧光Western blot成像系统ChampChemi 610 plus | Sagecreation | ChampChemi 610 plus | |
| 抗体 | 抗p-Smad1/5/8抗体 | Affinity Biosciences | AF8313 |
| 抗Smad1/5/8抗体 | Affinity Biosciences | AF0614 | |
| 抗PPARγ抗体 | Affinity Biosciences | bs-4590R | |
| 抗UCP1抗体 | Affinity Biosciences | 72298 | |
| 抗HA标签抗体 | Beyotime | AH158 | |
| 抗Flag标签抗体 | Beyotime | AF519 | |
| 抗p-ACC抗体 | Sangon Biotech | D155180 | |
| 抗ACC抗体 | Sangon Biotech | D155300 | |
| 抗BMP8A抗体 | Abcam | 154373 | |
| 抗p-AMPK抗体 | ZenBio | R26252 | |
| 抗AMPK抗体 | ZenBio | 380431 | |
| 抗PGC-1α抗体 | ZenBio | 381615 | |
| 山羊抗兔IgG HRP二抗 | CWBIO | CW0103S | |
| 山羊抗小鼠IgG HRP二抗 | CWBIO | CW0102 | |
| 抗p38 MAPK抗体 | Bioss | bs-0637R | |
| 抗p-p38 MAPK抗体 | Bioss | bs-2210R | |
| 抗β-actin抗体 | Bioss | bs-0061R | |
| 抗p-JNK抗体 | Bioss | bs-1640R | |
| 抗JNK抗体 | Bioss | bs-2592R | |
| 抗C/EBPα抗体 | Bioss | AF6333 | |
| 抗p-Smad2/3抗体 | Bioss | AF3367 | |
| 抗Smad2/3抗体 | Bioss | AF6367 | |
| 抗p-ERK1/2抗体 | Bioss | AF1015 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Bioss | AF0155 | |
| 抗p-p65抗体 | Bioss | AF2006 | |
| 抗p65抗体 | Bioss | AF5006 | |
| 抗p-IKKα/β抗体 | Bioss | AF3013 | |
| 抗IKKα/β抗体 | Bioss | AF6014 | |
| 药物处理 | DMH1 | Selleck | S7146 |
| TP0427736盐酸盐 | Selleck | S8700 | |
| 脂肪染色 | 尼罗红 | Solarbio | N8440 |
| 荧光素酶实验 | Luc-Pair Duo双荧光素酶检测试剂盒2.0 | iGene Biotechnology | LF002 |
| Spark 20M多功能酶标仪 | Tecan | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 逆转录 | PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | TaKaRa | RP047A |
| qPCR | ChamQ SYBR Color qPCR预混液 | Vazyme | Q431-02 |
| ABI 7500 Fast实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| RNA测序 | NEBNext Ultra定向RNA文库制备试剂盒(Illumina) | NEB | E7530L |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 斑马鱼模型 | 斑马鱼品系(AB野生型和bmp8a-/-敲除系)、饲喂条件(高脂饮食)、温度(28°C),以及体重测量方法(小烧杯称重) 阅读提示:Methods 中的 Zebrafish、Weight measurement 部分 |
| 3T3-L1分化 | 细胞密度(100%汇合后两天)、MDI混合物浓度(胰岛素1μg/ml、地塞米松0.25μM、IBMX 0.5mM)、处理时间(48小时)、换液间隔(每2天) 阅读提示:Methods 中的 Induction of differentiation in 3T3-L1 cells 部分 |
| 慢病毒感染 | 包装质粒(pMD2.G、psPAX2)、转染试剂(FuGENE HD)、浓缩试剂盒(Yeasen)、筛选浓度(2μg/ml嘌呤霉素) 阅读提示:Methods 中的 Lentiviral production and stable transfection cells 部分 |
| Western blot | 裂解液(NP-40)、抗体稀释比例、封闭液(4% BSA)、二抗、曝光试剂盒(Omni-ECL) 阅读提示:Methods 中的 Immunoblot analysis and co-immunoprecipitation、Antibodies 部分 |
| 基因表达分析 | RNA提取试剂(Trizol)、逆转录试剂盒(PrimeScript)、qPCR预混液(ChamQ SYBR)、内参基因(β-actin或Gapdh)、定量方法(2^-ΔΔCt) 阅读提示:Methods 中的 RNA quantification 部分 |
| 荧光素酶报告基因 | 细胞密度(6×10^4/孔)、共转染比例(10:10:1)、检测试剂盒(Luc-Pair Duo)、裂解和检测步骤 阅读提示:Methods 中的 Luciferase assays 部分 |