circITGB1的鉴定与特征分析
验证circITGB1的环状结构、稳定性和亚细胞定位。
通过Sanger测序确认circITGB1反向剪接位点;用RNase R处理总RNA,检测circITGB1和线性mRNA(ITGB1、GAPDH)的稳定性;进行核质分离,检测circITGB1在细胞核和细胞质中的分布。
circITGB1 Regulates Adipocyte Proliferation and Differentiation via the miR-23a/ARRB1 Pathway.
包含细胞增殖(EdU、CCK-8)、分化(油红O)、双荧光素酶报告、RIP等体外功能与机制验证,证据层级清晰。
绵羊皮下脂肪细胞 HEK-293T细胞
绵羊皮下脂肪细胞分离自5月龄广灵大尾羊,使用2 mg/mL胶原酶II消化1小时 circITGB1过表达质粒pCD2.1-circITGB1和si-circITGB1转染脂肪细胞 miR-23a mimic和inhibitor以80 nM浓度转染脂肪细胞 双荧光素酶报告实验:pmirGLO-ARRB1-3'UTR野生型/突变型与miR-23a mimic共转染293T细胞,48小时后检测荧光活性 RIP实验使用AGO2抗体和IgG对照,检测circITGB1和miR-23a与AGO2的结合
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证circITGB1的环状结构、稳定性和亚细胞定位。
通过Sanger测序确认circITGB1反向剪接位点;用RNase R处理总RNA,检测circITGB1和线性mRNA(ITGB1、GAPDH)的稳定性;进行核质分离,检测circITGB1在细胞核和细胞质中的分布。
验证circITGB1是否影响脂肪细胞增殖。
将circITGB1过表达质粒pCD2.1-circITGB1和siRNA si-circITGB1转染绵羊脂肪细胞,检测增殖标志物(cyclin B, cyclin D1, CDK4, PCNA)的mRNA和蛋白水平,并通过EdU和CCK-8实验评估细胞增殖。
验证circITGB1是否影响脂肪细胞分化。
转染circITGB1过表达质粒和siRNA后,诱导脂肪细胞分化8天,检测分化标志物(C/EBPα, PPARγ, FABP4, adiponectin)的mRNA和蛋白水平,并用油红O染色观察脂滴形成。
验证miR-23a对脂肪细胞增殖和分化的调控作用。
将miR-23a mimic和inhibitor(80 nM)转染脂肪细胞,检测增殖和分化标志物的表达,并通过EdU、CCK-8和油红O染色评估细胞增殖和分化。
验证miR-23a是否直接靶向ARRB1。
使用RNAhybrid预测miR-23a与ARRB1 3'UTR的结合位点;构建pmirGLO-ARRB1-WT和pmirGLO-ARRB1-MUT双荧光素酶报告载体,与miR-23a mimic共转染293T细胞,检测荧光素酶活性;在脂肪细胞中检测miR-23a对ARRB1 mRNA和蛋白表达的影响。
验证circITGB1是否通过竞争性结合miR-23a来调控其功能。
预测circITGB1与miR-23a的结合位点;检测分化过程中circITGB1、miR-23a和ARRB1的表达趋势;进行RIP实验检测circITGB1和miR-23a与AGO2的相互作用;共转染circITGB1和miR-23a mimic,检测增殖和分化标志物的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离与培养 | II型胶原酶 | Solarbio | C8150 |
| 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | C11995500BT | |
| 胎牛血清 | Biological Industries | 04-001-1A | |
| 青霉素-链霉素-新霉素抗生素 | -- | -- | |
| 细胞分化诱导 | 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Solarbio | I8450 |
| 地塞米松 | Solarbio | ID0170 | |
| 胰岛素 | Solarbio | I8040 | |
| 质粒构建 | pCD2.1-ciR载体 | Wuhan GeneCreate Bioengineering Co., Ltd. | -- |
| si-circITGB1 | Ruibo | -- | |
| miR-23a模拟物 | Sangon Biotech | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | TaKaRa | -- |
| RNA质量检测 | RNA 6000 Nano芯片试剂盒 | Agilent | -- |
| 2100生物分析仪 | Agilent | -- | |
| cDNA合成 | 随机引物 | Roche | -- |
| circITGB1验证 | RNase R | GeneSeed | -- |
| NE-PER核质提取试剂 | Thermo Scientific | -- | |
| EdU和CCK-8分析 | Cell-LightTM EdU DNA细胞增殖试剂盒 | RiboBio | C10310-1 |
| CCK-8溶液 | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| 抗cyclin D1抗体 | Bioss | bs-20596R | |
| 抗PCNA抗体 | Bioss | bs-0754R | |
| 抗PPARγ抗体 | Bioss | bs-4590R | |
| 抗C/EBPα抗体 | Bioss | bs-1630R | |
| 抗磷酸化β-arrestin(ARRB1)抗体 | Bioss | bs-3048R | |
| 抗GAPDH抗体 | Bioss | bs-2188R | |
| 山羊抗兔IgG H&L/AP二抗 | Bioss | bs-0295G-AP | |
| 双荧光素酶报告实验 | pmirGLO-ARRB1野生型载体 | Sangon Biotech | -- |
| pmirGLO-ARRB1突变型载体 | Sangon Biotech | -- | |
| 双荧光素酶报告检测系统 | -- | -- | |
| RIP实验 | EZMagna RIP RNA结合蛋白免疫沉淀试剂盒 | Millipore | -- |
| AGO2抗体 | Bioss | bs-12450R | |
| IgG抗体 | Bioss | bs-0297P |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 脂肪细胞分离与培养 | 绵羊皮下脂肪组织来源(5月龄广灵大尾羊)、胶原酶II浓度(2 mg/mL)及消化时间(1小时)、完全培养基组成(89% DMEM、10% FBS、1% PSN)、培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Methods 4.1和4.2 |
| circITGB1过表达与敲低 | 过表达质粒pCD2.1-circITGB1(578 bp)和si-circITGB1(靶向反向剪接位点)的转染方法(Lipofectamine 3000)及转染浓度(未明确) 阅读提示:Methods 4.3和4.4 |
| 细胞增殖检测 | EdU和CCK-8检测的时间点(12、24、36、48小时)、每组重复数(6个复孔)、CCK-8检测波长(450 nm)及孵育时间(2小时) 阅读提示:Methods 4.8 |
| 细胞分化检测 | 分化诱导培养基成分(250 μmol/L IBMX、500 μmol/L地塞米松、8 μmol/L胰岛素)、诱导时间(8天)、油红O染色步骤 阅读提示:Methods 4.2和4.10 |
| 靶基因验证 | 双荧光素酶报告实验的转染组合(WT/MUT+miR-23a mimic/NC)、检测时间(48小时)、每组重复数(4次) 阅读提示:Methods 4.12 |
| ceRNA验证 | RIP实验使用的AGO2抗体和IgG对照、检测circITGB1和miR-23a与AGO2的结合;共转染实验的浓度和比例 阅读提示:Methods 4.13和Results 2.7 |